Basic Information

Symbol
AKAP4
RNA class
mRNA
Alias
A-Kinase Anchoring Protein 4 HAKAP82 AKAP82 HI A-Kinase Anchor Protein 82 KDa Fsc1 CT99 P82 Protein Kinase A Anchoring Protein 4 Major Sperm Fibrous Sheath Protein A Kinase (PRKA) Anchor Protein 4 A-Kinase Anchor Protein 4 Cancer/Testis Antigen 99 Testis-Specific Gene HI AKAP 82 AKAP-4 PRKA4 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Protein Kinase A-Anchoring Protein 4
Location (GRCh38)
X:50190777-50201007
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003886.3
Sequence length
2866.0 nt
GC content
0.4627

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-845.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -900.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 790.01
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((....((((((((.((((.(((((((((((((.....(((((((((((....(((..((((...(((..((.(((((..................((((((((..((((((..((..((..((.(((((..........((((((....))))))..((.((.(((((.((....)).))))))).))((((....))))....))).)).))..))..)).)))))))))..)))))))))).))..)))...))))..)))..(((((..........)))))))))))))))).......((((((...(((....(((((((((...((((((.........(((((...)))))...((((((((((((.....(((((....((((((((((.((((.((......)).)).)).))))))............))))....))))))))))))))).))))))))......)).)))))))......))).))))))(((((....(((.((((...........)))))))....)))))......((.(((((....))))).)).(((((..((.((((......(((((((((.......)))))))))....))))))..........(((.......))))))))...........................)))))))).)))))........((((.((((.(((((((.((((.........((.(((((..(((........))).))))).))..........))))...)))))))))..(((((((((.((....))...((((((.(((....(((((((........)))))))....)))..((((.((((((((((((.............(((((.((((.....(((((((((....)))))................((((((.......)))))))))).....)).)).))))).......)))))))..))))).))))...(((........))).......................(((.((((......)))))))((((((((.((....(((((((....((((.(((.....))).))))....)))))))(((((...)))))......)).)))))))).......))))))......((((.(((((((......)))))).).))))((((((......(((((.((....)))))))...((((.(((((.((((...))))...((((((((.....(((((((........(((((((.(((((((.(((((((((((.(((((.(((((((((......(((......)))((....))....(((.(((....(((((...)))))))).))).))))).))))..(((((....))))).....))))).))))))..))))).)))))((.((.(((...))).)).))..)).))))))).)))))))..(((..(((((...(((((...(((..........)))...))))).....)))))....))).........))))))))(((((((((...........)))))))))))))).))))....))))))...))))))))).......)).))))..(((((((..(((....)))...))))).)).....((((((((..(((((..(((((((....((((((((.((((((((.((..(((((...(((((.((((((((.((((...(((......)))...))))....)))))))).)))))....(((((((((((.(((((((((.((..((((((....))))))..)).(((.((((.....)))).)))(((((.(((((((....)))))))..((((.............))))...((.(((((...(((((....((....((((..(((.....))).))))..))...)))))........(((.(((((..((((...(((((..(((.....((((......)))).......(((..((((.((((.((........(((((((....))))))).......)).)))))))))))..))).)))))...))))..))))).)))))))).)).((((....)))).(((((((.(((((((............((((...((((((((...........))))))))........(((((((((...((((....))))...)))))))))))))(((((((((((..........))).))))))))....((((........))))........))))).)).)))))))..))))).)))))..(((((...)))))((((.........))))........(((((((.......(((((..(((((...(((((..(((((((((......))))..((((((.........((....)).........))))))........))))).)))))...)))))..)))))(((.(((.....))).)))..))))))).....)))))))))))))))..))))).))....(((((.......))))))))).)))).)))))))).....((((((....(((...)))..))))))((((((......)))))))))).)))..))))).)))))))).)))).))).)))))))))).((((((.....((((((..((..(((...(((.(((((((........(((.((((((....)))))).))).))))))).))))))..))..).))))).......)))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{.,,{....((((((((.((((.(((((((((((((.....((((((,(((({{{{.,({(({,,..}|||..,.{((((({{..{(({.,.,{,...{((((((.((((((((,......,}}.|.}}}}}}.......,}}||||||},.}))),}}.,((.{,((((((.((....)).)))))),..)||,{{{{{{{{{{...{{{..|{{{{,|,.,||,|||||,,,|,,||},,,,)))}}))},,},}})))...)))..))}}},.}}}.....,,.,..)))))))),}..{{{,,((((((.,,({{.,|,,{{{(|{(|...(((((|.........(((({...}))))..,{{((((((((((.....(((((....((((((((((.((((.((......)).))},).)))))))).},........,,,....))))))))))))))).)))))))).,,.|,})||||}}},,,},.,))).)))}}|(((((....(((.((((..........,)))))))....)))))......,|.{{|{|...,)))})}))}|||||..{(.((((.,....(((((((((.......)))))))))....)))))}..........(((.......))),,,,}...........................)))))))),,)))){{{,....{{|{,({..(((((((((((((..{({{{..{({(((|{,,{,|,..,.{{{({,.{,|,,.|,,,.|||...,|||{.{{{{{{,((({..(((|{(((,.{|,,..))}.,||||||}|||}}}}(((((((........)))))))..,,)}}..{{{,}|||||,,,,|||},....{,,....||.,,.,,,,..{{{||..|||,..}}})))))}}}}...,}||,,.},((((((.,.....))))))(((....})).,))}..{{{{{{{{{{|||||||,.||}||,|||,...(((,{,,....|||......,,,..,.{{||{.....(((.((((......)))))))((((((((.((....,((((((....((((.(((.....))).))))..,.))))))|(((((...})))),.....)).)))))))).......}}}}},.....,,,,|}}|||||||||,,.,|||||{{.||||,.((((......(((({{((....)))))))...((((.(((((.{(((,..,|||,,,((((((((..,..(((((((.....,..{(((({({{,(((((.(((((((((((.(((((.{(({(({{(.,...,{(((,,.....,{{,..,)}...,{{{,|||,...(((((...)))))})).}}}})}))).)))).,(((({....))))).....))))).})))))..))))).)))))..{{,.,,......},||||}|,)}.))}}},,.)))))))..|||..(((((...(((((...(((..........)))...)))))...,.)))))....},,.........)))))))}(((((((((..,........)))))))))))))).))))..,,|||},,...)),)))}},|||....||{|||,..,}|,}))..}}|{({{{{{...{{||...},.....,,,{{,,..,,,,,..,.,,||,,,}}|(((((((.{(((((((.{{..(((((...(((((.((((((((.((((...(((......)))...))))....)))))))).)))))....(((((((((((.(((((({,{,{{|.((((((....))))))..||.{((..,,({,..{|}||{|||{({{(,{{(((((....))))))|{{((,,....}}}.,,..,|||}.|||{,,,||||},,|||||||.}},...|}||.,||{....{{|{.,,,))))....||||,{{{{...,|||.|||||..{{((..,{{({,..{,|||...}|}}.{{{(((((,,,{.{{{(((..{{((.{{{(,({,,,,,...{|||||{..,,}}}}))}.,,....}},))|}|||||||,,}||,|||||...}||}..}},,}.,||||,{{,||{({{,....||||.(((((((.((({(((..,{..,,....{(({...((((((((.........,.))))))))....|,,{(((((((((...((((....))))...)))))))))),,}{((((((((((..........)))},))))))}....((((........)))).......,)}))).)).))))))),,}}}}}.,,....,{{{|{...)))))||||}...,,..,|)))......,.})|||}|......,{{{{({.{,,||||||||{{||{{{{({{{{,.,,.,})))},||{((({{,...,{,,({,,,||,,.......})))))....},}})}}}),))))}...)))))}}))}))}|{.(((.....))).}})))))))).,.}},})))))))))))))))..))))).}}....(((((.......))))))))).)))}.)))))))}..)))||||||}}.}|||.}})))}}})))))((((((......)))))),,,)))))}})))))})))),,,,.)))).))),})))),}}}}.((((((...,.(((((,,.,,,,{((,,,{{{.(((((((.,,,....,{,.((((({....}))))).))).))))))),)))})..})...).))))).......)))))).......................

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003886.3 NCBI
GGCAGUCAAGGCUGUAGGAGGGCAUGGAGAGUUGAAGAAAAAAGCAGUA… 2866 nt 0.4627
NM_139289.2 NCBI
AGUCUGGUCCAACAGCUGACAGGGGUGGCAGCCAACUGCAGGUGCCCAA… 2864 nt 0.4651
Summary

The A-kinase anchor proteins (AKAPs) are a group of structurally diverse proteins, which have the common function of binding to the regulatory subunit of protein kinase A (PKA) and confining the holoenzyme to discrete locations within the cell. This gene encodes a member of the AKAP family. The encoded protein is localized to the sperm flagellum and may be involved in the regulation of sperm motility. Alternative splicing of this gene results in two transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human body fluids demonstrated that the mRNA marker AKAP4, which is highly expressed in semen and plays a role in sperm motility regulation, was validated as a specific identifier for semen using two rapid detection platforms [Lin et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103376].