Basic Information

Symbol
GCM1
RNA class
mRNA
Alias
Glial Cells Missing Transcription Factor 1 HGCMa GCMA Chorion-Specific Transcription Factor GCMa Glial Cells Missing Homolog 1 GCM Motif Protein 1 Glial Cells Missing (Drosophila) Homolog A Glial Cells Missing Homolog 1 (Drosophila)
Location (GRCh38)
6:53126961-53148841
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003643.4
Sequence length
2780.0 nt
GC content
0.4619

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-818.04 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -875.24 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 614.86
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003643.4 NCBI
AGAAAAUGACCAGAGCCUGCUGGGACUUGAACCAGCAGUAAGAUUUUCA… 2780 nt 0.4619
Summary

This gene encodes a DNA-binding protein with a gcm-motif (glial cell missing motif). The encoded protein is a homolog of the Drosophila glial cells missing gene (gcm). This protein binds to the GCM-motif (A/G)CCCGCAT, a novel sequence among known targets of DNA-binding proteins. The N-terminal DNA-binding domain confers the unique DNA-binding activity of this protein. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans evaluating placental mRNA markers for forensic pregnancy diagnostics found that the GCM1 showed no pregnancy-specific expression pattern in whole blood analysis [Gauvin et al. DOI:10.1007/S00414-008-0315-6].