Basic Information

Symbol
FDPS
RNA class
mRNA
Alias
Farnesyl Diphosphate Synthase Farnesyl Pyrophosphate Synthetase, Dimethylallyltranstransferase, Geranyltranstransferase (2E,6E)-Farnesyl Diphosphate Synthase Farnesyl Pyrophosphate Synthase FPP Synthase FPS Dimethylallyltranstransferase Geranyltranstransferase FPP Synthetase EC 2.5.1.10 EC 2.5.1.1 KIAA1293 POROK9 FPPS
Location (GRCh38)
1:155304786-155320666
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002004.4
Sequence length
1417.0 nt
GC content
0.5505

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-543.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -564.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 224.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001135821.2 NCBI
GGGAACUACUCGACCCACAGAGCCGAUCGCGGAGCGGAUUCUGCUUUUA… 1528 nt 0.5524
NM_001135822.2 NCBI
GGGAACUACUCGACCCACAGAGCCGAUCGCGGAGCGGAUUCUGCUUUUA… 1219 nt 0.5291
NM_001242824.2 NCBI
GGGAACUACUCGACCCACAGAGCCGAUCGCGGAGCGGAUUCUGCUUUUA… 1240 nt 0.5306
NM_001242825.2 NCBI
GGGAACUACUCGACCCACAGAGCCGAUCGCGGAGCGGAUUCUGCUUUUA… 1077 nt 0.5330
NM_001378424.1 NCBI
GGGAACUACUCGACCCACAGAGCCGAUCGCGGAGCGGAUUCUGCUUUUA… 1330 nt 0.5331
NM_001378425.1 NCBI
GGGAACUACUCGACCCACAGAGCCGAUCGCGGAGCGGAUUCUGCUUUUA… 1351 nt 0.5344
NM_002004.4 NCBI
GGGAACUACUCGACCCACAGAGCCGAUCGCGGAGCGGAUUCUGCUUUUA… 1417 nt 0.5505
Summary

This gene encodes an enzyme that catalyzes the production of geranyl pyrophosphate and farnesyl pyrophosphate from isopentenyl pyrophosphate and dimethylallyl pyrophosphate. The resulting product, farnesyl pyrophosphate, is a key intermediate in cholesterol and sterol biosynthesis, a substrate for protein farnesylation and geranylgeranylation, and a ligand or agonist for certain hormone receptors and growth receptors. Drugs that inhibit this enzyme prevent the post-translational modifications of small GTPases and have been used to treat diseases related to bone resorption. Multiple pseudogenes have been found on chromosomes 1, 7, 14, 15, 21 and X. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Oct 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that farnesyl diphosphate synthase (FDPS) was significantly increased in expression in liver tissue on day 1 following a 20% total body surface area burn injury, as part of a comprehensive gene expression profiling analysis [Jayaraman et al. DOI:10.1016/j.jss.2007.05.025]. This upregulation was functionally classified within metabolism, specifically cholesterol synthesis, and was part of the hepatic response where over 60% of differentially expressed genes showed significant changes on day 1 or day 7 post-injury.