Basic Information
Symbol
FKBP4
RNA class
mRNA
Alias
FKBP Prolyl Isomerase 4
FKBP59
FKBP52
Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase FKBP4
FK506 Binding Protein 4, 59kDa
EC 5.2.1.8
Rotamase
FKBP51
HBI
T-Cell FK506-Binding Protein, 59kD
Peptidylprolyl Cis-Trans Isomerase
FK506-Binding Protein 4 (59kD)
51 KDa FK506-Binding Protein
52 KDa FK506-Binding Protein
HSP Binding Immunophilin
HSP-Binding Immunophilin
FK506 Binding Protein 4
FK506-Binding Protein 4
59 KDa Immunophilin
Immunophilin FKBP52
PPIase FKBP4
52 KDa FKBP
FKBP-52
PPIase
FKBP-4
Hsp56
P52
P59
Location (GRCh38)
12:2794290-2805423
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
MANE select
Transcript ID
NM_002014.4
Sequence length
3715.0 nt
GC content
0.5098
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1274.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1340.06 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1051.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............((((..((((((((.((.(((((((.((((.((((((.((((.((.(.(((((.(((...(((((((.((.......)).)).)).)))..)))..))))).).)).))))...((((((...((.......)).....)))))))))))).)))).((((((..((((((..(((((.(((((((.(((.(((((.....)))))((((((..(((((((((.(((((.(((((.....(((.(((....))).)))..((((.....(((((.(((.(((((....((((((((...((((((((..((((.((((((((((((...(((....))).))).))).)))))))))).)))))))).((.(((.(((((.......)))))))))).(((((.(((((.((((((((.(((..(((((((((...((((((((.((..(((((((((((............(((((.((((.............))))..)))))(((((((((..((((((....((((.((((.((((....)))))))).))))...))))))...))))..)).)))(((((((((((.(((((((...((((.(((((........)).))))))).((((......)))).......((((((..(((((((((((((.(((((((((....((((((.....)))))))))(((((.....))))).((.((((((.((((((((((....((((((((...(((((.(((((((((((.....((((((((((...(.....).)))))).)))).(((((....(((((..((.(((((......(((((.((((...))))...)))))))))).))..))))).....((((((.((((((((((.((((..........)))).))))))).).))))))))...(((((((((((......(((....)))..(((((...((..(((((((((......))))..))))).))..)))))....((((.(((((........))))))))).........)))))))))))...))))).....((((..(((((((((........((.......)).......)))).)))))..))))........)))))))))))..)))))....((((((....(((.(((....(((((((((.....(.((..(((((((((((....)))))))))))..)).)(((((...(........)...)))))))))...))))).))).)))))))))..............................((((((.....)))))).))))))))((((((.(((.((((((((......(((((.((((((.....)))...((((..(((((((((........((....)).....))))))))).)).)).(((..((..((......)).))..))))))..))))).....((((((.((((.......((((((((.....((...))...)))))))).((.........)))))).)))))).....(((((((..((((((((((((((((((...))))))))..............((((((((((..(((((((((((..(((((.(((((.(((((.(((.(((((....((((((..(((((((..((((.((((...((((......))))....)))).))))...)))))))))))))(((((.((((((......)))))).)))))(((((((......))))))))))))))).))))).))))).))))))))))))))))...............)))))))))).......)))))))))).)))))))))))))))))).)))))).......))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))..((.(((((......))).)))).))))))))))))).)))))..)))))))))))..))...).))))))).))))))))).....))).))))))))..))))).)))))......)))))))).)))))......)))))))))))).)))))))))).......((.(((((..(..........)..))))).))((((...((((.((((((.....)))))))))).....)))).............((.((.((((........))))..)).))..((((((.((((..(((((((..........(((.(((((((((....(((....))).....((((((((...((((((....(((.((((((.....)))))))))..)))))).....((((((......((((..((((...))))..))))..)))))).))))))))))))).)))).)))))))))).....)))).))))))))))))))).......)))))).....)))))).)))).)))))..(((((((.((((..((....))..........((((((((((....(((.((...((((...)))))))))..))))))))))((.((((((((......))))))))...)).(((((.((((....)))).))))).))))))))))).....))))))))))))((((.(((((((..((((((((.((((..((((.((((....)).))..))))..)))).))))))))..((...((((((((((...............(((((..(((.....((((((......))))))....))).))))).(((((((...(((.......)))..)))))))((((.(((((((((((((((.....(((..((((.....................((((.((....)))))).........((((..(((((((((......)))))))))..)))).......((((((.................)))))).(((((..((..(((((....)))))..))..))))))))).)))....)))))))))))))))...))))...)))))))))).)).))))))))))).)))))))))......((.(((((((((((..(((.((..((((....))))(((......)))(((((((((....)).)))))))............(((((....(((((((((.((((((((((.((.(((....((..((.(((.((((((..(((.(((.(.((.((((....)))).))..((((..........))))).))))))..)))))).))).)).))....)))))))))))))))...((((..(((((..((((....))))..)))..))..))))...........)))))))))...................)))))...((((..(((.((((.....((((((.((((..(((.((..((((........))))....)))))....)))))))))).)))).)))..))))..(((((..(((..........)))....))))).....))))))))))))))))...))((((...))))......))))))))...))))((((((((..(((((.((.(((((.........))))).))))))).....))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,,,,,{(((((((((,((({{{,({(({,,....|}|||{.|({|{|.,(((,({.({(((((.(((,,,{((((({,({.,,,...)).}}.}},|||..|}|{{}||||.|,}}.||||{.(((((((...{{.,.....}}.....))))))),})))})|||.}||,.||}|{||,|.,,..||||.{|||}.||{}}}})).,,))))))}|||}|,,.{(({(((({,(((((.(((((.....(((.(((....))).)))..((((.....{{(((,(((.(((((....((((((((,..((((((((..((((.((((((((((((...(((....))).))).))).)))))))))).)))))))).{{.(((.(((((.......))))))))}).(((((.(((((.((((((((.{(({.(((((((({...((((((((.{(..(((((((((((.{,.........(((((.((((.,.......,,..))))..))))){{({{((((..{(((((....((((.((((.((({....}))))))).))))...)))))}...))))..}}.}}|(((((((((((((((((({...(((,{(((,(,.......,),))))))).((((......)))).......((((((..(((((((((((((.((((({(((....((((((.....)))))))))(((((,...,))))).{(.((((((.((((((((((....(((({,(({....|||,,(((((((((,..,,.((((((((({...{.....}.}))))).)))}..{((....{(((((..((,({{(({{.,{.(((((.((({...})))...))))),)),,})),,)))},.....((((((.((((((((((.(((({.......},)))).))))))).).))))))))...,...}}))}}....}}}(((....)))...,,{.(((((.((((((.((((...}})){{........,,..|{||,,,..((({.,((((........))))}})))......}}}}||.||.{((((.....))))).}},},..))))))))))).}{{{{((||{{{{.{(((..(((((((.(((.{{.{(({......)))}(((((((,((((((.{{...{(((((....{((.(((....(((((((((.....{.{{..(((((((((((....)))))))))))..|},|(((({...,........}.,,)})))))))...))))).))).))))))))|{{.{{({.......{{((.(((..({{({.((((((.....)))))).).)).)),...))).))))|...})),}.,,..{(,,,..||,,,....,)),}}.))),))),})))}}).},})}.)))),,))..)))){{{(({{||,|...|,||}..(({...}}}.},)).,}}})),||......||......||,||}|}}}}}))...((((((((..{..((...))...)))))))).)}}}}.)))).{{||||{||||,,....((((((((..((((((((((,{{(((((...,}}|||}|,.....,,.,}}..((((((((((..(((((((((((..(((((.(((((.(((((.((,,(((((....((((((..(((((((..((((.((((...((((......))))....)))).))))...)))))))))))))(((((.((((((......)))))).)))))(((((((......))))))))))))))).))))).))))).))))))))))))))))...............)))))))))).,,,}}.)))))))))).))))))))..}))))))))))..,,...,,,,)))))))))))))))))}})))))..)))))))))))))..))))))..((.{{(((......))).)})).})))))))))))).))))),.)))))))))))..},...).))))))).))))))))},.}},})}.))))))))..))))).)))))......)))))))).)))))......}))))))))))).)))))))))).....,,,|||||||,}|.}}}},},..},.))}}},}}{{(({{,((({{((((((.....)))))))))}.....||},..,..........(({(,.{{{{..,},,..}}}}..,}})),.((((({.((((,.{((((({|..,.....,(({.(({(((((,...,(((,,..}}|,,{,{(((({{{{.|||||,....,,|||.((((((.....))))))|||,({{((({,{,,,{{,||},.,,,{{|{{,(({,{{{{|,{|,,|||.||)),||},}}}||||}}}}}|,}}}},|}}}}))))}.,,..)))),)))}))})))))})},,,.,,,||||||{{{{{||,,{{{(({{{((({{{{(((...}}|}}}}}|,....,,.....,,.}}|||{|{||||||,.|||||||,|{{{,...,|||,{||{{.,{|||||||{((.((((((((......))))))}}.,,||,,{{{(,((((....}}}}.}}}},.,}}|||||||,{{{||,.,.,..,)))))||.,(((({{{,.{{{{|{{{.{{||..{{||,|||,,..,},.)),,)))),.,}}}.||||||},..{{,,||(((|,,|))}}}}}.}}}.,,,,,|{{{|,,|||,,..,(((((({{...,|||}||...{|||{|||||,(((((((.{.(((.,....,)))}.))))))){{{{.((((((((((((((((..{{({,..{{{|,,,.,..,,............((((.({....}))))).........((((..(((((((((......)))))))))..)))).....,.((((((..............},,}))))).(((((..((,.(((((....))))),.))..))))),,,},||,...))))))))))))))))...||||{{,||,,,,|,}}})}|}}|||||}||,.,||{,|||||.|||,|||((({{(((({{..|||,{,.,((((....)))){{{.,,,,.}}},{((((((({,{{|,||,||||{{,,....,,,..{{|.{|...{{{(((({{,((((((((({,((.(((....((..((.(({.((((((..(((.(((.{.{,.{{{{....}}},.,|..((((......,,..))))}.))))))..)))))).})).)).))....)))))))))))))))...((((..{{(((..((((....))))..)))..}}..}))},,{.,,.......}},|}}....,,.,........,.,,..,,}.}}||||,.{{{.{||{},}..|||.,,}||||}||,||||}}||,(.......,}}})||}})||.,,,},}}})))))),.}))).)))}})),.},|}}}}},||{......,,,,)))...,,,,))}}}}})))))}}))}))))))))))))|||||,,,||||,..,,)))))},.....}|||{{{{{|..{|{{..||,||||||,.....,}))))),))))))}.}},})))}))},........
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| CCUACCCCAGCUCUCGCGCCGCGUGCAGAGGUGCUCAAGCCUCCUCGCG… | 3715 nt | 0.5098 |
Summary
The protein encoded by this gene is a member of the immunophilin protein family, which play a role in immunoregulation and basic cellular processes involving protein folding and trafficking. This encoded protein is a cis-trans prolyl isomerase that binds to the immunosuppressants FK506 and rapamycin. It has high structural and functional similarity to FK506-binding protein 1A (FKBP1A), but unlike FKBP1A, this protein does not have immunosuppressant activity when complexed with FK506. It interacts with interferon regulatory factor-4 and plays an important role in immunoregulatory gene expression in B and T lymphocytes. This encoded protein is known to associate with phytanoyl-CoA alpha-hydroxylase. It can also associate with two heat shock proteins (hsp90 and hsp70) and thus may play a role in the intracellular trafficking of hetero-oligomeric forms of the steroid hormone receptors. This protein correlates strongly with adeno-associated virus type 2 vectors (AAV) resulting in a significant increase in AAV-mediated transgene expression in human cell lines. Thus this encoded protein is thought to have important implications for the optimal use of AAV vectors in human gene therapy. The human genome contains several non-transcribed pseudogenes similar to this gene. [provided by RefSeq, Sep 2008]
Forensic Context
A study in human neonates with hypoxic-ischemic encephalopathy (HIE) identified the FKBP4 as a top differentially expressed gene associated with adverse outcome (death or disability at 18 months) in the South Asia cohort, where it was upregulated (log2 fold change, 1.18) [Montaldo et al. DOI:10.1001/jamanetworkopen.2023.54433]. This gene is a chaperone molecule promoting protein folding and is associated with oxidative stress, and its expression profile was part of a distinct genomic signature linked to nonacute hypoxia mechanisms in that population.