Basic Information

Symbol
FGR
RNA class
mRNA
Alias
FGR Proto-Oncogene, Src Family Tyrosine Kinase Gardner-Rasheed Feline Sarcoma Viral (V-Fgr) Oncogene Homolog P55c-Fgr C-Fgr SRC2 V-Fgr Feline Gardner-Rasheed Sarcoma Viral Oncogene Homolog Feline Gardner-Rasheed Sarcoma Viral Oncogene Homolog Tyrosine-Protein Kinase Fgr Proto-Oncogene C-Fgr EC 2.7.10.2 P58c-Fgr P55-Fgr P58-Fgr Proto-Oncogene Tyrosine-Protein Kinase FGR C-Src-2 Proto-Oncogene C-Fgr Protooncogene P55-C-Fgr Protein EC 2.7.10 C-Src2
Location (GRCh38)
1:27612064-27635565
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005248.3
Sequence length
2637.0 nt
GC content
0.5715

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1048.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1090.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 562.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001042729.2 NCBI
AAUACACACAUGAGAGAUCACUUAGAGCAAAGGGUGAGAGGGGCAGGUG… 2654 nt 0.5607
NM_001042747.2 NCBI
AGUCGGUUCCUCUCUGAGUGUUGCAAUGGCAAUGUUUCUGGCAGGGUGU… 2722 nt 0.5625
NM_005248.3 NCBI
CCUGCCCAGCAGGGGCGGCGGUCAGAGGCGGGCAGCACCCCAGUUCUCC… 2637 nt 0.5715
Summary

This gene is a member of the Src family of protein tyrosine kinases (PTKs). The encoded protein contains N-terminal sites for myristylation and palmitylation, a PTK domain, and SH2 and SH3 domains which are involved in mediating protein-protein interactions with phosphotyrosine-containing and proline-rich motifs, respectively. The protein localizes to plasma membrane ruffles, and functions as a negative regulator of cell migration and adhesion triggered by the beta-2 integrin signal transduction pathway. Infection with Epstein-Barr virus results in the overexpression of this gene. Multiple alternatively spliced variants, encoding the same protein, have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A scoping review of human twin studies found that fetal growth restriction (FGR) in the smaller twin is associated with specific transcriptional and epigenetic changes in placental and other tissues, including increased expression of hypoxia-related genes like HIF1A and EPO, and altered DNA methylation in genes related to transcription regulation and tissue development [Dany Laure Wadji et al. DOI:10.1371/journal.pone.0315549].