Basic Information

Symbol
FDFT1
RNA class
mRNA
Alias
Farnesyl-Diphosphate Farnesyltransferase 1 SQS Squalene Synthase FPP:FPP Farnesyltransferase EC 2.5.1.21 SS Farnesyl-Diphosphate Farnesyltransferase Presqualene-Di-Diphosphate Synthase Squalene Synthetase DGPT ERG9 SQSD
Location (GRCh38)
8:11795570-11839500
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004462.5
Sequence length
2035.0 nt
GC content
0.4649

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-611.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -649.12 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 460.90
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001287742.2 NCBI
GGCAACACGCUGGGUUUGCUUUACAACGCUUGGGAAGCUUUGUUGUUUG… 2645 nt 0.4866
NM_001287743.2 NCBI
GGCAACACGCUGGGUUUGCUUUACAACGCUUGGGAAGCUUUGUUGUUUG… 2447 nt 0.4704
NM_001287744.2 NCBI
GGCAACACGCUGGGUUUGCUUUACAACGCUUGGGAAGCUUUGUUGUUUG… 2274 nt 0.4551
NM_001287745.2 NCBI
GAAGCACCUACUCCACAGGUCCAGCCGGCCGGUGAGCGCCUGGGGACCG… 2232 nt 0.4668
NM_001287747.1 NCBI
ACGCCUGGGUGUUCCCGUCCCCCUUUCCUCGAGCCUUCCCCCUGUAGGG… 2346 nt 0.4663
NM_001287748.1 NCBI
AGGGCCCGGGUGGACGCGGCCGUCCUGGCUGACCUGUCCCUGCCCCCGC… 2008 nt 0.4587
NM_001287749.2 NCBI
AAUUGAUGGCGGGGGAGCCGGAUGUCAGUGGAUGGAAAAUUAUUACGAG… 2219 nt 0.4583
NM_001287750.2 NCBI
AGAUCUGCUUGAGUCUAUGGAGGAAAAACUCCGCGGGGUCCGCGAUUCC… 2170 nt 0.4843
NM_001287751.2 NCBI
AGUCUUGGCAGCUGAACCUGCCUGUGAGCAGGUCGUGUAUUUCUCGGCU… 2096 nt 0.4313
NM_001287756.2 NCBI
GAAGCACCUACUCCACAGGUCCAGCCGGCCGGUGAGCGCCUGGGGACCG… 1548 nt 0.4522
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

This gene encodes a membrane-associated enzyme located at a branch point in the mevalonate pathway. The encoded protein is the first specific enzyme in cholesterol biosynthesis, catalyzing the dimerization of two molecules of farnesyl diphosphate in a two-step reaction to form squalene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that farnesyl diphosphate farnesyl transferase 1 (Fdft1), a gene involved in fatty acid biosynthesis, exhibited significantly increased expression in liver tissue on day 4 following a 20% total body surface area burn injury [Jayaraman et al. DOI:10.1016/j.jss.2007.05.025]. A study in rats demonstrated that the FDFT1 was chronically decreased in expression following contusive spinal cord injury, as part of a broader downregulation in cholesterol metabolism genes [Aimone et al. DOI:10.1016/j.expneurol.2004.05.042].