Basic Information

Symbol
FBXW11
RNA class
mRNA
Alias
F-Box And WD Repeat Domain Containing 11 BTRCP2 KIAA0696 FBXW1B Fbw1b BTRC2 Fbw11 Hos F-Box And WD Repeats Protein Beta-TrCP2 F-Box/WD Repeat-Containing Protein 11 F-Box/WD Repeat-Containing Protein 1B F-Box And WD-40 Domain Protein 1B F-Box And WD-40 Domain Protein 11 Homologous To Slimb Protein Beta-Transducin Repeat-Containing Protein 2 F-Box Protein Fbw1b NEDJED FBW1B HOS
Location (GRCh38)
5:171861548-172006873
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001378974.1
Sequence length
4406.0 nt
GC content
0.4367

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1368.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1450.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 953.02
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001378974.1 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4406 nt 0.4367
NM_001378975.1 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4337 nt 0.4376
NM_001378976.1 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4568 nt 0.4354
NM_001378977.1 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4466 nt 0.4324
NM_001378978.1 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4434 nt 0.4341
NM_001378979.1 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4505 nt 0.4364
NM_001378980.1 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4231 nt 0.4346
NM_012300.3 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4343 nt 0.4377
NM_033644.3 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4304 nt 0.4336
NM_033645.3 NCBI
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCU… 4241 nt 0.4346
Summary

This gene encodes a member of the F-box protein family which is characterized by an approximately 40 amino acid motif, the F-box. The F-box proteins constitute one of the four subunits of ubiquitin protein ligase complex called SCFs (SKP1-cullin-F-box), which function in phosphorylation-dependent ubiquitination. The F-box proteins are divided into 3 classes: Fbws containing WD-40 domains, Fbls containing leucine-rich repeats, and Fbxs containing either different protein-protein interaction modules or no recognizable motifs. The protein encoded by this gene belongs to the Fbws class and, in addition to an F-box, contains multiple WD40 repeats. This gene contains at least 14 exons, and its alternative splicing generates 3 transcript variants diverging at the presence/absence of two alternate exons. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the FBXW11 was identified as a potential regulator of methamphetamine reward and addiction through transcriptome profiling of whisker follicles, where its expression was up-down regulated (1.16-fold after self-administration, 0.68-fold after withdrawal) and it was prioritized via network topological analysis with a betweenness centrality score of 0.0129 [Song et al. DOI:10.1038/s41598-018-29772-1].