Basic Information

Symbol
GCNT4
RNA class
mRNA
Alias
Glucosaminyl (N-Acetyl) Transferase 4 Beta-1,3-Galactosyl-O-Glycosyl-Glycoprotein Beta-1,6-N-Acetylglucosaminyltransferase 4 C2GNT3 Glucosaminyl (N-Acetyl) Transferase 4, Core 2 (Beta-1,6-N-Acetylglucosaminyltransferase) Core 2 Beta-1,6-N-Acetylglucosaminyltransferase 3 Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1336 Core2-GlcNAc-Transferase 3 Core 2-Branching Enzyme 3 LINC01336 Glucosaminyl (N-Acetyl) Transferase 4, Core 2 EC 2.4.1.102 C2GnT3
Location (GRCh38)
5:75025346-75054224
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366737.1
Sequence length
5023.0 nt
GC content
0.3635

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1297.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1403.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1155.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001366737.1 NCBI
AGAGCGGGCCGGGAUCGUCUGCCUGCGAGGUGGCGGUGCCUACCACAGC… 5023 nt 0.3635
Summary

Predicted to enable acetylglucosaminyltransferase activity. Predicted to be involved in O-glycan processing and carbohydrate metabolic process. Predicted to act upstream of or within several processes, including inter-male aggressive behavior; neutrophil homeostasis; and thyroid hormone metabolic process. Predicted to be located in Golgi membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

A study in humans established a targeted RNA sequencing protocol for predicting the time-of-day of bloodstain deposition, where the GCNT4 was included as a candidate mRNA marker for time-of-day prediction and was found to have a coefficient in the final penalised regression model's sine component [Gosch et al. DOI:10.1101/2025.02.03.636230].