Basic Information
Symbol
GAP43
RNA class
mRNA
Alias
Growth Associated Protein 43
Axonal Membrane Protein GAP-43
Neural Phosphoprotein B-50
Neuromodulin
GAP-43
B-50
PP46
Neuron Growth-Associated Protein 43
Nerve Growth-Related Peptide GAP43
Calmodulin-Binding Protein P-57
Protein F1
Growth-Associated Protein 43
Pp46
Location (GRCh38)
3:115623510-115721490
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
MANE select
Transcript ID
NM_002045.4
Sequence length
1498.0 nt
GC content
0.4887
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-464.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-492.74 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
330.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| ACAGUUGCUGCUAACUGCCCUGGUGUGUGUGAGGGAGAGAGAGGGAGGG… | 1894 nt | 0.4757 | |
| ACAGUUGCUGCUAACUGCCCUGGUGUGUGUGAGGGAGAGAGAGGGAGGG… | 1498 nt | 0.4887 |
Summary
The protein encoded by this gene has been termed a 'growth' or 'plasticity' protein because it is expressed at high levels in neuronal growth cones during development and axonal regeneration. This protein is considered a crucial component of an effective regenerative response in the nervous system. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that the GAP43 mRNA was down-regulated by 56% in pericontusional brain tissue from a patient with traumatic brain injury [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003]. In a mouse model of traumatic spinal cord injury, inhibition of the upregulated circular RNA circAbca1 led to an increase in the GAP43 protein expression, suggesting a role in axon growth and regeneration [Wang et al. DOI:10.4103/1673-5374.308100].