Basic Information

Symbol
GALNT9
RNA class
mRNA
Alias
Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 9 Polypeptide GalNAc Transferase 9 GALNAC-T9 UDP-N-Acetyl-Alpha-D-Galactosamine:Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 9 (GalNAc-T9) Protein-UDP Acetylgalactosaminyltransferase 9 Pp-GaNTase 9 EC 2.4.1.41 UDP-GalNAc: Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 9 UDP-GalNAc:Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 9 GalNAc Transferase 9 GalNAc-T9 GALNACT9
Location (GRCh38)
12:132196372-132329598
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001122636.2
Sequence length
2933.0 nt
GC content
0.6573

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1355.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1401.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 739.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001122636.2 NCBI
GUCACUCUGCACCGGCGCGGUGGCUGCGGGGCGGGCAGGACAGGAGCCG… 2933 nt 0.6573
NM_021808.3 NCBI
GGCGCUUCUGAAGACGGGUGGGCAGACGAUGGAGGACGAGGCUCUGUCC… 1744 nt 0.6256
Summary

This gene encodes a member of the UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase (GalNAc-T) family of enzymes. GalNAc-Ts initiate mucin-type O-linked glycosylation in the Golgi apparatus by catalyzing the transfer of GalNAc to serine and threonine residues on target proteins. They are characterized by an N-terminal transmembrane domain, a stem region, a lumenal catalytic domain containing a GT1 motif and Gal/GalNAc transferase motif, and a C-terminal ricin/lectin-like domain. GalNAc-Ts have different, but overlapping, substrate specificities and patterns of expression. This gene is expressed specifically in the brain, with highest expression in the cerebellum. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human prostate tissue demonstrated that the GALNT9 was downregulated in samples with a high postmortem interval (PMI > 3 days) compared to a low PMI group, and it participates in transcriptional and translational regulation [Javan et al. DOI:10.1038/s41598-025-29561-7].