Basic Information
Symbol
FGF13
RNA class
mRNA
Alias
Fibroblast Growth Factor 13
FHF2
Fibroblast Growth Factor Homologous Factor 2
FGF2
LINC00889
FLJ30672
FGF-13
FHF-2
Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 889
XLID110
DEE90
Location (GRCh38)
X:138614727-139222777
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
Mechanical injury analysis
Drug abuse diagnoses
MANE select
Transcript ID
NM_004114.5
Sequence length
19575.0 nt
GC content
0.3890
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5643.94 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-6012.50 kcal/mol
Frequency:
1.94647e-260
Diversity:
4814.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
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| GUGGCUCUCUAGGACCGGAGAGUUCUUUGGAAGGAGAGCGCGAGCGAGG… | 19158 nt | 0.3805 | |
| GUGGCUCUCUAGGACCGGAGAGUUCUUUGGAAGGAGAGCGCGAGCGAGG… | 19268 nt | 0.3814 | |
| CAUGUAACAUGUGAUUUGCUCCUCCUUGCCUUCCACCGUGAUGUGAGGC… | 18911 nt | 0.3770 | |
| GUCGCGCUGUUCCGGAGGGUGCCUGCGGCGGCUGAAUUCCUGUGCUGCG… | 19575 nt | 0.3890 | |
| AAACUUUCUCUGAUCUCCUCUCUCUCUGUGUCUGCUCCAAAUGUAGACA… | 18786 nt | 0.3758 |
Summary
The protein encoded by this gene is a member of the fibroblast growth factor (FGF) family. FGF family members possess broad mitogenic and cell survival activities, and are involved in a variety of biological processes, including embryonic development, cell growth, morphogenesis, tissue repair, tumor growth, and invasion. This gene is located in a region on chromosome X, which is associated with Borjeson-Forssman-Lehmann syndrome (BFLS), making it a possible candidate gene for familial cases of the BFLS, and for other syndromal and nonspecific forms of X-linked cognitive disability mapping to this region. Alternative splicing of this gene at the 5' end results in several transcript variants encoding different isoforms with different N-termini. [provided by RefSeq, Nov 2008] CIViC Summary for FGF13 Gene
Forensic Context
A study in humans analyzing blood samples from burn patients identified the FGF13 as one of 19 center genes commonly differentially expressed across early-stage, middle-stage, and control comparisons, associating it with burn injury progression [Wu et al. DOI:10.007/s10753-018-0829-0]. Subsequent research confirmed the FGF13 as a key up-regulated immune-related gene in burn patients, with its expression pattern validated in an external cohort and by qRT-PCR in clinical blood samples [Niu et al. DOI:10.1093/jbcr/irad050]. A study in rats demonstrated that Fgf2 mRNA was elevated at all time points after 10-11 psi and 14-15 psi blast exposures, identifying it as a fibroblast proliferation marker responsive to blast intensity [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001]. In human postmortem brain tissue, FGF2 RNA was upregulated in the dorsolateral prefrontal cortex of subjects with opioid use disorder, where it was involved in dysregulated angiogenic cytokine signaling pathways [Mendez et al. DOI:10.1038/s41380-021-01259-y].