Basic Information

Symbol
FBXO4
RNA class
mRNA
Alias
F-Box Protein 4 FBX4 F-Box Only Protein 4 F-Box Protein Fbx4
Location (GRCh38)
5:41925210-41941743
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_012176.3
Sequence length
1655.0 nt
GC content
0.4127

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-469.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -500.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 341.99
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001297437.2 NCBI
AGACGCGUCACCCACGCUGCGGGCAAGCCAUGGCGGGAAGCGAGCCGCG… 1479 nt 0.4138
NM_012176.3 NCBI
AGACGCGUCACCCACGCUGCGGGCAAGCCAUGGCGGGAAGCGAGCCGCG… 1655 nt 0.4127
NM_033484.3 NCBI
AGACGCGUCACCCACGCUGCGGGCAAGCCAUGGCGGGAAGCGAGCCGCG… 1704 nt 0.3961
Summary

This gene encodes a member of the F-box protein family which is characterized by an approximately 40 amino acid motif, the F-box. The F-box proteins constitute one of the four subunits of the ubiquitin protein ligase complex called SCFs (SKP1-cullin-F-box), which function in phosphorylation-dependent ubiquitination. The F-box proteins are divided into 3 classes: Fbws containing WD-40 domains, Fbls containing leucine-rich repeats, and Fbxs containing either different protein-protein interaction modules or no recognizable motifs. The protein encoded by this gene belongs to the Fbxs class. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

A study in humans using integrated bulk and single-cell RNA sequencing identified six hub genes, including the FBXO4, as diagnostic biomarkers for sepsis, with expression significantly lower in sepsis samples compared to controls in both training and testing datasets [Ye et al. DOI:10.1002/gch2.202400321].