Basic Information

Symbol
AKAP13
RNA class
mRNA
Alias
A-Kinase Anchoring Protein 13 AKAP-Lbc BRX Lymphoid Blast Crisis Oncogene PROTO-LB ARHGEF13 C-Lbc Ht31 HA-3 LBC Breast Cancer Nuclear Receptor-Binding Auxiliary Protein Non-Oncogenic Rho GTPase-Specific GTP Exchange Factor Guanine Nucleotide Exchange Factor Lbc Protein Kinase A-Anchoring Protein 13 Human Thyroid-Anchoring Protein 31 A Kinase (PRKA) Anchor Protein 13 A-Kinase Anchor Protein 13 LBC Oncogene AKAP-13 PRKA13 P47 PROTO-LBC HT31
Location (GRCh38)
15:85380571-85749358
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007200.5
Sequence length
13327.0 nt
GC content
0.4947

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4495.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4738.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3684.45
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270546.1 NCBI
UUUUAAUAGAGAGGAGUCUGGAAGGCAGAGAUCUCCACCACCUAACCGU… 9146 nt 0.4858
NM_006738.6 NCBI
GUGUGCAGGGCCAGCGCGGAGCCCGAGCAGCCGCGGUGAAGCGCCUGUG… 13339 nt 0.4949
NM_007200.5 NCBI
GUGUGCAGGGCCAGCGCGGAGCCCGAGCAGCCGCGGUGAAGCGCCUGUG… 13327 nt 0.4947
Summary

The A-kinase anchor proteins (AKAPs) are a group of structurally diverse proteins which have the common function of binding to the regulatory subunit of protein kinase A (PKA) and confining the holoenzyme to discrete locations within the cell. This gene encodes a member of the AKAP family. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants encoding different isoforms containing c-terminal dbl oncogene homology (DH) and pleckstrin homology (PH) domains. The DH domain is associated with guanine nucleotide exchange activation for the Rho/Rac family of small GTP binding proteins, resulting in the conversion of the inactive GTPase to the active form capable of transducing signals. The PH domain has multiple functions. Therefore, these isoforms function as scaffolding proteins to coordinate a Rho signaling pathway, function as protein kinase A-anchoring proteins and, in addition, enhance ligand-dependent activity of estrogen receptors alpha and beta. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

A study in human blood samples stored at 4°C demonstrated that the AKAP13 transcript was identified as one of 13 downregulated transcripts overlapping with important variables in a random forest model for predicting the time since deposition of bloodstains [Zhang et al. DOI:10.1016/j.forsciint.2024.111930]. This model, based on transcriptomic changes, successfully predicted TSD with high accuracy (AUC=0.995, precision=1, recall=1) in experimental validation, establishing the AKAP13 as a potential time-marker transcript for forensic analysis.