Basic Information

Symbol
FYB1
RNA class
mRNA
Alias
FYN Binding Protein 1 FYB-120/130 SLAP-130 ADAP FYB Adhesion And Degranulation Promoting Adaptor Protein SLP-76-Associated Phosphoprotein FYN-Binding Protein 1 FYN-T-Binding Protein P120/P130 SLAP130 Adhesion And Degranulation-Promoting Adaptor Protein FYN-Binding Protein (FYB-120/130) FYN Binding Protein PRO0823 THC3
Location (GRCh38)
5:39105252-39274528
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Individual identification Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001465.6
Sequence length
4829.0 nt
GC content
0.3926

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1174.54 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1273.44 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1251.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001243093.2 NCBI
AACUUGCACAUUCACUAUCCAAGCUGCACCAUCUUCGGGGUCAUUGUGU… 4789 nt 0.3888
NM_001349333.2 NCBI
GCAGUUCUUGAGUUCCACAUGCAGAGCAGAUGCGACAGCUAGAAGUGAG… 5169 nt 0.3943
NM_001465.6 NCBI
GCAGUUCUUGAGUUCCACAUGCAGAGCAGAUGCGACAGCUAGAAGUGAG… 4829 nt 0.3926
NM_018594.2 NCBI
GCAGUUCUUGAGUUCCACAUGCAGAGCAGAUGCGACAGCUAGAAGUGAG… 4792 nt 0.3921
NM_199335.5 NCBI
GCAGUUCUUGAGUUCCACAUGCAGAGCAGAUGCGACAGCUAGAAGUGAG… 4691 nt 0.3925
Summary

The protein encoded by this gene is an adapter for the FYN protein and LCP2 signaling cascades in T-cells. The encoded protein is involved in platelet activation and controls the expression of interleukin-2. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that whole transcriptome shotgun sequencing of low-template blood samples (equivalent to 50 pg gDNA) can identify SNPs for forensic human identification, including the FYB1 (rs6863066) located in the FYB1 gene, which was among 24 candidate SNPs that showed high genotype concordance with DNA and a resulting mean match probability of 4.5·10^-9 in both whole and degraded blood stains [Jepsen et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2024.103089]. A study in human skin demonstrated that the FYB1 gene, classified as an inflammatory/immune response gene, was significantly up-regulated in thermally injured tissue compared to normal skin during the early wound repair process (post-burn days 0-17) [Greco et al. DOI:10.1016/j.burns.2009.06.211].