Basic Information

Symbol
FOXJ1
RNA class
mRNA
Alias
Forkhead Box J1 HFH-4 HFH4 FKHL13 Hepatocyte Nuclear Factor 3 Forkhead Homolog 4 Forkhead-Related Protein FKHL13 Forkhead Box Protein J1 Forkhead Transcription Factor HFH-4 Fork Head Homologue 4 Forkhead-Like 13 CILD43
Location (GRCh38)
17:76136333-76141245
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001454.4
Sequence length
2587.0 nt
GC content
0.6598

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1235.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1281.30 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 788.79
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001454.4 NCBI
AGAGAAGCGCCGUCGGGCGGGGGGGCGGCAAGAGGCGCUGGCAGGGCCC… 2587 nt 0.6598
Summary

This gene encodes a member of the forkhead family of transcription factors. Similar genes in zebrafish and mouse have been shown to regulate the transcription of genes that control the production of motile cilia. The mouse ortholog also functions in the determination of left-right asymmetry. Polymorphisms in this gene are associated with systemic lupus erythematosus and allergic rhinitis.[provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the FOXJ1 was identified as a member of the upper quartile gene coexpression modules significantly associated with lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex, with prior validation in independent studies for alcohol consumption [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159].