Basic Information

Symbol
GABRA2
RNA class
mRNA
Alias
Gamma-Aminobutyric Acid Type A Receptor Subunit Alpha2 Gamma-Aminobutyric Acid Receptor Subunit Alpha-2 GABA(A) Receptor Subunit Alpha-2 GABAAR Subunit Alpha-2 Gamma-Aminobutyric Acid Type A Receptor Alpha2 Subunit Gamma-Aminobutyric Acid (GABA) A Receptor, Alpha 2 GABA(A) Receptor, Alpha 2 EIEE78 DEE78
Location (GRCh38)
4:46243548-46475230
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000807.4
Sequence length
8520.0 nt
GC content
0.3374

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1934.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2104.44 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2222.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001377150.1 NCBI
AUUGUGAUCCUCGGCUCCAGAGCAGCUGUCAAACGCGUCGUUUCGCAGC… 8225 nt 0.3260
NM_001377151.1 NCBI
GCGCAAAACAGUGUUUGCUGACGAUGAGGCUGGGGGACGUUCCUGGCAG… 8324 nt 0.3257
NM_001377152.1 NCBI
AGGCGCGGGGCUCGUGCCCGCCACCGCCGGCGCGCACCGCGCCUCCGCC… 8452 nt 0.3368
NM_001377153.1 NCBI
AUUGUGAUCCUCGGCUCCAGAGCAGCUGUCAAACGCGUCGUUUCGCAGC… 8245 nt 0.3260
NM_001377154.1 NCBI
GCCCGGGUCUGCGCCGCUGCUAGUGCCAGGCGGGCGACGAGCGGCGGUG… 8097 nt 0.3244
NM_001377155.1 NCBI
GCCCGGGUCUGCGCCGCUGCUAGUGCCAGGCGGGCGACGAGCGGCGGUG… 2262 nt 0.3607
Showing 11 to 16 of 16 entries
Summary

GABA is the major inhibitory neurotransmitter in the mammalian brain where it acts at GABA-A receptors, which are ligand-gated chloride channels. Chloride conductance of these channels can be modulated by agents such as benzodiazepines that bind to the GABA-A receptor. At least 16 distinct subunits of GABA-A receptors have been identified. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2013]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the GABRA2 mRNA showed no significant change in expression in the hippocampal dentate gyrus, orbitofrontal cortex, or dorsolateral prefrontal cortex of individuals with alcohol dependence compared to controls [Jin et al. DOI:10.3389/Fncel.2011.00030]. In a separate review of human postmortem brain studies, the GABRA2 gene was identified as having lower expression in the hippocampus of alcoholics and a strong association with alcohol dependence in meta-analysis [Warden et al. DOI:10.1016/J.Neuropharm.2017.02.017].