Basic Information

Symbol
GBP5
RNA class
mRNA
Alias
Guanylate Binding Protein 5 Guanine Nucleotide-Binding Protein 5 Guanylate-Binding Protein 5 GTP-Binding Protein 5 GBP-TA Antigen GBP-5 EC 3.6.5.-
Location (GRCh38)
1:89256189-89272890
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_052942.5
Sequence length
6812.0 nt
GC content
0.3978

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1781.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1918.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2179.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001134486.4 NCBI
ACUGAGGUCACCCUCCAGGCUGUGGAACCUUUGUUCUUUCACUCUUUGC… 6704 nt 0.3981
NM_001391920.1 NCBI
ACUGAGGUCACCCUCCAGGCUGUGGAACCUUUGUUCUUUCACUCUUUGC… 6527 nt 0.3953
NM_052942.5 NCBI
ACUGAGGUCACCCUCCAGGCUGUGGAACCUUUGUUCUUUCACUCUUUGC… 6812 nt 0.3978
Summary

This gene belongs to the TRAFAC class dynamin-like GTPase superfamily. The encoded protein acts as an activator of NLRP3 inflammasome assembly and has a role in innate immunity and inflammation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2017]

Forensic Context

A study in humans identified the GBP5 as a candidate mRNA marker for nasal mucosa detection via RNA sequencing, with positive log2 fold change values indicating increased expression in nasal samples over other body fluids [Chirnside et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2020.102317]. Specificity testing revealed this marker showed cross-reactions in semen, vaginal material, menstrual fluid, blood, and buccal samples, leading to its exclusion as a candidate for forensic assays aimed at identifying nasal mucosa and interpreting possible false positive results.