Basic Information

Symbol
GALNT1
RNA class
mRNA
Alias
Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 1 GalNAc-T1 Protein-UDP Acetylgalactosaminyltransferase 1 Polypeptide GalNAc Transferase 1 UDP-N-Acetyl-Alpha-D-Galactosamine:Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 1 (GalNAc-T1) UDP-GalNAc:Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 1 Pp-GaNTase 1 EC 2.4.1.41 GalNAc Transferase 1
Location (GRCh38)
18:35580892-35713370
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020474.4
Sequence length
3970.0 nt
GC content
0.3781

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1067.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1147.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 946.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001384438.1 NCBI
AGUCCCCGUUCUGCAAGGGCCCCGGCGUUGCUGCCCCCGAGACCCGGGU… 4130 nt 0.4017
NM_001384439.1 NCBI
AGUCCCCGUUCUGCAAGGGCCCCGGCGUUGCUGCCCCCGAGACCCGGGU… 4132 nt 0.4017
NM_001384440.1 NCBI
AGUCCCCGUUCUGCAAGGGCCCCGGCGUUGCUGCCCCCGAGACCCGGGU… 4229 nt 0.3977
NM_001384441.1 NCBI
AGUCCCCGUUCUGCAAGGGCCCCGGCGUUGCUGCCCCCGAGACCCGGGU… 4231 nt 0.3978
NM_001384442.1 NCBI
GCCGCCGCUGCCGCCGAGCACGCAGCGCAGGGAGGACCGCGCCCGAGCG… 3938 nt 0.3740
NM_001384443.1 NCBI
AGUGGCCGAGGAGCGCGCGGCGGACGGCGGCCCGAGAGUAGCGCGCUGG… 3974 nt 0.3782
NM_001384444.1 NCBI
AGUGGCCGAGGAGCGCGCGGCGGACGGCGGCCCGAGAGUAGCGCGCUGG… 3976 nt 0.3783
NM_001384445.1 NCBI
AGUGGCCGAGGAGCGCGCGGCGGACGGCGGCCCGAGAGUAGCGCGCUGG… 4024 nt 0.3782
NM_001384446.1 NCBI
AGUGGCCGAGGAGCGCGCGGCGGACGGCGGCCCGAGAGUAGCGCGCUGG… 4183 nt 0.3815
NM_020474.4 NCBI
AGUGGCCGAGGAGCGCGCGGCGGACGGCGGCCCGAGAGUAGCGCGCUGG… 3970 nt 0.3781
Summary

This gene encodes a member of the UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase (GalNAc-T) family of enzymes. GalNAc-Ts initiate mucin-type O-linked glycosylation in the Golgi apparatus by catalyzing the transfer of GalNAc to serine and threonine residues on target proteins. They are characterized by an N-terminal transmembrane domain, a stem region, a lumenal catalytic domain containing a GT1 motif and Gal/GalNAc transferase motif, and a C-terminal ricin/lectin-like domain. GalNAc-Ts have different, but overlapping, substrate specificities and patterns of expression. Transcript variants derived from this gene that utilize alternative polyA signals have been described in the literature. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the GALNT1 was significantly downregulated in subcutaneous adipose tissue during short-term weight loss in a human intervention study [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].