Basic Information

Symbol
FTO
RNA class
mRNA
Alias
FTO Alpha-Ketoglutarate Dependent Dioxygenase KIAA1752 ALKBH9 IFEX9 U6 Small Nuclear RNA (2'-O-Methyladenosine-N(6)-)-Demethylase FTO U6 Small Nuclear RNA N(6)-Methyladenosine-Demethylase FTO MRNA (2'-O-Methyladenosine-N(6)-)-Demethylase FTO Alpha-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase FTO Intragenic FTO Exon 9 Containing Transcript MRNA N(6)-Methyladenosine Demethylase FTO Fat Mass And Obesity-Associated Protein TRNA N1-Methyl Adenine Demethylase FTO Fat Mass And Obesity Associated M6A(M)-Demethylase FTO AlkB Homolog 9 MGC5149 FTO, Alpha-Ketoglutarate Dependent Dioxygenase Alpha-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase EC 1.14.11.53 EC 1.14.11.- BMIQ14 GDFD
Location (GRCh38)
16:53701692-54158512
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001080432.3
Sequence length
11573.0 nt
GC content
0.4630

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3837.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4044.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2480.22
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

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NM_001363891.1 NCBI
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NM_001363894.1 NCBI
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NM_001363896.1 NCBI
CUACGCUCUUCCAGCUGUCGGACCUGGGAAAUUCUCCUGUGCUAAAUCC… 4274 nt 0.4672
NM_001363897.1 NCBI
CUACGCUCUUCCAGCUGUCGGACCUGGGAAAUUCUCCUGUGCUAAAUCC… 4214 nt 0.4665
NM_001363898.1 NCBI
CUACGCUCUUCCAGCUGUCGGACCUGGGAAAUUCUCCUGUGCUAAAUCC… 4178 nt 0.4686
NM_001363899.1 NCBI
CUACGCUCUUCCAGCUGUCGGACCUGGGAAAUUCUCCUGUGCUAAAUCC… 4178 nt 0.4660
NM_001363900.1 NCBI
CUACGCUCUUCCAGCUGUCGGACCUGGGAAAUUCUCCUGUGCUAAAUCC… 4148 nt 0.4684
NM_001363901.1 NCBI
CUACGCUCUUCCAGCUGUCGGACCUGGGAAAUUCUCCUGUGCUAAAUCC… 4148 nt 0.4658
NM_001363903.1 NCBI
CUACGCUCUUCCAGCUGUCGGACCUGGGAAAUUCUCCUGUGCUAAAUCC… 4167 nt 0.4648
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Summary

This gene is a nuclear protein of the AlkB related non-haem iron and 2-oxoglutarate-dependent oxygenase superfamily but the exact physiological function of this gene is not known. Other non-heme iron enzymes function to reverse alkylated DNA and RNA damage by oxidative demethylation. Studies in mice and humans indicate a role in nervous and cardiovascular systems and a strong association with body mass index, obesity risk, and type 2 diabetes. [provided by RefSeq, Jul 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the FTO is a genetic risk factor for obesity, with genomic data from monozygotic twin pairs showing varying genetic burden for this locus [Kibble et al. DOI:10.1098/rsos.200872].