Basic Information

Symbol
FHL5
RNA class
mRNA
Alias
Four And A Half LIM Domains 5 ACT DJ393D12.2 Activator Of CAMP-Responsive Element Modulator In Testis Four And A Half LIM Domains Protein 5 FLJ33049 FHL-5 Activator Of CAMP-Responsive Element Modulator (CREM) In Testis Activator Of CREM In Testis LIM Protein ACT 1700027G07Rik
Location (GRCh38)
6:96562548-96619616
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001322466.2
Sequence length
3949.0 nt
GC content
0.3725

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-962.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1046.24 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 955.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001170807.3 NCBI
GAGUCCACACUGCAAGUCCAGAGAGCAGGGAACUACCUUGAGUAUUCUA… 3868 nt 0.3736
NM_001322466.2 NCBI
AGUAGGAGUCAUGUACACGGUAUAAGACUUGGAGGAAAUGCAGGGACCC… 3949 nt 0.3725
NM_001322467.1 NCBI
CCCAGUAGGAGUCAUGUACACGGUAUAAGACUUGGAGGAAAUGCAGGGA… 4058 nt 0.3788
NM_020482.6 NCBI
GAGUCCACACUGCAAGUCCAGAGAGCAGGGAACUACCUUGAGUAUUCUA… 4099 nt 0.3764
Summary

The protein encoded by this gene is coordinately expressed with activator of cAMP-responsive element modulator (CREM). It is associated with CREM and confers a powerful transcriptional activation function. CREM acts as a transcription factor essential for the differentiation of spermatids into mature spermatozoa. There are multiple polyadenylation sites found in this gene. Polymorphisms in this gene may be associated with susceptibility for migraine headaches. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding the same protein. [provided by RefSeq, Apr 2016]

Forensic Context

A study in rhesus macaques identified the FHL5 as a shared upregulated differentially expressed gene between rhesus and pediatric human hypertrophic cardiomyopathy [Rivas et al. DOI:10.1038/s41598-024-82770-4]. In human subcutaneous adipose tissue, the FHL5 was part of a validated 38-gene transcriptomic signature for obesity, with a positive coefficient of 0.0438, and changes in the signature score correlated strongly with changes in body mass index and fat mass within monozygotic twin pairs [Font-Clos et al. DOI:10.1088/1361-6579/aab85a].