Basic Information

Symbol
GCNT2
RNA class
mRNA
Alias
Glucosaminyl (N-Acetyl) Transferase 2 (I Blood Group) IGNT BA360O19.2 BA421M1.1 NAGCT1 NACGT1 GCNT5 ULG3 II Glucosaminyl (N-Acetyl) Transferase 2, I-Branching Enzyme (I Blood Group) N-Acetyllactosaminide Beta-1,6-N-Acetylglucosaminyl-Transferase Ii Blood Group CCAT I Beta-1,6-N-Acetylglucosaminyltransferase Beta-1,6-N-Acetylglucosaminyltransferase 2 Glucosaminyl (N-Acetyl) Transferase 5 N-Acetylglucosaminyltransferase Unassigned Linkage Group 3 Cataract, Congenital I-Branching Enzyme EC 2.4.1.150 CTRCT13 GCNT2C
Location (GRCh38)
6:10492223-10629368
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_145649.5
Sequence length
4505.0 nt
GC content
0.4284

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1300.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1386.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1404.19
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001374747.1 NCBI
AGUAUUCACAUGCUUUAAACUGAAGCUCGUAGCUUGGCAGUGCAGUUUA… 4512 nt 0.4277
NM_001491.3 NCBI
ACUUGUGUCACGUUUCCUGAAACAGCACGUUGGAAAACAGAAGCUAUUU… 4579 nt 0.4318
NM_145649.5 NCBI
AAACAGGCUUACUGUGUUCACUGCUGGACGCCUCUGGGCAAUCUUACCC… 4505 nt 0.4284
NM_145655.4 NCBI
GCAGACCAAAGUGAGAGAGGGACGCACCGCAUCUCCAGGCACAUCCAAA… 4200 nt 0.4212
Summary

This gene encodes the enzyme responsible for formation of the blood group I antigen. The i and I antigens are distinguished by linear and branched poly-N-acetyllactosaminoglycans, respectively. The encoded protein is the I-branching enzyme, a beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase responsible for the conversion of fetal i antigen to adult I antigen in erythrocytes during embryonic development. Mutations in this gene have been associated with adult i blood group phenotype. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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