Basic Information

Symbol
GBF1
RNA class
mRNA
Alias
Golgi Brefeldin A Resistant Guanine Nucleotide Exchange Factor 1 KIAA0248 ARF1GEF Golgi-Specific Brefeldin A-Resistance Guanine Nucleotide Exchange Factor 1 BFA-Resistant GEF 1 Golgi-Specific Brefeldin A Resistance Factor 1 CMT2GG CMTDI2 CMTDIA
Location (GRCh38)
10:102245371-102382899
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001377137.1
Sequence length
6403.0 nt
GC content
0.5396

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2245.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2354.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1862.29
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001391925.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6364 nt 0.5399
NM_001391926.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6355 nt 0.5399
NM_001391927.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6259 nt 0.5373
NM_001391928.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6247 nt 0.5383
NM_001391929.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6151 nt 0.5406
NM_001391930.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6106 nt 0.5378
NM_001391931.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6010 nt 0.5383
NM_001411003.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6475 nt 0.5390
NM_001411027.1 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6499 nt 0.5384
NM_004193.3 NCBI
AGUUACCACGUCAGUGAGCUGACAGGGAAGGUACCCGGCUCUACUGCCC… 6400 nt 0.5395
Showing 11 to 20 of 20 entries
Summary

This gene encodes a member of the Sec7 domain family. The encoded protein is a guanine nucleotide exchange factor that regulates the recruitment of proteins to membranes by mediating GDP to GTP exchange. The encoded protein is localized to the Golgi apparatus and plays a role in vesicular trafficking by activating ADP ribosylation factor 1. The encoded protein has also been identified as an important host factor for viral replication. Multiple transcript variants have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

A longitudinal mRNA expression analysis in post-mortem human blood samples demonstrated that the GBF1 (GBF1), a gene encoding a guanine nucleotide exchange factor, shows decreased expression over time after death and was clustered separately from the main down-regulated cluster [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z].