Basic Information

Symbol
FRAS1
RNA class
mRNA
Alias
Fraser Extracellular Matrix Complex Subunit 1 KIAA1500 Extracellular Matrix Organizing Protein FRAS1 Fraser Syndrome 1 Protein Fraser Syndrome 1 FLJ22031 FLJ14927 Extracellular Matrix Protein FRAS1 FRASRS1
Location (GRCh38)
4:78057323-78544269
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_025074.7
Sequence length
15871.0 nt
GC content
0.4997

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5438.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -5718.79 kcal/mol
Frequency: 2.24399e-198
Diversity: 3856.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001166133.2 NCBI
CUUUCCUCUGAAGCUUCCGAACAGUCUGCUUCAGGGAGCGCAGCCUGAG… 7464 nt 0.5123
NM_025074.7 NCBI
CUUUCCUCUGAAGCUUCCGAACAGUCUGCUUCAGGGAGCGCAGCCUGAG… 15871 nt 0.4997
Summary

This gene encodes an extracellular matrix protein that appears to function in the regulation of epidermal-basement membrane adhesion and organogenesis during development. Mutations in this gene cause Fraser syndrome, a multisystem malformation that can include craniofacial, urogenital and respiratory system abnormalities. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

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