Basic Information

Symbol
GANAB
RNA class
mRNA
Alias
Glucosidase II Alpha Subunit G2AN Neutral Alpha-Glucosidase AB KIAA0088 GIIalpha GluII GIIA Alpha-Glucosidase 2 Glucosidase, Alpha; Neutral AB Glucosidase II Subunit Alpha EC 3.2.1.207 EC 3.2.1.84 EC 3.2.1 PKD3
Location (GRCh38)
11:62624824-62646726
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_198334.3
Sequence length
3835.0 nt
GC content
0.5382

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1444.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1513.75 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 958.86
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((...((.(((((..(((.(((((.((((((((.(((((.....))))).)))))(((((((((((..((....((((((.(((.(((.....)))..(((.(((.((..((((((........((((..((((((((((((((((....).))))))((((...(((..((............))..))).)))))))))))))))))((((((...((...(((((.((((.....)).)).)))))))))))))..))))))..))))).)))....(((((((((...(..(((.(.((.......)).).)))..)))))))))))))))))))))..))).)))))))).((((((((((.....))))))).)))...)))..))))).)))))))).)).......))))))))))...((((((((.((((((...(((((...))))).......(((......)))((((((((.((((((((....))))))))..))).))))).....(((((....((((((..(((.......(((((((...(.((((((..((.((....))))..)).)))).)...)))))))..((((.((.....))))))..((((.....))))((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((..((((((.(((((...((((....(((....)))....)))).)))))))))))..)))).)).)))))).....(((((.((..((....))..))))))).........((.(((..(((((.((((((((((.((......)).))((((.....))))(((((.((((...((((.((((((((((.((......))))))).)))))....)))))))).))))))))))))..).))))).))).))))))))))))...((.(((((.((((((((.((.((((((((......((.(((....))).))...)))))))))).)))).....)))).))))).))...((((((((..(((((((.....((((((((...))))))))...))))))).....))).)))))..(((((.(.((((((((((((((((...))))((((((((.((..(((((((((((((((........((((.(((((....(((((((.(((((.....(((((((((((.((((.((((...)))).))))(((((((.(((((((((........))))))((((((.(((..............)))))))))....(((.....))).....((((((.((((...((((((((..(..(((.(((((((((((.(((((...)))))..))))((((((((.(((..((((((((..((...((((((((.((...))))))))))...))..)).))..((((((..(........)..))))))..((((((.......))))))...(((.(((((((((..((((......((....))......))).)....))))))))).)))...((((((...(((.(((((....((((.............)))).))))))))...))))))...(((((....).))))...)))).))))))))))).))))))).)))((((((.........))))))((((.((..(((((((((................)))))))))..))..)))))..))))))))..))))..)))))).))).))).)))))))))))))))...(((((.........)))))))))))))))))))))).).)))..)))).))))(((....)))((((((((..(((........)))..))).))))).))))))).)).))))))))((((((..((.(((((((((.((((((((.........(((((..(((((.((.......)).)))))......))))).......))))))))....((((....))))(((((((((((((((..(.((((...((((((.........)))).)).((((((((...(((.((((..((((.(((((......)))))))))....))))....)))))))))))(((((((((((((....))))))..))).))))((((.(((((...))))).))))...(((......)))((((((.(((((((((..(((........))).)))))).)))..))))))....)))).).))))..))))))))))).))))))))).))..))))))(((.(((...(((.......(((......)))......))).))).))).....(((.(((.((((((..((((...(((((((..(((((.(((((....((((((((((.((...(((((.((.((.(((..(((((.......)))))((((....))))............((((..((..((((((((.(((((.(((((.(((.(((((((((((((((............))))))(((((.....))))).((((((.(..............((((..(((....)))..))))).))))))...((.((((...)))).)).(((((.((((.......)))))))))...((((..(((((....)))))..)))).....(((........)))..)))))))))..).)).)))))..))).))))))))))..))..))))........)))..)))).)))))..)).)))))..))))).....)))))))).))..))...)))))))))..)))))).))).)))...)))))))))))).).)).)))....)))))).))))))((((((((((((((((...(((((.((....))..))))).........((((((((........))))))))..)))))))))......))))))).)))).)))).).)))))))....)))..))))))..((((((.((...((((((..(((((((.....((((((.(((((....))))))))(((......))).....(((((.....((((.......))))......))))).......(((((((((((.((((((((...(((.((((..(((((.....)))))..............)))))))...)).)))....))))))))))))))..((((((..(((((((((.(((((.((((((.(((.........(((((.((((((..((((.(..(..((((...((((((.((((((((((((((((((....((((((((.((..(((.....(((((((((.....((((......))))....))))))))).......)))..))...........(((((((((((.(..........).)))))))))))....((((((....))))))((((.((......)).))))(((((....(((............))))))))))))))))....))))))........(((......)))....)))))))))))).)))..))).....))))..)..)...))))))))))))))).)))))))))))))).........(((((((.......))))))))))))))))..))))))))).....))))))).)))))).....)).)))))).........)))))..))))))))))))))....(((((..((...)).)))))......((......)).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{{(,{.{{,{({{{({((,,,.{|.|{,{,({((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((..{{....((((((.(((.(((,....)))|.(((.(((.,{..((((((.,,...,,({{({.{((((((({(((((({....).)))))}.,....{(((.(((,,{{..........)))))).))))))))))))|||}(((((|..{((...(((((.(({{,....)}.)).))))))))))))).,))))))..}}))).)))...,((((((((,...{..,.,...{{{{{{{{.,,...,))}})))))))))))))))))))}}..))).)))))))).{{,(((((((.....))))))).})).{((((((((({{{{,,{{,.,...}}},.,.((.((((((..((((((((({.,{,.{{||,(((((...)))))....,..{((......||}((((((((.((((((((....))))))))..))).))))).||(((((....))))).||{{((({......(((((((...(.((((((..((.((....))))..)).)))).)...)))))))..((((.((.....))))))..((((.....))))..((((((..((((,..(.(((((((.((((((((((((((((((.((((((..((((((((((((...((((....(((....)))....)))).)))))))))))..)))).)).))))))..,..(((((.((..((....))..))))))).........((.(((.{(({((.((((((((((.((......)).)){{{{.....}))}{((((.((((...((((.((((((((({,{{.....,)}))))).)))))....)))))))).))))))))))))..).))))).))).))))))))))))(((((((((((...,{((({.{(.((((((((..,,..((.(((....))).)).,,)))))))))),|}},.,,(((((((.((((((({,.((((((((,.((((((({,...((((((((...))))))))..,)))))))....||,|,|||||{{{.......(((((.{{((((((({,(({.,{((((((...({...,,.(((...)))(((.......(((..(((((........)))))..)))......)))..))))))))))))))))))}.).)))))|((({{((({((((({.,,,.{{{|||||{(((|||.{||..,.,,.,,.....((({|.||.{{{{((,.....,.{{||,.,,)))))}))}|||{|||||{((((((...(((({((((((,,(((((...))))){|,{{{((({((((,,,{.,{.,{,{,.......})|)),}|},)))),))}}}))}.}..((((({(((({.((((((..{........}..))))))..((((((.......))))))(((.((((((((((((((({,((({,,,,,.,{{((({{..({(.....,,))}..})))}||,......||{,.((((((.....(((((((((,,,(((((((.(((({.{({({{{...,,||((((({.........}))))},}}((((((((.........))),,)))).,)))).}...,))))).)))))))....((((((.....)))))).,)))))))))),...))))))}},.},}))},}||||}}.|||,.,.,.((((((.......)))))}..},))))))))).)))...})))).})))))})))))))..)))).)))))).||||,.....).)))((((((((((((((..(((........)))..))).)))))},)))))||||||{|||},..,{{.|||||||||{({(({{{((((((({........,||||,,|{{{{.{|,,,..,,}).))}}}..,,,,|)))|,|,||||}}||.|||,.{{(((({.,,|},,(((((((((((((((..(.((((.,.((((((.........)))).},.((((((((...({(.((((..(((,{(((((......)))))))))....))))....}}}))))))))(((((((((((((....))))))..))).))))((((.(((((...))))).))))...{{{......}},((((((.(((((((((..(((........))).))))))}}))..))))))..}.)))),,.)))),.,)))))))))).}}}.))))))),.,)))),))))})))),.,.)},})))))))|||{{,.,,,)).))}))))))))))))))).,.}}}},...})))..))))))}..{((.....}})(((.((((.((....)).)))).)))((..(((.((((((((.(({{{.......||||}(,((..{{||||,(((((((((..((.....((((...))))...)).))))))))).{{{....||}||}|||}..,,,.}}}}.}.,}},{((((.....))))).)))))))))))..)))).))))))).)..,.)))).)))))).))))))},,.||{{{(((,...)))).,}.(((({,((((.......)))))))))....}}))){((((....))}})))))))))))))))).))....,},...,)))))))))).||{,.....)))...)))))))))))).))..,,...))))))))..))),|,}|||,.||||||{,{{,,.((({((..{{......,}{((((({,{{|..,})})))))}}((((((((..(((((({((..,,,}},((((((...))))))....((((.((.(,{((((((((...(((((.{,....,}..))))).........((((((((........)))))))),.)))))))))))).))))..,,.......,},),),})))))..))))))))}))))),,|||,||,,,...((((((..(((((((.....(((((,{(((((....))))))},,{{......)),.....(((((.....((((.......)))),.....))))).......(((((((((({{((((((((...(((.((((..{{{((.,,..}}}},..}}.}}.......)))))))...)).)))....)))))))))))))).,(((((,.((((((((((.(((((,((((((,(({..........{((,{((((((..((((.{..{..((((...((((((.((((((((((((..{{......(((,((((.((..(({...,,(((((((((..,..((((......))))..,.))))))))}..},}},))),.)),.........,(((({{({{{|,|........,,|,|||||}}}}}}....{|||||,,,,||||||{(((.(({{,{.,||{||,,,||||.,}.|,,..|,,,.,,}},))))}||.||||||||{{,..,))))).},..,}}},)),}...,,.,..)))))))))))).)))..))).....))))..}..)...))))))))))))))),))))))))})))))..,.,.,,,(((((((.......))))))))))))))))..))))))))).....))))))).))))))...,,||{|}||||{{{{,...{{{{{.{{|||{,..|||,|}....,))),,)}})},,)))).......,,}||},,,..)),,,,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278192.2 NCBI
AAACUCUGCACAAGAUGGCGGCGGUAGCGGCAGUGGCGGCGCGUAGGAG… 3559 nt 0.5361
NM_001278193.2 NCBI
AAACUCUGCACAAGAUGGCGGCGGUAGCGGCAGUGGCGGCGCGUAGGAG… 3493 nt 0.5388
NM_001278194.2 NCBI
AAACUCUGCACAAGAUGGCGGCGGUAGCGGCAGUGGCGGCGCGUAGGAG… 3726 nt 0.5373
NM_001329222.2 NCBI
GUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCUUGGCUCACUGUAAGCUC… 4072 nt 0.5393
NM_001329223.2 NCBI
AAACUCUGCACAAGAUGGCGGCGGUAGCGGCAGUGGCGGCGCGUAGGAG… 3831 nt 0.5382
NM_001329224.2 NCBI
GUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCUUGGCUCACUGUAAGCUC… 4125 nt 0.5406
NM_001329225.2 NCBI
AAACUCUGCACAAGAUGGCGGCGGUAGCGGCAGUGGCGGCGCGUAGGAG… 3888 nt 0.5396
NM_198334.3 NCBI
AAACUCUGCACAAGAUGGCGGCGGUAGCGGCAGUGGCGGCGCGUAGGAG… 3835 nt 0.5382
NM_198335.4 NCBI
AAACUCUGCACAAGAUGGCGGCGGUAGCGGCAGUGGCGGCGCGUAGGAG… 3901 nt 0.5358
Summary

This gene encodes the alpha subunit of glucosidase II and a member of the glycosyl hydrolase 31 family of proteins. The heterodimeric enzyme glucosidase II plays a role in protein folding and quality control by cleaving glucose residues from immature glycoproteins in the endoplasmic reticulum. Expression of the encoded protein is elevated in lung tumor tissue and in response to UV irradiation. Mutations in this gene cause autosomal-dominant polycystic kidney and liver disease. [provided by RefSeq, Jul 2016]

Forensic Context

A review of RNA-Seq studies in post-mortem human brains notes that the GANAB exhibits altered expression in the dorsolateral prefrontal cortex of subjects with bipolar disorder, where it is implicated in pathways related to circadian rhythms [Wu et al. DOI:10.1111/Pcn.12550].