Basic Information

Symbol
FUT6
RNA class
mRNA
Alias
Fucosyltransferase 6 FucT-VI FCT3A Galactoside 3-L-Fucosyltransferase FT1A 4-Galactosyl-N-Acetylglucosaminide 3-Alpha-L-Fucosyltransferase FUT6 Fucosyltransferase VI FLJ40754 Fuc-TVI Fucosyltransferase 6 (Alpha (1,3) Fucosyltransferase) Alpha-(1,3)-Fucosyltransferase 6 Alpha-(1,3)-Fucosyltransferase EC 2.4.1.152 EC 2.4.1.65 EC 2.4.1
Location (GRCh38)
19:5830361-5839722
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Mixture deconvolution
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000150.4
Sequence length
3326.0 nt
GC content
0.5809

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1357.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1410.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 777.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000150.4 NCBI
AUUCCAGGAAGUUUGCAUAGCUCCCUGGACUUCUGCUUUGCACUGCCCU… 3326 nt 0.5809
NM_001040701.2 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2288 nt 0.5975
NM_001369502.1 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2461 nt 0.5949
NM_001369504.1 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2616 nt 0.5925
NM_001369505.1 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2642 nt 0.5920
NM_001381955.1 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2488 nt 0.5928
NM_001381956.1 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2613 nt 0.5913
NM_001381957.1 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2172 nt 0.5962
NM_001381958.1 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2598 nt 0.5982
NM_001381959.1 NCBI
ACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUC… 2300 nt 0.5957
Summary

The protein encoded by this gene is a Golgi stack membrane protein that is involved in the creation of sialyl-Lewis X, an E-selectin ligand. Mutations in this gene are a cause of fucosyltransferase-6 deficiency. Two transcript variants encoding the same protein have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the FUT6 as a highly specific mRNA candidate for vaginal secretion identification, where it was expressed at higher levels in vaginal secretions compared to saliva (average 9-fold difference) and showed cross-reactivity in only 1 of 15 saliva samples tested, making it more suitable for a quantitative qRT-PCR assay format [Hanson et al. DOI:10.1016/j.scijus.2012.03.007]. Subsequent research established an 18-cSNP typing system for vaginal secretions incorporating the FUT6, which contains cSNPs rs3916080 and rs9807877, and demonstrated the system's high sensitivity and specificity for identifying the donor in mixture stains, with a detection limit of 0.08 ng RNA and the ability to detect a minor vaginal secretion contributor at ratios as low as 1:10 to 1:500 [Zhang et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2022.102703].