Basic Information

Symbol
FMO5
RNA class
mRNA
Alias
Flavin Containing Dimethylaniline Monoxygenase 5 Dimethylaniline Monooxygenase [N-Oxide-Forming] 5 Flavin Containing Monooxygenase 5 Flavin-Containing Monooxygenase 5 Baeyer-Villiger Monooxygenase 1 Dimethylaniline Oxidase 5 NADPH Oxidase EC 1.14.13.8 HBVMO1 FMO 5 Hepatic Flavin-Containing Monooxygenase 5 NAPDH Oxidase EC 1.14.13.- EC 1.6.3.1
Location (GRCh38)
1:147175351-147243050
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001461.4
Sequence length
2331.0 nt
GC content
0.4256

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-671.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -714.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 535.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((((..(((((.((.(((.((..((..(((..(((((......)))))..)))..))..))..))).))..))))).))))))))........((((((((..((((.(((((((((((((((((.((((((((((..(((((.((.((.....((((.((((.........)))).))))...)).))))))).....)))))))((((((...))))))...(((.(((....(((((((..(((...(((((((.(((.((((((..............))))))..)))(((((((((((....(((((..............((((((((....(((((((((((((((....))))))))((((((...((((.......))))...))))))..............))).).))))))))))).....((((((..........))))))...))))).))))))))))).......((((((((((((((((((((.(((((.((((.((((((..(((.(((........))).)))..)))....(((((.(((((((((......((((((......((((((((.((((.....((..........)).....))))(((((.((....)).))))).........((((.(((((...(((((((((((((((((.(((((....((((((((.((((((...(((((((.......)))))))..))))))..((((.......))))((.((((((((.(((....(((((((.(((........)))..)))))))......)))..))))))))))..((((...(((((.....(((((.............))))).)))))...))))..))))))))(((...........)))..))))))))))).))))..((((..((..(.(((.((((..............))))..))).)..))..))))....(((((....)))))..........(((((........)))))..((((((((((((((.......))))))))..(((...)))....((((((((((((((....)))))).....)))))))).(((........))).))))))........((((((...(((......))))))))).(((((((..((((.((((((...(((((((((.((((((...............).)))))))))..)))))(((..(((((((((((..(((((...........((((...((((.....((((.......))))....))))..))))............(((((((((....)))....))))))........)))))...)))))))).)))...((((((.....(((((((((((((((..((......))..)))))))))))))))...))))))))).............(((((.(((((.((................)).))))).)))))...((((((.((((((.....))))..)))).)))).((((....))))...)))))).))))..))))))).((((((.(..(((....)))..))))))).........(((((((............))))))).....(((((....)))))...)))))))...))))).))))))))))))..))))))..))))))))).....(((((.........)))))..((((((((...)))))))).......)))))...........))).)))).))))).))))....))).))))))))))))).....((((.....)))).)))))))...))).....)))))))..))).)))))))))))))))).........((((......))))..(((((.(((((...((.(((......))).)).....))))).))))).((((((((((((.........((..((((((((((....(((......)))....))))).))))).)).........))))))..)))))).......((((((((((((.......))))))))))))))))))).)))))))))))).............(((((.((((((((.((.(((.(....((((..((.......(((.((.(((((((............))))))).)).)))....(((((((..(((...........)))..))))))).)).)))).....).))).)))))))))).)))))(((((((.....))))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.(((((({,.(((((.((.(((.((..((..(((..(((((......)))))..)))..))..))..))).))..))))).))))))),.,{,.,,.((((((((..((((.(((((((((((((((((.((((((((((..(((({{((.((.....((((.((((.......,.)))).))))...)).))))))).....)))))))((((((...}))))|...{{{.(({.,..(((((((..(((...(((((((.,{{{{{((((,...,,,....,,,)))))),.})|(((((((((((....(((((,,,....,,,....((((((((....(((((((((((((((....))))))))((((((...((((.......))))...)))))),,.......,,...))).).))))))))))).....((((((..........))))))...))))).)))))))))))}......((((((((((((((((((((.(((((.((((.((((((..(((.(((........))).)))..}}}....(((((.(((((((((..,,,.(((({{{,.,..((((((((.(((({,.{((({{{,......|{.,((.,.}}|,|||.||,,..||{|||}|{.,,,..,{((((.,((((,,{(({{{{({{{{{(((((({......,,}}},.|||||||{{({{{{{{((((,.,,.,,|}|,}}},.}))))),}})}|..{{.,({{(,,,.}}||||||.|||}}}}||||||{}|||},,,,}}})))}.,,,}},,.....,)))}}||||||(({{{{.{(({..,,..(,|||.{((((.............)))}}.)))))....,,...||{|||||,....}}}.}}}},.,,{(((.((((((..(((((......,{((((({,,.,,.......})))))))}(((((((((.{..(((({{{((....(((((....)))))(((((((((.(((((........)))))(((((((((((,(((,...{{{{,|,|||||{,(,....((({...((((((((((((((....)))))).....)))))))))))}.....,}})))}.,,,,))}}.....,|}},},}}}||...,}})))..((((.(((((((({(((({((((({,.{(((((((((.((((({...............,.)))))))))..)))))),|..{{{((((((((..(((((...,.,,.,..((((...((((.....((((.......))))....))))..))))...,}}......(((((((((....}},.},,))))))..|,,,..)))))...)))))))).))}..})))))).)))}}.,))))))))..))))......)))))))))..))))))))..}.))))))))).....(((((.,,.{.(((.(((((,((..............},)}.)))))))).)}.)))))))))).))))))...))))..,,,,.))))))))..,,,(((((((.....})))))).|....,,.(((({{{(..(((....)))..)))))))...{{{{{{(((((({,....,,.,||.,,,)),,.....(((((....)))))...},,,,)},,},))))})))))))))))).,})))))..))))))))).....(((((.......,.)))))..((((((({...)))))))).......)))))...........))).)))).))))).)))}...,))).))))))))))))).,,..{{,,.....,,,,.)))))))...))).....))))))).}))).))})))))))))))))....,{,..((((......))))},|{(((,(((((.,,((.(({,,,,,,}}}.},..,},))))}.}})))},||,||,|||||}},.{(({,.{{{((,,,,,,,,}}}}}|}}}}{,{|,|..{{{{{{{,.,,,..,|,,.....,,})))))))),,).)..,....((((((((((((.......))))))))))))))))))).)))))))))))).,,,,........{((((.((((((((.((.{((.{....,,{{{.,..|||...{{{,|{.(((((((.........,,.))))))).,,.|||....(((((((..(((.,,.....},,)))..))))))).|||},,,....,),))).)))))))))).))))|(((((((.....)))))))}........,,..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001144829.3 NCBI
GAGUCUCCUCCAGAUCGCAGCUGAAGGAUCUGUUGAGCGCUUCAGGAAA… 1682 nt 0.4287
NM_001144830.3 NCBI
GAGUCUCCUCCAGAUCGCAGCUGAAGGAUCUGUUGAGCGCUUCAGGAAA… 2198 nt 0.4290
NM_001461.4 NCBI
GAGUCUCCUCCAGAUCGCAGCUGAAGGAUCUGUUGAGCGCUUCAGGAAA… 2331 nt 0.4256
Summary

Metabolic N-oxidation of the diet-derived amino-trimethylamine (TMA) is mediated by flavin-containing monooxygenase and is subject to an inherited FMO3 polymorphism in man resulting in a small subpopulation with reduced TMA N-oxidation capacity resulting in fish odor syndrome Trimethylaminuria. Three forms of the enzyme, FMO1 found in fetal liver, FMO2 found in adult liver, and FMO3 are encoded by genes clustered in the 1q23-q25 region. Flavin-containing monooxygenases are NADPH-dependent flavoenzymes that catalyzes the oxidation of soft nucleophilic heteroatom centers in drugs, pesticides, and xenobiotics. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2009]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the FMO5 mRNA, a marker of oxidative stress, showed no significant change after a 5 psi blast exposure but was part of an upregulation battery at 24 hours after a 10-11 psi blast exposure and was upregulated at 72 hours after a 14-15 psi blast exposure [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001].