Basic Information

Symbol
FGA
RNA class
mRNA
Alias
Fibrinogen Alpha Chain Fibrinogen, A Alpha Polypeptide AMYLD2 Fib2
Location (GRCh38)
4:154583126-154590745
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Individual identification Chronological age estimation Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021871.4
Sequence length
2209.0 nt
GC content
0.4726

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-658.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -701.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 600.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000508.5 NCBI
AAUCCUUUCUUUCAGCUGGAGUGCUCCUCAGGAGCCAGCCCCACCCUUA… 3654 nt 0.4327
NM_021871.4 NCBI
AAUCCUUUCUUUCAGCUGGAGUGCUCCUCAGGAGCCAGCCCCACCCUUA… 2209 nt 0.4726
Summary

This gene encodes the alpha subunit of the coagulation factor fibrinogen, which is a component of the blood clot. Following vascular injury, the encoded preproprotein is proteolytically processed by thrombin during the conversion of fibrinogen to fibrin. Mutations in this gene lead to several disorders, including dysfibrinogenemia, hypofibrinogenemia, afibrinogenemia and renal amyloidosis. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes an isoform that undergoes proteolytic processing. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the FGA locus, part of the CODIS STR panel used for human identification, remains a challenge for accurate genotyping using Oxford Nanopore Technologies long-read sequencing, as its analysis is more difficult compared to other STR loci like D13S317 or D5S818 [Ferreira et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2024.103156]. A study in human blood plasma from 103 individuals demonstrated that the FGA was significantly upregulated with age and contributed to a proteomic age-predictive model achieving an R² of 0.59 ± 0.02 [Salignon et al. DOI:10.18632/aging.204787]. In a separate investigation of human serum exosomes from septic patients, the FGA was consistently upregulated during sepsis progression and was associated with coagulation cascades [Li et al. DOI:10.1016/j.jare.2021.11.005].