Basic Information

Symbol
GFAP
RNA class
mRNA
Alias
Glial Fibrillary Acidic Protein FLJ45472 Intermediate Filament Protein ALXDRD
Location (GRCh38)
17:44903159-44916937
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002055.5
Sequence length
5501.0 nt
GC content
0.5712

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2197.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2290.65 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1579.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001131019.3 NCBI
AGAGCCAGAGCAGGAUGGAGAGGAGACGCAUCACCUCCGCUGCUCGCCG… 1774 nt 0.5998
NM_001242376.3 NCBI
AGAGCCAGAGCAGGAUGGAGAGGAGACGCAUCACCUCCGCUGCUCGCCG… 2128 nt 0.5973
NM_001363846.2 NCBI
AGAGCCAGAGCAGGAUGGAGAGGAGACGCAUCACCUCCGCUGCUCGCCG… 3154 nt 0.5894
NM_002055.5 NCBI
AGAGCCAGAGCAGGAUGGAGAGGAGACGCAUCACCUCCGCUGCUCGCCG… 5501 nt 0.5712
Summary

This gene encodes one of the major intermediate filament protein s of mature astrocytes. It is used as a marker to distinguish astrocytes from other glial cells during development. Mutations in this gene cause Alexander disease, a rare disorder of astrocytes in the central nervous system. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Oct 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the GFAP is a pan-reactive astroglial marker strongly upregulated in reactive astrocytes following stab wound-induced traumatic brain injury, with expression peaking at 7 days post-injury and used to define six morphological astroglial clusters [Cieri et al. DOI:10.1111/jnc.15941]. In human clinical contexts, serum levels of the GFAP help distinguish patients with and without intracranial lesions on cranial computed tomography from the first hour post-trauma, peak around 20 hours, correlate with patient outcome, and can be used in combination with other biomarkers to improve specificity for detecting mild traumatic brain injury [Sapin et al. DOI:10.1016/j.neuchi.2021.01.001]. In forensic pathology, GFAP is established as an immunohistochemical protein marker useful for investigating hypoxic brain damage and astrocyte damage resulting from brain injury [Maeda et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2010.07.024].