Basic Information

Symbol
FPGS
RNA class
mRNA
Alias
Folylpolyglutamate Synthase Folylpolyglutamate Synthase, Mitochondrial Tetrahydrofolylpolyglutamate Synthase Folylpoly-Gamma-Glutamate Synthetase Tetrahydrofolate Synthase EC 6.3.2.17
Location (GRCh38)
9:127794597-127814494
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004957.6
Sequence length
2284.0 nt
GC content
0.6370

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1066.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1098.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 575.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001018078.2 NCBI
ACUCGGGGGGCGGAACAUCCUGGAGGCUGGGGGUGGGGACAGGGACCAG… 2327 nt 0.6296
NM_001288803.1 NCBI
GAUUGGCUGGGGGCGGGGCGGGGCGUCUCCCGCCCGGGCCUAGAGCGCU… 2230 nt 0.6413
NM_004957.6 NCBI
GUCUCCCGCCCGGGCCUAGAGCGCUGCCGGGGGCGCCGGGACUAUGUCG… 2284 nt 0.6370
Summary

This gene encodes the folylpolyglutamate synthetase enzyme. This enzyme has a central role in establishing and maintaining both cytosolic and mitochondrial folylpolyglutamate concentrations and, therefore, is essential for folate homeostasis and the survival of proliferating cells. This enzyme catalyzes the ATP-dependent addition of glutamate moieties to folate and folate derivatives. Alternative splicing results in transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in humans investigated the FPGS as a reference gene for normalizing quantitative PCR data in the context of gamma-hydroxybutyric acid intake, where it was identified via geNorm, NormFinder, and BestKeeper algorithms as one of the two most suitable normalizers alongside PPIB [Mehling et al. DOI:10.1007/S00414-017-1609-3]. In a separate forensic study for age estimation from blood, the FPGS was incorporated as one of nine reference genes in a targeted massively parallel sequencing assay, where it demonstrated stable expression and was included in the final validated primer pool [Hänggi et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103282].