Basic Information

Symbol
FOXP1
RNA class
mRNA
Alias
Forkhead Box P1 HSPC215 HFKH1B 12CC4 QRF1 Fork Head-Related Protein Like B Mac-1-Regulated Forkhead Glutamine-Rich Factor 1 Forkhead Box Protein P1 MFH PAX5/FOXP1 Fusion Protein
Location (GRCh38)
3:70954693-71584009
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001349338.3
Sequence length
7177.0 nt
GC content
0.4314

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1982.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2122.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2301.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((.((((((((((......))))))))))..))))))))))(((.(((((((((.((((.((((......))))....(.((((....(((.(((.....((.((((((((((...))).....))))))).))......((.(((.((......))..))).))((((((..(((.(.(((((((((.......))))))))).).)))..))))))))))))..)))).))))).))))))))).))))).))))).)).((((.((((....))))..))))......(((.(((((........))))).)))))))))))))((.((((.(((.(((((.....)))))....))).)))).))((((((((((((.((((....))))((((.(((((((((((((.((((.((((((................)))).)).)))))).....(((.(((((((((.............(((((....(((.......((((((((((.....(((((....)))))((((((((......)))))))).....((((((.(((.((.(((.(((((............(((...)))(((((...))))).(((((((......(((((....))))).((.((((((.((((((.((((......((((((((((..(.(((((....((((((((.....)).)))).))....((((....((((.....(((((((((.(((......))))))(((((.((.((....)).)).........(.(((........))))..))))).(((((...((((.........))))....)))))..((...(((((((.......)))))))..))((((....(((.((((.((.(((((((.....((((((....))))))(((..(((....)))..))).(.((((........)))).)...(((.((((((((....(((((....))))).....))..)))))).))).....................))))))).....((((...(((((..((.((((((((......(((..((((((...((.((.((....((((.(((.((.((....)).)).)))....))))....)).)))).))))))..))).......)))).(((((...)))))..........))))))))))).))))............)).)))).)))...))))...)))))).....))))....))))...(((..(((...((..........))....))).)))..))))).)..)))))).)))).)))).)))))))))))).))............((((.(((...(((((.(((((........)))))...((((....)))).....(((((...(((((((.........))..))))).....))))))))))...))).))))(((.(((((...))))).)).)..((((...))))..........(((((((....)))).))).((((.((.......)).))))....((((((.(.((.(((((((((((..(((.......))))))(((((((...(........)...)))))))...........)))))))).)).).)))))).........)))))))))))))))..)).))).)))))).((((.(((.......)))..)))).((((....))))....)).)))))))).......))))))))....(((....((((....)))).....))).....)))).))))).)))...))).)))))))).))))....(((((.((((((((...............)))))......((.((((((((((.((..(((((((((.((((((((((..(((...((.............))...))).))))......(((..((..((((.((...)).))))..)).)))........))))))))).....))))))...)))))))))))).))......(((...))))))..))))).....)))).))))))))...(((.((..(((((.....))))).)).)))............)))).(((((.....((((...........)))).....(((((((((.........))))....)))))............))))).(((((((((.(((((((((.(((.((((..(((..........((((((.((((((((....(((((....)))))......((((...((((....))))....))))..))))))))((.(....(((......)))....).))..)))))).........)))..)))))))...)))))..)))).................((((.(((((((....((((((........((((......))))..((((...(((...((((......))))...))).....))))......))))))....)))).)))))))...........(((..((.(((((((((((((...((((((........))))))((((..((.((((...((((((..............(((((((((....(((((((..((((((((.((((...))))..))))))))))))))))).)))))))....(((...(((((((..(((((((((((.((((..(((((....(((((((.(((..((((((.((.....)).))))))..)))...)))))))......)))..)).))))..))))))).((((......)))).....(((((...((((((((((((((((((.(((((((((...........((((........)))).((((.((....)).))))..((((((((.....(((((((((((((.......))))...)))).))))).(((((((((.((((...((((((((..(((((.((((......))))((((((...(((((((.((((((.(((((((((((((.((.(((.((((((((((((........((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((..((((((.........(((((........)).)))..........))))))..))))))))..................(((....)))(((((((...(((((...)))))..))))))).....((((((((...(((((((((..((.....(((((........(((.(((((((((((........)))))..)))))).))).........))))).....))..))))))............))).))))))))...((.((((((......)))))).)).))).)))))........))))))))))))).)))).(((....))).))))))).))))))))))).))).)).)))))))))))))((((.....))))..........((((.(((((((..((....))....))))))).)))).((((((((((((((((.((((..(((((((((((((((((((((((((((((...((...........((((((((((.............(((((...(((.((((((.....................((((((............))))))((((....))))....((....))......)))))))))..)))))((((((((((.....((((.(.(((((((((((.(((((......))....))).))))))))))))))))....((((((((.......)))))))).)))).))))))..((((..((....))..)))).....))))))))))...(((.((((((....))))))...)))......((((((((.....))))))))((((((((.((((.....((((((.(((.........(((((.......((((((((((((.((((((...........((((((((((((.(.(....(((((((((((((((((((.((((((((((...((((((((((........(((.(((.((..(((((...)))))..)).)))..)))..........).))))))))).......(((((......((..((((((.((......))))))))..))......(((((((((((.(((((.(((..(((...((((.(((((((.....(((((((....(((.(((......))).)))...)))))))............(((((...(((((((...))))))).))))).((((((.(((.....)))))))))..))))))).)))))))..........))).))))).))).)).))))))((((((((((((.((((............))))(((((((..((..((((.....(((.(((((((((((((.(((((......((((((......((((((.(((((.(((((.((.........(((((...)))))........)))).))).)))........))))))))....)))))))))))))).(((.(((...))).)))........((((((((((..((((..((((((.(((........((((((((.((((.(((((.((((((((..........(((((......)))))..(((.(((((((((......))))))))).)))(((.((((((((.......((((((...((((.((....)).))))...)))))).......)))))))))))......)))))))).))))).))))))))))))..))).))))..))..))))..))))...))))))...)))))))))))))....))))...))..)))))))..............))))))).)))))(((((........)))))........)))))((((((((....))).)))))...............................................))))))..))))))))))))...(((....)))..((((((((..........)))))))).))))))...))))))).))))))...).)))))........((((((.(((((((...)))))..)).))))))..(((((........))))).............)))))).)))))).)))))))))))..........)))))))))((((((....................)))))).....)))).))))))))((((((...)))))).(((((....)))))..))...))))))))))))))))))..........(((((((..(((((((......))).))))((((((.((((((.......((((((((((...(((((.((.((.........................)).)))))))...))))))))))....)))))).)))))).....(((((.((((((...))).))).)))))))))))).(((((((((..((((......(((((((((((((.((..((.(((......)))..((((((((....))))))))..((((((((.(((((....))))).........(((((((((.(((((((.(((((.((.((..((((((.....((((((((((((((...((((.....))))....((((......))))((((((..........(((((((................)))))))........))))))(..((((((...))))))..).)))))))))).......((((((...)))))))))).....))))))..))..)).))))))))))))..)))))))))....))))))))((((((((((....))))))))))(.(((((((((........))))))))).).................))..)).))))))))))..)))......)))))))))))))...)))))))))))((((((((........)))))))).......(((((........)))))....)))).))).)))..)))))))))).........))))))))))))))))))))))))..)).......))))))......((((.................))))(((((((((((.(.....((((((((...(((((((((....))))))))).((((((..((((.....)))))))))).........((.(((((.((..(((((((((((...........((((.(((.(.(((((..((((.((((((((...((((((.....(((.....)))....)))))).((((((....)))))).............((((..........))))))).)))))..))))....)))...)).).)))))))...........)))))))))))..))..)))))))..........(((((((((((((.....))))))))..((((..((......))..))))..............)))))..............(((((((........)))))))...))))))))....).)))))))))))...(((((......))))))))).))))))))).)))))))).))))))))).))(((........)))....))))))))))))))))((((......((((..(((.((.((....)).))..)))...))))...))))))))))))))))))))...)))((((..(((((.((((.....))))..)))))..)))).....((.(((((((....(((((((((.......)))))))))..))))))).)).))))))....))))))...))))..))))))))))))).))..)))(.((((((.......)))))).).(((((((.....))))))).......(((((....)))))...........))))))))).)))))..))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((..(((((,,,,(((((((((((((((((.((.((((((((((.((((((((({......}))))))))).,))))))))))(((.(((((((((.((((.((((.....,||||....{.{(({.{{,(((.{{{.,...((.((((((((((...))).....))))))).))......((.({(.((..,|..)}..})},))|((((({.{(({(,((({(((((,...,,.})}))))))}).}))},)))))))))))},.,}}),))))).))))))))).))))).))))).))}((((.((((....})))..))))....,,,{{.(((((........))))).}}))))))))))),{,((((.{{(.((((({{{{{||}}|{.,{||}.||}}|}|{(({,(((((((.((((....)))),{{{.(((({((((((,({{(((.((({{......||||,,,,,,{,},|{||,|}||||.....{((,(((({({({,,,,,,,,..,,.{{|{{....|((,{{,{..,{||||{||......{((((,,,,||}},((((((((......)))))))).,,{,{((({{.,{{.|{,{((,((({{,{.....,}..,|||,,.}||{((({...})))).||{{{{{.,,...(((((....))))).||}||||{{,||||||}||{(,,,..,(({{{{{{{{,.{,|||||,|..{{((((,{..,..}}.)})).,)}},.||||,.}}||||,},,}||{{,,{{|.|||....,,}))))},,||||||,{{....||.||}|}}}|||}},|||,,....,{{{,,,,||||,.{{{,,.,,((((,{,..,,,,||}}...,|||||.{(({{,{((((((.......))))))|,{{{{{{({...{{|,({((,.{,{.{(((,.....|||||{,,,.}}}||,|||..|({....}))..))).||{({({{{,....{(((.....|||}|||(((.{{{{.(((((....))))).{(((((...(((((.(((..((((..........((((.((((((.....{((({.....((....}}|||||||}..))))))))))(({....,||.((,{(,.....,}.,)).)}))))..))).)))))...)))))).,}}),}))||,..|||}..|||{....}})))).||}|.,,,|||||,,,,,{.....}}||}||||..,))},,}},||},.,,,|,||||.|)|}|})))},..||||||,...,||||,.,.||||.,.......,,,,|||.....,,.,.||{|,.,||{..,|{||||}.,..)))))},,))).)))).}}}}}}}}}}}}.,}........,...((((.(((.,.(((((.{((((........))))}...((((....)))).....(((((...(((((((.........))..))))).....)))))))))).,.))).)))),||}{||||...))))).)).|,,{{{,....,)),,}}}|....{{(((({....}))).))).((((.{(.......)}.))))....{((({{.{.{{.{((((((({((..{((.......)))})}||||||(.,,(,,,,,,,.|,,,||||||}..,{.{,,...||||||||,||,|,||||}|,...,,..,|}}|||||||}||}|,,||.}}}.}}}))},},}},||,|||..,.,,|{||,..,|||({{{{||,,...|||}},.,)}}.........,,,||||,,,,(((,,,.((((....)))}.....|||,,,,,||||,|}}}}.|||.,.}}}.}}}}}})),))},.,,.,{,||.|||||(((,,.......,,,.,,|||||,.,,.{(({((((((((((.((..((((((((,,((((((,{({..(((...({,(({......}}})}...))).}}}}....,.(((..((..((((.({...}).))))..)).)))........))))))))).....))))))...)))))))))))).,,....}}||.,,.},))}},}))}||,|,.,||}|.}}}}}}},.,,,,{.{{,|{{{{{|,,,,})))|.)),}}|,...,......|||||{({{{{{,,.{(((,,{.,{{,....,,,,.....(((((((((.........)))),...|||||,,............{(({.{(|{{,,..(((((((((.{{{{((((..(((,{,{,....}|||,{{.((((((((....(((((....)))))......({,{{{{((((....))))...})))}..))))))))((.(..,.{((......)))....).))..|||}}}...,,,...))}..)))))))...)))))..))))....}}.},.})}}.,,{{|||{{(({((,{{,({((,,{..,,((.((((......))))..|||,,,{(((...,||||}|.{,|}|,...}}}...,,},|||,...,}}}}}|,,||}}}}.}}||||,..,,..,,{{,|||..{{.{|{|{|||{{{{|.,,((((((,,,,,...}}||||{{{{,,{({,,((({{(((((({,,,,,,,,,,...(({(((({,..,,(((((({..((((((((.((((...))))..))))))))}))))))|},}}|}}}}..,.,,,...,}}}}},..{{{{(((((((.((((..({(((....(((((((.{((..((((((.((.....)).))))))..)))...)))))))...,,.)))..)}.))))..))))))}.||||.,,}}}}.}},,....{{{{,{,(((((({((((({{,{((,((({{({{,....,,,,}}}((((........)))).((((.((....)).))))..{{{((|{,.,,,.{((((((((((((.....}.))))...))))},)))),((((((((,.{{{|,||{,,|||,,..,||||}{(((.....,))})||||||,.,||||||||{{{{{,.,{{{{{{{||||||||||||||{{{{{{{{{{|||||..,,|}|||||||{.|{|||||{{{||{{{{|{||||||||(((,,(((({{.,,..,...{{{{(........)}.}}}...,,,,||}}}}}}},.,}}})))),,,..,,,.,.....|,.|||.|,,}|((((((((...(((((...)))))..))))))))}...{{{{{{{{.{{{{{{{({{(,,((,....{((((........{,{,{((((((((((........))))}.,)))))|,|||,,.,,,,,,,,|||,....||{{|}||||...||{{.|,..,,},})))))))....({(((,((.{{{{,.,,}))})).)),))))),.,,..,..}}}}}}))))))}.}}}}.,,,,||,})),}))}})),,))}))))))),))}}))})))))}}}}}}}}(({(.....)}}).,||,..,,.{{{{.|{{{{((,{{{....}}...}))))))),)}))|||||||||||||{||{.{||||,,{{{{{((((({(({{(((((((((((((((.,{...........{(((((((({.........,{{{(((((...(((.((((((..,,.............,|,.(((({{............})))))(({(,,..}}}},.,,{|....)},.,,,.)))))))))..))))},|}|||,{{{.....((((.(.{((((((((((.{((((......)).,,,}},.))))))))))}})))).{{.((((((((.......)))))))).})||,||,|||({(({,..,|...})),}}),}}....))))))))))...,{{,{{{{{|,|..,|||||,|.}})})}}}.((((((((.....))))))))((((((((.((((.....((((((.(({.,,,.....({{{{.....,,((((((((((((.((((((.....,.,,,,({{(({((((((,{,{....,((((((((((((((((((.((((((((({...(((((((((|,.,.,,..(({.(((.((..(((({...}))))..)).))}..)))...},.....},))))))))).......{{{|{||,.,,{{..{(((((,{{......}}}}}|||..||{{{{{((((({{{((((,((({{.{{{,,{({{.,{{{{..,{{{{(((((({{,,(((,....|}}|.|..,}}}))..,,|,..,}}}))),,,,,,|,|{{{((((({.{((((({{.,,||}||}}..|||{.{{{{{|,|||,,.,,))}}}))))}}.})))}..}))))}},........||}}.}}))).))),}},,}))))}}||||||{|||,||{{............||||(((((((..({..((((.....((,{(((((((((((((.(((((......((((((......((((((.(((((.(((((.((.........(((((...))))).....,.,)})).))).))}.......,))))))))....)))))))))))))},(((.(((...))).)))........((((((((((..((((..((,{{{.(({.....,,.((((((((.((((.(((((.((((((({...........,{{{|,.,..||,||,.,{{.{((((((((......))))))))).))}(,.{((((((((.......((((((...((((.({....)).))))...)))))).......))))))))),,,,,.,.)))))))).))))).)))))))))))).,)}}.}))}..))..))))..)))}..,))))))...}))))))))))))....)))).,.})..))))))).......,,,,,..))))))}.},,,,{((((........))))},,,,....))))){(((((((....))),,))))...................................,,,,,....,..})))))..))))))))))))...(((....)))..((((((((.,......,.)))))))).))))))...)))))}},})))))...}}}}))),,......((((((.{,(((((...}))))..}}.))))))..(((((........)))))..,...,,,,...)))))).))))))},)))))}))}}....}}},..}}}))))))((((((.,,...............,.)))))).....)))).))))))))((((({...)))))).{((((....)))))..)))}})))))))))))))))))}..,}}}},,,|||{{{{..|||||||.,,,..))))})))|(((((.((((((.......((((((((((...(((((.{,.,{....{{,...,,,............)).,})))))...))))))))))....)))))).)))))}....,(((((.((((((...))).))).))))))}}}})}.|||||{{{|}}||||,},,..,||||||||||||,|||,{(,{{{......|||,.{(((((((....)))))))}{{((((((((.{((((....))))}.....,,..,{(((((((.(((((((.(((((.((.((..{((({{,,.{((...((((((((({...((((.....})))....((((......)}}|((((((..........(((((((................)))))))........))))))|.,((((((...))))))..,.)))))))))}))},||.((((((...))))))||||,....})))))..))..)).))))))))))))..)))))))))....))))))))}}||((((({,...})))))|,}}{.(((((((((........))))))))).}.........,,|.....}}..}},)}|||}}}},}})},....,.}}}}}|}}}}}}}..,))}}}}}}},,||{{{{{{........}}}}}}},,,.}}}}|||||....||||||||,,{{{|||,.}}}.|||..}}}}}}}}}}...}},,}})))))))))}}})),,}),.))))}})}|{{{,..,,.}}},.,{{{{,,......,...........,,.{(((((((((((.{.....((((((((...{((((((((....})))))))),{{((({..((((.....))))}})))}..,,,,...||.{{(((.((..(((((((((({.....,,....((((.(((.(.(((((..((((.(((((((((,,((((({.....(({.....)))....)))))),((((((....)))))},|,,,........{{{{..........)),)))).)))))..))))....)))...)).).)))))))...,,......}))))))))))..))..)}}}|||{{,.......||}}|((((((((.....))))))))}.((((..,,......}}..,,)),}............,||,|,,....,,,.....(((((((........)))))))...))))))))....}.)))))))))))}.}})|||.}}}}}),}}}}))),))}}}||||,||||}|||.}}}||||}|.}},,,......{{||...,)))))}}})))}))))},|||,,},,,||||}.|,(.({{((....}}.....,})},,)})}..,)))))))))}}}}},,||||||,}}}((((..(((((.((((.....))))..)))))..)))),{(((((.,.,||||}}|.(((((((((.,,,...}))))))))..,,,}}},.,,|,}},})},...,,}}}||,.,||,.})}}}}})))}}},}),,||||}((({({.......)))))),}.(((((((.....))))))).......(((((....)))))........,)))))))}})}.)))))..))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001012505.2 NCBI
GCCAGCGCCCCGGCGAACGGCAAAGAGGGAGCCGCUCCCGCUCGGGGGG… 882 nt 0.5737
NM_001244808.3 NCBI
GUACUCGCGGCGGCCCGGCCCUCGCCCGGGAGUGCGUGUGUGCGCGCGU… 7174 nt 0.4313
NM_001244810.2 NCBI
GCCAGCGCCCCGGCGAACGGCAAAGAGGGAGCCGCUCCCGCUCGGGGGG… 7136 nt 0.4301
NM_001244812.3 NCBI
GGGUACAAAUCAGUCUAGAGACUUAGAAGCAUUUAUUAACAGUGAGGCU… 6510 nt 0.4114
NM_001244813.3 NCBI
GCAGUCCGCCUGCACGCCGAGGCCGCCGGACCCCACGCCCGGCCCGCGC… 6392 nt 0.4152
NM_001244814.3 NCBI
ACUGAGCUCUGUAUAUGCAAACCUGUUUUUAUGCCAUCGCUUCCCCAGG… 6808 nt 0.4150
NM_001244815.2 NCBI
AGAAACAGCCAGAACCCAUCUACAGCAAGAAGACGGAAAUCCAAAGGCA… 6482 nt 0.4110
NM_001244816.2 NCBI
AUCACAGCUUGGUGCUGGGGCUCAGCAUGGCCAGGUGGCUAACCAGGGC… 7004 nt 0.4208
NM_001349337.2 NCBI
AGAAACAGCCAGAACCCAUCUACAGCAAGAAGACGGAAAUCCAAAGGCA… 6479 nt 0.4109
NM_001349338.3 NCBI
GUACUCGCGGCGGCCCGGCCCUCGCCCGGGAGUGCGUGUGUGCGCGCGU… 7177 nt 0.4314
Showing 1 to 10 of 17 entries
Summary

This gene belongs to subfamily P of the forkhead box (FOX) transcription factor family. Forkhead box transcription factors play important roles in the regulation of tissue- and cell type-specific gene transcription during both development and adulthood. Forkhead box P1 protein contains both DNA-binding- and protein-protein binding-domains. This gene may act as a tumor suppressor as it is lost in several tumor types and maps to a chromosomal region (3p14.1) reported to contain a tumor suppressor gene(s). Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for FOXP1 Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.