Basic Information

Symbol
GBF1
RNA class
mRNA
Alias
Golgi Brefeldin A Resistant Guanine Nucleotide Exchange Factor 1 KIAA0248 ARF1GEF Golgi-Specific Brefeldin A-Resistance Guanine Nucleotide Exchange Factor 1 BFA-Resistant GEF 1 Golgi-Specific Brefeldin A Resistance Factor 1 CMT2GG CMTDI2 CMTDIA
Location (GRCh38)
10:102245371-102382899
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001377137.1
Sequence length
6403.0 nt
GC content
0.5396

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2245.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2354.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1862.29
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199378.2 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6391 nt 0.5395
NM_001199379.2 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6388 nt 0.5394
NM_001377137.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6403 nt 0.5396
NM_001377138.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6352 nt 0.5398
NM_001377139.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6106 nt 0.5426
NM_001377140.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6094 nt 0.5425
NM_001377141.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6499 nt 0.5398
NM_001391922.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6487 nt 0.5383
NM_001391923.1 NCBI
ACACGGGUCCCGAUAGACGUAGGGGGAAGAGGCGGCAGCCGCGGCGGCG… 6415 nt 0.5450
NM_001391924.1 NCBI
ACACGGGUCCCGAUAGACGUAGGGGGAAGAGGCGGCAGCCGCGGCGGCG… 6550 nt 0.5472
Showing 1 to 10 of 20 entries
Summary

This gene encodes a member of the Sec7 domain family. The encoded protein is a guanine nucleotide exchange factor that regulates the recruitment of proteins to membranes by mediating GDP to GTP exchange. The encoded protein is localized to the Golgi apparatus and plays a role in vesicular trafficking by activating ADP ribosylation factor 1. The encoded protein has also been identified as an important host factor for viral replication. Multiple transcript variants have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

A longitudinal mRNA expression analysis in post-mortem human blood samples demonstrated that the GBF1 (GBF1), a gene encoding a guanine nucleotide exchange factor, shows decreased expression over time after death and was clustered separately from the main down-regulated cluster [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z].