Basic Information

Symbol
FREM1
RNA class
mRNA
Alias
FRAS1 Related Extracellular Matrix 1 C9orf145 C9orf143 C9orf154 TILRR FRAS1-Related Extracellular Matrix Protein 1 DKFZp686M16108 FLJ25461 Chromosome 9 Open Reading Frame 154 Extracellular Matrix Protein QBRICK Protein QBRICK TRIGNO2 BNAR MOTA
Location (GRCh38)
9:14734671-14910995
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001379081.2
Sequence length
7566.0 nt
GC content
0.4740

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2423.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2569.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1708.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001177704.3 NCBI
GAGGAGCUGGCGCUAUUUAUGAUUCCAUUUUUAUCUCUUAAAUGCCAUG… 3379 nt 0.4667
NM_001370058.2 NCBI
GAGGAGCUGGCGCUAUUUAUGAUUCCAUUUUUAUCUCUUAAAUGCCAUG… 3113 nt 0.4668
NM_001370061.2 NCBI
GAGGAGCUGGCGCUAUUUAUGAUUCCAUUUUUAUCUCUUAAAUGCCAUG… 2901 nt 0.4598
NM_001379081.2 NCBI
AGUACAAAACUAGUAGUGAGAAAGGAAGCUGGGAAGAGACUGGGAAGAG… 7566 nt 0.4740
NM_144966.7 NCBI
ACACAAAAAGCCUUACAAAUGGAAGAACUAAGGUGGUACUUAAAAACAG… 7600 nt 0.4699
Summary

This gene encodes a basement membrane protein that may play a role in craniofacial and renal development. Mutations in this gene have been associated with bifid nose with or without anorectal and renal anomalies. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described. PubMed ID 19940113 describes one such variant that initiates transcription within a distinct, internal exon; the resulting shorter isoform (named Toll-like/interleukin-1 receptor regulator, TILRR) is suggested to be a co-receptor of the interleukin 1 receptor family and may regulate receptor function and Toll-like receptor/interleukin 1 receptor signal transduction, contributing to the control of inflammatory response activation. [provided by RefSeq, Apr 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.