Basic Information
Symbol
GDF5
RNA class
mRNA
Alias
Growth Differentiation Factor 5
CDMP1
BMP14
Cartilage-Derived Morphogenetic Protein-1
Lipopolysaccharide-Associated Protein 4
Growth/Differentiation Factor 5
Bone Morphogenetic Protein 14
LPS-Associated Protein 4
Radotermin
BMP-14
LAP-4
Cartilage-Derived Morphogenetic Protein 1
DUPANS
CDMP-1
BDA1C
SYM1B
SYNS2
GDF-5
LAP4
OS5
Location (GRCh38)
20:35433347-35454746
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_000557.5
Sequence length
2368.0 nt
GC content
0.5904
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-994.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1033.78 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
431.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUUGUGCAGGAGAAAGGGGGCGGUCGGCUUUCUCCUUUCAAGAACGAG… | 2368 nt | 0.5904 | |
| GCUCGCUGCCACUGGUUAGCGAUAAUACUGGCAGCGCGACCGGUUUCUG… | 2575 nt | 0.5880 |
Summary
This gene encodes a secreted ligand of the TGF-beta (transforming growth factor-beta) superfamily of proteins. Ligands of this family bind various TGF-beta receptors leading to recruitment and activation of SMAD family transcription factors that regulate gene expression. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate each subunit of the disulfide-linked homodimer. This protein regulates the development of numerous tissue and cell types, including cartilage, joints, brown fat, teeth, and the growth of neuronal axons and dendrites. Mutations in this gene are associated with acromesomelic dysplasia, brachydactyly, chondrodysplasia, multiple synostoses syndrome, proximal symphalangism, and susceptibility to osteoarthritis. [provided by RefSeq, Aug 2016]
Forensic Context
A study in human ovarian cancer samples identified the GDF5 as part of the TGF-b signaling pathway within a multi-dimensional module (md-module 5) through integrative analysis of DNA methylation, gene expression, and microRNA expression data [Zhang et al. DOI:10.1093/nar/gks725].