Basic Information

Symbol
FOXJ3
RNA class
mRNA
Alias
Forkhead Box J3 KIAA1041 Forkhead Box Protein J3
Location (GRCh38)
1:42176535-42335913
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014947.5
Sequence length
5225.0 nt
GC content
0.4343

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1520.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1626.76 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1403.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001198850.2 NCBI
ACCAUAACCUGGGUAGCUACCUUGAGAAUUAGAAGGGCCUUUAGAGGUC… 5303 nt 0.4292
NM_001198851.2 NCBI
CUCUCUCUUCCAGCCGCAGCCGCGUUGCGGGUUCUUCCCUGUGGAACAG… 5333 nt 0.4219
NM_001198852.2 NCBI
AGUAGUUCCGGGUGCGCGGCCCCGGAUGUUGGCUGCUCUUGCUGCCGCC… 5123 nt 0.4345
NM_014947.5 NCBI
AGUAGUUCCGGGUGCGCGGCCCCGGAUGUUGGCUGCUCUUGCUGCCGCC… 5225 nt 0.4343
Summary

Enables DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific and sequence-specific double-stranded DNA binding activity. Involved in positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to be located in chromatin. Predicted to be active in nucleus. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

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