Basic Information

Symbol
FNDC3B
RNA class
mRNA
Alias
Fibronectin Type III Domain Containing 3B FAD104 YVTM2421 PRO4979 Fibronectin Type III Domain-Containing Protein 3B Factor For Adipocyte Differentiation 104 HCV NS5A-Binding Protein 37 DKFZp762K137 FLJ23399 NS5ABP37
Location (GRCh38)
3:172039547-172405418
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_022763.4
Sequence length
8031.0 nt
GC content
0.4272

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2234.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2391.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1897.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((((((((.(((..(((((..(((((((.(((((((.((((..(((.((((((..((.((.((((((((((....(((((((.((..(((((((((......((((((((((..((((((((..(((.((((.....((((((...))))))....))))))).))))))))...(((.((..((((.((((((((((.((((((.(((((((((((((((....)).))))...(((........))).....(((((.((((((((((.((((.(((((.(((.((..(((((........))).))..)))))...))))))))))))))............((((.....))))......))))).)).))).........))))))))).)))......))).)))))..(((((.(((...((((..(((.............)))..))))))).))))).....(((((....((((((....((((......((((((((....)))).((.((....)).))...........(((.......)))..........)))).....))))....))))))...)))))....................))).))..))))..)).))).........))).)))))))...)))))))))((((((((.....((.(((((.................)))))))))))))))...((.(((((((((((.........((((((((.....(((((.(((.((..((((((((((......(((...((.((......)).))..)))..(((((......((((((((....((((...........((((.....)))).....))))....))).)))))......)))))..)).))))))))....)).))).)))))(((((((((...........((((..((........)).....))))..))))))..((((.(((.........))).))))..((((((((.....)))))))))))(((((.(((((((...)))))))..)))))(((.((((.((.(((((..((((((((.....((....)).....)))).))))..))))))).)))).))).(((((.(......)))).))((((........)))).............((((.((((((((....(((..((((.((((........))))....))))...))).....)))))))).)))).))))).))).........))))))))))))).)))))))))..))).))).))))..)).))..)))))))))..))).(((.((((((........((((.((..(((((((....)))).)))....)))))))))))))))..........).))))))).......))))))).....))).))..)))))).....((((((((.........((((((((((..((...))))))))))))..((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((...((((.(((((...(((((.(((((.(((.(((.(((((((.(((((((.((((.(((((..(((....)))....((((((..(((.((((....)))).).))..))))))..((((((.((((.((((.(((((.(((((((((((((((((.((((((..(((......))).)))))).......((((((..(.(((((..(((.((((((((((........)))............(((((((.(((...(((((...(((((((..((((..........))))..))))))).......(((((....(((.....)))....)))))((((((((((..(((((((((((((((((........))))...))))))))((((((.((......))...))))))..((((....(((....)))....)))).(((((.(((((((.((((((.((((((....)))..)))))).)))..))))))).)...((((((((..((((((.((.....)).)))))).(((......))).))))).))).)))))).)))))))))))))((((....(((((...)))))....)))).(((((((.(.((((.....((((..((.(((........((((((.((...))))))))))).))..))))(((((((.....)))))))..........(((((...)))))(((((....)))))))))).)))))))))))).))).))))))).)))))))...((((((((.........(((.((((((((...(((((.(((((((.((..(((.......))).)).)))..))))..)))))...)))))))))))..))))))))((((((((((((((((((.....((((((....))))))...)))).(((((((..(((....)).)..)))..))))...(((((.....)))))((((.(((.((((((.(((((((((..(((((((.....(((......)))))).))))..((((((.(((.((((((((...(((((.(((((.(((((.(((((((..(((.((((((((((((.....((((((..(((.(((((.(.((((.(((......))).)))).).))))).))).....((((((((((((((..(((((.((....((((..((((((((((....))))))........(((.((((((.(((((((..(((((((((((((.......(((......(((..(((..(((((.(.((((((((.((..(((((.(((.((((......)))).))).......((((((.......((((((((((((((.((((((...(((((.........))))).)))))))).....)))))).................))))))...((((.........))))....((((((.((......))))))))....))))))......((......))((((((((((((..((((..(.((((.(((.....(((((((((((.((...((....(((((.........)))))))...)).))).)))))))).....))))))).)..))))))))).......)))).)))....(((........)))..)))))...))..))))))))))))))..))))))......)))....)))))))....))))))..)))...)))).)))))).)))(((((....(((.....((((((((((........(((((((((...........((((((...(((((((((((((((.(((....((((.(...(((..((((.........)))).)))...).)))).))).)))))).(((((((..((((((.(((((.(((((.((.(((((((((((((.(((((.(((((..((((...((((((...(((((((((..((((((..((((((...((.(((((..(((...(((((.(.(((((..............((((((((..((((((..........))))))))))))))...........))))).).))))).)))..))))).))(((((((((((((((.(((((((((.(.((....(((..((((.....))))..)))))).)))))....))))((((.....((((((..((((((((((..((((((((...((((((.....))))))...............(((...(((((.((((...................)))).)))))....))).........((((......))))(((((((((.....(((((...)))))...((((((....((((((....(((((.((.(((.((((((((...(((...((((.....(((....((((((((((((((((................))))))))))))...))))..))).....)))).(((((((((((......((((((....)))))).....((((((....((((((.(((((.....((((..(((((...........(((((......)))))...........))))).((((.......))))...(((((..((((.(((((......))))).))))..)))))))))))))).))))))....))))))...........((....)))))))).)))))...)))....))))).)))..))))).)))))..))))))...((.(((((....))))).))))))))....)))))))))(((((((((........(((((((((((.(((.((((.....))))...........((((((((.(((.((((((((.(((.((((((.(((((.(((.(((((((((((....(((.(......).)))....))))))).......))))..)))))))).)).....)))).))).)))))))).)))......(((((((.((............))..))))))).((((((..(((.(((..........))))))..))))))(((((((....))).))))..(((((((.((((.(((.(.((((((.((((........................)))))))))).).))))))).))))))).)))))))).))).)))))))))))(((....)))......(((((((((...((((((......)))))))))))))))...))))))))).....))))))))..))))))))))...)))))).....))))...)))))))).......)))))))...))))))))))))...)))).))...)))...))))))(((((((....)))))))...(((((((((..(((.(.(((.(((((((.......)))))))..........))).).))))))))))))....))))..)))))))))))).((..(((((............................)))))..))..)))))))....)))).))..)))))..))))).))))))..)))))))....)))))))))....))))))((((((.((..((((((.....)))))))).))))))...((((((..........))))))........(((...))).)))))))))....))))))))))........)))...))))).))))..)))))).)))))..))))))))))))))..(((((....((((((..((........(((((.(((........))))))))..(((((((((.(.(((((....)))))))))...))))))..(((((((....)).)))))((((((((......))))))))((((........)))).....((((((.(((((((((((......((((((((.(((....))))))))))).....)))))).))))))))))).........))..))))))...)))))............(((....))))))))))))..))).))))))..((((.(((..(((((.(((((.(((((..(.((((((((((((((((((......)))))))))...((((((((((((.(((......................)))...)))))).))))))((((................)))))))))))))).))))).))))))))))...))))))).....)))...))))))).)).))).))))).)))))((((((.....))))))((((((((............))))))))........((((((......))))))..((((.(((....))).)))).....)))))))).))).))))))..))))))))).)).))))((((((((((...............))))))))))(((((...((((((((.((((......((((((((((((((.......(((((((...)))))))(((((((...(((((((((((....))))))...........)))))..))))))).))))))))))))))........)))).))))))))...))))).....((((((.((((.(......).)))).))))))...........))).))))....((((((((....(((.....)))....))))))))......)))))))))))))).)))..))))).)..)))))).(((((................(((((.........(((((((.((....)).)))))))..((((((((....))))))))))))).......(((((...........))))).......)))))((((((((...........))))))))....))))))))))))))..)))...)))))...))))))))...))))))..((((...........))))..))))).)))).))))))(((((....))))).....(((((..(((((..........(((((............)))))......))))).))))).......(((((......))))).......).))))))).))).)))..))))).)))))....)))))..).)))....)))))))))......(((.......)))....(((((......)))))..........))))))).)))))))))........))))))))))))).((((((((...((...))...))))))))...............)))))))).(((((((((.......................)))))))))....(((((.((((...((((((.(..((((......))))))))))))))).))))).((((((((.....))))))))(((((.((.....)).)))))..))))...)))))))))..(((((.(((((((((((((((((((((((((....................((.((((((((...))))))))..))((((((((((((((((.((.......))))))))))..)))))))).((.(((....((((....(((((((((((..(....)..)))))))....))))...))))......))).))..................((((((..(((.(((((..((..(((((((.(((((((((((((.((......)).)))))))..)))))))))...)))).)).((((....(((((((..((((((....((((((((......((((.....))))...))))))))(((((.(((....))).))))).(((((((((((.(((.((((.((.(((.(..((((.........)))).).))).)).))))(((((......)))))..))))))).))))))).((.....))........................(((((((.(((((.....))))).......))))))).)))))).)))))))))))..((((((((((((((....)))((((....)))).....((((((((((((.(((((.......))))).........(((((....)))))..............))))))).)))))..........((((...(((.((.((.((...)).)).)).)))...))))..)))))))))))....((((((.((((((...........(((............)))..((((......)))).......)))).)).))))))............(((((((.((....)).))))..))).......))))).)))))))))....)))))))))))))))))))))....)))).))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,.((((((((({{(((,({((,.,({(({..(((((((.(((((((.((((..((,{((((((..((.((.((((,(((({{{{.(((((((.({{(((((((((..(((...}))..))))))(((((((((.(((.((((.....((((((...))))))....))))))).))))))))...(((..(((.({,,((((((((..{{{{..,,,||||(..{((((,.....)),))}}........,|||,|{|||,,||,,,,{{{.((((({{{({({(((((({.{({.((,,((((({{{{,,{{|}|.,}..|||||,{{||||||||||||||,.||,..,...}(({{,...}))}}..,..}}}}.||||||(((.{{{,,..|||,,|||..,||}||}}}}}})}}}|||||,,,.}}}..,,}}}.}}}},,}))),)))))}}}.|.((((((.,..((((({{........)),}))))..,))))))..,||,}||}||.|||.((((..(((....))).)))).,,,,,,,..))},,))))))))..,),.}})..}})......,}},}}}}}...,{......,........................(((.(((.(((.((((..({{{{..((..({{|,.((((.((((((((..........(((((.((((.(({..,,,.,......|||||,|,,||....,.,.(({{...}}}}.{{{{......,}}},,,(((.{..(((((.(((.((..((((((((,(......{((...((.({...,..)}.))..}}}..(((((.{....((((((((....((((...........((((.....)))).....})))....)))}}))))....}.)))))..,))))))))))....)).))).)))))})))...............{(..{..||.....}}.||...,{(((|,..,.})}.}})))}}..)}}.}))))))))..||,,,{(((({(.,,.,}}}}))},,,.(((((.(((((((...)))))))..))))){((.{({(.((.{{{{{..((((|(((.....{{....)),....}|||,||}}.,)))))}),)))}.))}.,}}}|....,,,,))))))))..))))...}..})).)).))}))....{(((.((((((((....(((..((((.((((........))))....))))...))).....)))))))).)))}.))))))).))).)))...,{(((.....)))))))))))))..))).)),.)))),.)).))..)))))))))..))).(((.(((((({.......(({({,,..(((((((....)))).)))....,))))})))))))))..........).))))))).......)))))))....,)}),}}}})),)))}....((((((((,|||||.{.((((((((((..({...)})))))))))),.((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((...((({.(((((...(((((.(((((.,{{,(((.(((((((.{((((((.((((.(((((..(({....}})....((((((..(((.((((....)))).}.))..))))))..((((((.(((,{((((.(((((.(((((((((((({((((.((((((..(((......))).)))))).......((((((..{.(((((..(((.((((((((((........))).,,},.....,{(((((((.(((...(((((,..(((((((..((((..........))))..))))))).......{((((,...(((.....)))....)))))(((((((((,.{(((((((((((((((((........))))...))))))),((((((.{(......}}...))))))..((((....(((....)))....)))).,{{((.(((((((.(((((,{((((((....)))..)))))).)))..))))))).),..{{{(((((..{{{{{{,||.,,,,||.||}}}).|{,......,}}.)))))},},..,}))).)))))))))))))((((....(((((...)))))....)))).{((((((.(.{(({{{..,,{{{.,{{.{{{,,......{{{{{||....,|||}}}}},))}),..},}}(((((((.....))))))).,......,,(((((...})))){{{{{...,))})))))}).)))))))))))).))).))))))).))}}))}...((((((((.........(((.((((((((,,.(((((.(((((((.((..(((.,....,))).)).)))..))))..))))),,.)))))))))))..))))))))((((((((((((((((((.....((((((....))))))...)))).(({{{{{,.(({,,,,||.}.,||||..}},...||||{.....))}}|((((,(((.((((((.((((((((({{((,{{{{|.,,.,,,,,.,,.}}}}}).)))),.((((((.(((.((((((((.,{(((((.(((((.(((((.(((((((..(((.((((((((({{(.....{{{,,,,,({(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).))))),))}.....{(((((((((((((..(((((.((....((((..((((((((((....))))))........(((.((((((,(((((((,.(((((((((((((...,.((.((......{{{..(((..(((((.{.((((((((.{(..(((((.(((.((((......)))).)))....{{{((({({......,(((((((((((((,,((((((.,.,((((......}}}),,)).))))))})...,.)))))).................))))))}..,{{{,,,......||}|.,,.(((((({({......))))))))....,}))},......((......}},,{{((((((((..((((..,.((((.(((.....(((((((((((.((...((....(((((.........)))))))...)).))).))))))))...,,))))))).}..))))))))).,,,...}}}}.})},...,,,..,,,...}})},)))))...}}..))))))))})))))..)))}))....}}}}.,...)))))))....)))))),.))).,.)))).)))))).))}(((({.,..{,,...,.((((((((((.,......(((((((((...........((((((...(((((((((((((({.(((....((((.(...{{{..((((.........)))).})}...).)))).))).}))))).(((((({..((((({.(((((.(((((.((,(((((({{(((((.((((,{(((((..((((...((((((...(((((((((..((((((..((((((...{(.(((((..(((...(((((.(.(((((,,,,,{.,.,,,..,|||{|||,,||{((({|..,,{...}}))),)))))|||,......,},,))))).).))))).)))..))))).})(((((((((((((((.,,.....{.,(,((({{,{||,,((((.....)))),,||||{|{.}},,,}}}}),})|,|},,..((((((.{((((((((((..((((((((...((((((.....))))))........,,{,{,{(((({.{((((,(({(.,,,,,,,,,...,,....|||,.}}}}}....,..........,{{{,...,..)))}||{{{{{{{.....{{(({..,|||||..,{(((,{,.{{({,((({,((((,,{,({{({({{{{{{{,...,,,|,{{,.{{||,|||||.{{{(((({{((((((((((....,})))))))}||||{({({{{{{({{...,{|,,,{,,,.{,,.||..}}},,,}}}},..,,,.....,}||},}}.}}}},..|}}}},,,.}}|}}}}}}.||,,,}.}}}.,|||{||},,,,,,,,,.{{(((,,,,.,|||||..........|||||,.,,,,..{{,,,||||{{,|{|{|||||{|.,,|||.......|||||}|||,{||{{(|(((,{,....|}}}.|||||.||||,....,,,,,.{{....)),,{{|||}}}.,.})))))}),,}}))})}})})),,,..,|||,.....))}}.,{.((((|....))))),)},}))}}....,))))})))||||||{{{.,,,....(((((((((((.{{,.{(((.....}))}...........((((((((.(((.((((((((.(((.((((((.(((((.(((.(((((((((((....(((.(......}.)))....))))))).......))))..)))))))).)).....)))).))).)))))))).)))......{{(((((,((,...,.......}}..}}}}}}|.{,{(((.,{{,,{{{..........)))))}||}}}}|((((((((....))),,)))),,{{|{||,{{({{(((.{.(((({{{((((..,,.,.........,,,}}....)))))))))),),))))))).)))))}).)))))))).,},.))))))))))){||,,,,)}},,....(((((((((...((((((......)))))))))))))))..,)))))))}}.....))))))))..)))))))))),}.))))))........,.}.)))))))).......)))))))...))))))))))))...)))).)),..)))...))))))(((((((....))))))).{.(((((((((..(((.(.(((.{((((((.......))))))}..........))).).)))))))))))).}..))))..)))))))))),},((..(((((............................)))))..))..,}}))))..,})))).}),,)))))..))))).})))))..}))))))....)))))))))....)))))){{((((.((..((((((.....}}}}}}}}.}))))},,,{(((({,|,...,,},}))))}..,,,...(((...))).)))))))))..}.))))))))))........,}}...})))).))))..)))))).)))))..)))))))))))))}..{{(((....((((((..((........(((((.(((........))))))))..((({({((,,(.(((((....)))))))))...))))}},{(((((((....)).)))))||((((((......})))))),((((........)))).....((((((.(((((((((((......((((((((.{{,....,}})))))))).....)))))).))))))))))).........))..))))))...})))}....,,,,...}|||....))},...,,)))..)))}})))))..((({{(({..(((((.(((((.(((((..(.((((((((((((((((((......)))))))))...((((((((((((.{,,........,.,.,.....,},.})}...)))))).)))))){{{,...,,,..........,))))))))))))).))))).))))))))))...))))))).....}))...))))))).))))}).))))).)))))|{((((.....}}))}}{{((((({.,...,,..,,.}))))))|{{{{..,{((((,,..,}}}))))))..((((.(((....))).))))...}}))}})))).))).))))))..))))))))).))}}))}((((((((((...............))))))))))(((((...((((((((.((((...,,.((((((((((((({......,,(((((,...)))))}|{((((((...(((((((((((....))))))}..........,))))..))))))},))))))))))))))..,.....)))).))))))))...))))).....((((((.{(((.(......}.)))).))))))...........}}},))))|,|,((((((((,,..(((.....))).,,,))))))))......)))))))))))))).)))..))))).)..)))))).............{{(((({{{((((((.,,,....,,,,{{|.,,..|,.,.|((|{{,..((((((((....))))))))}..))}}}}...{{{{{.......,,,|}}}||.........}}.,.}||||......})))))).))))))))).))))})))))))))..)))...)))))...))))))))...))))))..((((..........,))))..))))).)))).))))))(((((....))))).....(((((..((((,..,.......(((((.,........,.))))).....,))))}.)))))..||{{,{{{||},....}}}}}...,..,}.))))))).))).)},..))))).)))))....)))))..}.)))....)))))))))}..,,,{{(,,,..,,,,,{{{{(,,,..,,,}},)}))},...,,},,})))))).)))))))))........))))))))))))).((((((((...({...})...))))))))...,,.,,,,,....)))))))).{(((({{{{,{{,,,,,.||......}}.},,))))|||||{{,.{{(({.,{{,,{(((((((.{,,{{{{......)))),))))))))))}))))}.{{||||||,,...}}}}}}}|{{{{{.{(.....)).}}}}}..)))}..,})))))}}}..{{{{({((((,((((((((((((((((((,.....................,{,((((((((...)))))))),,|.((((((((((((((((.((.......))))))))))..))))))))..,.|||....((({,,,,(({((((((((..{....)..))))))),...)}||{..,.))}.,,..|||,||...................,((({,((((.,,,((,,((.,(((({((.(((((((((((((.((......)).))))))),.))))))})),}.)))).,,.|{{{....{((((({..((((((.,,.((((((((......((((.....))))..,)))))))).,,.....,......|,|||{{,(((((((((((.(({.((((.((.{((,{..((((,|....}}.)))).),)}}.)).))))(((((......)))))..}}})))).})))))).||.},,,}}..............,,,,......||{((((.{{{{{.....}}}},.......))))))).)))))).)))))))))))..,(((((({({{{{{|{{|||{((((....))))}.,.,{{{{{{({{(({{((((({{{{{{{||||,...{{{{{,(((((....)))))..............}},},))})))),........,))}}}}}}||.}}.}}}}}|}||}|,|.......{,,,|,.,{{|||||,|||||....((({{{.((({{{....,...,,.,||,,,......,,.},|..((((......))))..,..,,)))).}).))))))......,,,.,.||.||{||||,,,})).)))}..}}}...,,}}))))),}},,..))))))}))))))))))),)))))),,,....|}}},))))).,,}}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001135095.2 NCBI
GGACUUGGCGAGCCGGCGGCUGGAAGCUCGGGCGGGGGAGCGGGGCGCG… 7931 nt 0.4249
NM_022763.4 NCBI
AUUGACAUGGCGGAAUCCCCCAUCAAACCCUCCUGGUAGUUAUUUGAGC… 8031 nt 0.4272
Summary

Enables RNA binding activity. Predicted to act upstream of or within several processes, including negative regulation of osteoblast differentiation; substrate adhesion-dependent cell spreading; and type II pneumocyte differentiation. Predicted to be located in endoplasmic reticulum. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the mRNA expression level of the FNDC3B was significantly higher in the cecal ligation and puncture (CLP) group compared to the Sham group [Yang et al. DOI:10.1038/s41598-025-06463-2].