Basic Information

Symbol
FLI1
RNA class
mRNA
Alias
Fli-1 Proto-Oncogene, ETS Transcription Factor SIC-1 EWSR2 FLI-1 Friend Leukemia Integration 1 Transcription Factor Friend Leukemia Virus Integration 1 Transcription Factor ERGB Ewing Sarcoma Breakpoint Region 2 Proto-Oncogene Fli-1 BDPLT21
Location (GRCh38)
11:128686535-128813267
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002017.5
Sequence length
3825.0 nt
GC content
0.4494

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1132.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1206.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 881.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001167681.3 NCBI
CUCUUUCGCUCCGCUACAACAACAAACGUGCACAGGGGAGUGAGGGCAG… 3879 nt 0.4506
NM_001271010.2 NCBI
CUCUUUCGCUCCGCUACAACAACAAACGUGCACAGGGGAGUGAGGGCAG… 3996 nt 0.4585
NM_001271012.2 NCBI
ACAGUCUCUCCAUCUGCAUCCCCACUUCAUCACCAUCCCACCGUCUCUC… 3428 nt 0.4344
NM_002017.5 NCBI
CUCUUUCGCUCCGCUACAACAACAAACGUGCACAGGGGAGUGAGGGCAG… 3825 nt 0.4494
Summary

This gene encodes a transcription factor containing an ETS DNA-binding domain. The gene can undergo a t(11;22)(q24;q12) translocation with the Ewing sarcoma gene on chromosome 22, which results in a fusion gene that is present in the majority of Ewing sarcoma cases. An acute lymphoblastic leukemia-associated t(4;11)(q21;q23) translocation involving this gene has also been identified. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2012]

Forensic Context

A study in human corpus cavernosum tissue identified CD34 as a gene marker highly expressed in the EC2 endothelial cell subcluster [Zhao et al. DOI:10.1038/s41467-022-31950-9].