Basic Information

Symbol
FOXA2
RNA class
mRNA
Alias
Forkhead Box A2 HNF3B Hepatocyte Nuclear Factor 3-Beta Forkhead Box Protein A2 Transcription Factor 3B HNF-3-Beta TCF3B Hepatocyte Nuclear Factor 3, Beta Hepatic Nuclear Factor-3-Beta HNF-3B TCF-3B
Location (GRCh38)
20:22580998-22585455
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021784.5
Sequence length
2538.0 nt
GC content
0.5906

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1016.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1061.10 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 745.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_021784.5 NCBI
ACUGCCAACCUCAGCCGCCACCCGGCAGCCCGUGAGCGCGGCGGCGGCG… 2538 nt 0.5906
NM_153675.3 NCBI
AGAGACAAAUCUCAGCCUCCCAACCGUCGGCCGCUGCUAGAGGGGCUGC… 2443 nt 0.5911
Summary

This gene encodes a member of the forkhead class of DNA-binding proteins. These hepatocyte nuclear factors are transcriptional activators for liver-specific genes such as albumin and transthyretin, and they also interact with chromatin. Similar family members in mice have roles in the regulation of metabolism and in the differentiation of the pancreas and liver. This gene has been linked to sporadic cases of maturity-onset diabetes of the young. Transcript variants encoding different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.