Basic Information

Symbol
GJC1
RNA class
mRNA
Alias
Gap Junction Protein Gamma 1 CX45 GJA7 Gap Junction Protein, Gamma 1, 45kDa Gap Junction Gamma-1 Protein Gap Junction Alpha-7 Protein Connexin-45 Gap Junction Protein, Alpha 7, 45kDa Connexin 45 CTC-296K1.4 Cx45
Location (GRCh38)
17:44798448-44831496
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005497.4
Sequence length
7692.0 nt
GC content
0.4359

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2877.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3007.09 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1616.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001080383.2 NCBI
AGGACCUGAAAAGUAUCUAGAGCACUGCUAAGAGCCCCGACUCUAGCUA… 7663 nt 0.4286
NM_005497.4 NCBI
GCCUUCCCGCGGGUCGCGGCGGCGGGAGCGGGAGGCGGCGGCGGCGGCG… 7692 nt 0.4359
Summary

This gene is a member of the connexin gene family. The encoded protein is a component of gap junctions, which are composed of arrays of intercellular channels that provide a route for the diffusion of low molecular weight materials from cell to cell. Alternatively spliced transcript variants encoding the same isoform have been described. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in Sprague-Dawley rats demonstrated that the mRNA expression of the GJC1 was used as one of four original biomarkers in an optimized "up, no change, or down" model for wound age estimation in contused skeletal muscle [Dang et al. DOI:10.1007/s00414-020-02411-z].