Basic Information

Symbol
GABRA4
RNA class
mRNA
Alias
Gamma-Aminobutyric Acid Type A Receptor Subunit Alpha4 Gamma-Aminobutyric Acid (GABA) A Receptor, Alpha 4 Gamma-Aminobutyric Acid Receptor Subunit Alpha-4 GABA(A) Receptor, Alpha 4 GABAAR Subunit Alpha-4 Gamma-Aminobutyric Acid Type A Receptor Alpha4 Subunit Gamma-Aminobutyric Acid A Receptor Alpha 4 GABA(A) Receptor Subunit Alpha-4
Location (GRCh38)
4:46918900-46993581
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000809.4
Sequence length
11147.0 nt
GC content
0.3416

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2655.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2883.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2632.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000809.4 NCBI
ACACGCCCACCGCGGCUCGGGCUGGCUGAGCGCGGGCGAGUGUGAGCGC… 11147 nt 0.3416
NM_001204266.2 NCBI
ACACGCCCACCGCGGCUCGGGCUGGCUGAGCGCGGGCGAGUGUGAGCGC… 11079 nt 0.3396
NM_001204267.2 NCBI
ACACGCCCACCGCGGCUCGGGCUGGCUGAGCGCGGGCGAGUGUGAGCGC… 10926 nt 0.3393
Summary

Gamma-aminobutyric acid (GABA) is the major inhibitory neurotransmitter in the mammalian brain where it acts at GABA-A receptors, which are ligand-gated chloride channels. Chloride conductance of these channels can be modulated by agents such as benzodiazepines that bind to the GABA-A receptor. At least 16 distinct subunits of GABA-A receptors have been identified. This gene encodes subunit alpha-4, which is involved in the etiology of autism and eventually increases autism risk through interaction with another subunit, gamma-aminobutyric acid receptor beta-1 (GABRB1). Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found in this gene.[provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the GABRA4 is a hub gene in a robust, validated coexpression network associated with cocaine use disorder in the dorsolateral prefrontal cortex, implicating it in GABAergic neurotransmission and neuroplasticity [Huggett et al. DOI:10.1523/Jneurosci.2879-19.2020]. Another study in humans found that the GABRA4 mRNA was significantly increased in the hippocampal dentate gyrus of individuals with alcohol dependence, while no change was detected in the dorsolateral prefrontal cortex [Jin et al. DOI:10.3389/Fncel.2011.00030].