Basic Information

Symbol
GK
RNA class
mRNA
Alias
Glycerol Kinase GK1 GKD ATP:Glycerol 3-Phosphotransferase Glycerokinase EC 2.7.1.30
Location (GRCh38)
X:30653359-30731462
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001205019.2
Sequence length
4515.0 nt
GC content
0.3761

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1176.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1269.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1220.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((...))))))(((((...((((...((((..........(((((.........((((((((.(((((((((....(((((((....).)))))).))))....((((((((.(((.((((......)))).))).))))))))..))))).))))))))....))))))))).)))))))))(((((((........)))))))..(((((.((((((.((....)).))))))........(((((((........(((((((((((........))))((((((((((...((((.(((((((.((.((..((((((((...(((.....(((((((....(((..(((.(((((((..............((((.......))))..((....))((.((((.(((((..........(((((((((.(.(((((....))))).).)))))..))))....))))).)))).))((.(((((((.....))).))))))))))))).)))..)))....)))))))...(((((((((....((..((((.((.((((((((...(((((((((((((((............(((.(((((((((((((.(((........(((((.....))).)).....)))))))))).)))))).))).....))))))))))))))).....)))))))).)).)))).((((((((((((((................((((((....))))))........((((((.((....(((((((((((...))))....)))))))..))))))))(((((((((..(((((((.((..((..((((.(((.(((((((..(((((((((.((..((((((....))))))..((((((..((..((((((((..((((((......))...))))...)))))))).....))..))))))(((.((((((...)))))).))).....((((((.((.....)).)))))).......)).)))).((((.(((.(((.........))))))..))))....)))))...))))))).))).))))))..)))))))))((((((........))))))((((((.....))))))............)))))))))....(((..(((((((.....)))))))..)))...(((((((........((.((((..((((((((.....)).))).(((((((((..(((((((..((((((....(((((((.....)))))))(((((((((((((.........(((((((.((((..((((.((.((((((.((....)).))))))((((.((......((((((((....))))..)))).....))))))..(((........)))))))))...)))).)))))))((((((((((.(((((((.((..((((((((((((((((...((((.....(((((((((...))))))...))).))))))))))...(((((((..((((.(((((.(((((....))))).))))).))))((((((((((((.((((((..((((...........))))(((((((((.............(((((((((((((((((.((((((...((((.(((((((.(((...((....)).))).)))))))(((......)))......))))...)))))).)))))))((.((((((....)))))).))((((((.(((((((((..((.(.(((((...............))))).)))..)))))))...............(((((((.(((.(((((((((.((((..(((.((((......))))..........(((((((.((((((((..(((((.((......)).)))).)..))))))))))))))).........)))..)))).....))))))....))).))).)))))))...............((((..(((..(((.(((((.((...))))))).))))))..)))).........))))))))....(((.((((((.((((((((.(((.(((.......))).))))))))).......................(((((((((.....(((.......)))(((..(((......)))..))).......((((((((....(((((....)))))))))))))...........((((((..............))))))(((........(((((((((((((..((((....))))..............)))))))))))))........)))(((.((..(..((....))..)..)))))...(((((....)))))......))).)))))).............(((.....))))).)))))).))).(((((.....)))))))))))))))................))))))))).((((((((((.....((((((...........((((((((.((((((..((........(((((................)))))))..)))))).)))).)))).......(((((((((....((((....))))..)))))))))...))))))...))))))))))...........(((((.....)))))..))))))..........((((.(.((((((....)))))).)))))...)))))))))))).....((.(((((((...........((((((((((..(((.(((((((.............(((((((....)))))))...((((((((........))))))))(((((((.((........)))))))))........(((((.((((..(((((......)))))..)))))))))....))))))))))..)))))))))).......))))))).))........)))))))..(((...(((((........))))).))).)))))).))))..)))))))))....))))))).)))(((((((..........((((((..............))))))..(((((((.((((((((...((.((((((..............((((((((...........))))))))..............)))))).)).))))).))).)))))))((((..((.((((((((((((((.....))))).))))))))).))..)))).))))))).....((((((......)))))).(((((((.......))))))).))))))..)))))))..))))))..)))))))))))))))).....)))..)))).))..........)))))))((((..(((((((((.....((((((.......)))))).))).)))))).)))).(((((((((((((((((....)))))....)))))).((((...(((((...........))))))))).........(((((((((((.......(((.(((((((.....))))))).)))......)))))))))))...((((((...))))))...((((((.......)))))).))))))...)))))))))))))).....((((((.......(((((((........)))))))......((.((((..((((....))))..)))).)))))))).....))....)))))))))(((((((((((....((((....))))...((((...........))))..((((((.......))))))..................((((((.......))))))(((((((((.(.((((..(((((....)))))..))))...).)))))))))....(((.(((((.(((((((((.........)))))..))))..))))).))).))).)))))))).((....)).........((((((((((((.....))).))))))))).((((......)))).........)))...))))))))..)))).)))))))..((((...(((.(((((........................(((((......((((((((.....((((.(((..(((...((..((((((((.((((((((((((((((((....))))).....))))))))))((....((((......))))....)).....))).))))))))..))....)))..))).))))..)))))))).....)))))))))).)))..)))).((((((.(((((..(((((...)))))..)))))..)))))).........(((((.(((.(((...(((.........)))...))).))).))))).)))).)))))))))))))))))))))))).........(((((.......)))))...............)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{({(((,.((((((|({(((,(((((...{(.((((((..,.{({(({({({(((((.(((((((((.(((((((.....(((((((....),}))))).(({,....((((((((.(((.((((......)))).))).))))))))..,,)}))}(((((((.(((((((.((((({...((((((.,..((((((({.,{{{........})},((((((.(,....,,.))))))..........,{,{{({({,...{{{||{(((((({,..,{{,{{,...||...{(((((((,.{.(((((|,,.,}}}}}},|,,..}}|||,}},.(((((((....(((..(((.(((((((...........,.{((((.......))))}.((....))((.((((.(((((....,.....,{{,(((((.(.(((((....))))).).)))))..))),....))))).)))).))((.(((((((.....)))},))))}))))))).)))..)))....)))))))...||||||||||||.(({.((((.((.((((((((..,(((((((((((((((.....{{(.,..,((.((((((((((((,{(((...,,...(((((.....))).)).})..)))))))))).)))))).))).})}.))))))))))))))).,...)))))))).)).))))....)))||||{|||,,,,|,,|{{{,.,}|||||||,,,.}}})))},.....,{(((((.((..,.(((((((((((...))))....)))))))..)))))))}|,,||}}|}}|.||}}}}|},.}))}})))......})))))..}))))).))))))).((((((....))))))(((((((.((((..,{{{,((((((,.,((({((,({...,|}{||,||}..,|||...,,))),...,,.((({(,,((({{{||||}}.|||...|,,,...(((((({..,,..|......}...,.))))))),}}|||||..|||||,.{|{{{{{{,,(({{(,({.,{{{{,....,.}|||}}|,,}}}})}))})))))),}}))))},}}},...{(((((((((((.....)))))).........{(((((.((({{....,,,.....{(((.,,(((((||.,,||}},,.,)}|{{||}},}}.....)))}}))))))))))....((.(({....))}.)))))))|,|{,,{({{{..,..(((((((.....)))))))..,,..,},}},..,{((({..(((((((.((((..{({{{((,((((((.((....)).)))))),{((.{{.,,.,.((((((((....)))}.,)))).,,,.},}}}}.,{{|..,..,.,))}))))}}...)))).)))))))...}))))}}|||||||}.}}}}})))}))}}...)))).}))))))....))))))).)))))))))))...))))).))))).....}||}),),|)),}.,,,}))))|,}}...))))).,}))).})))))).)).}|))))|(({(((.,.}}}}}}|.,.(((((((((((.((((((((((((((((.((((((.{(((((((,,,((((.,.,{((({{(((({{{.|||},.|{....}}.}}},)})}}}}.{({({.((((((((({(((...((((.((((((((.{(({.((((((....)))))).,,{((({....(((((((..((.{.(((((...............))))).,))..))))))).))))},,.},,.)))))))).))))},,,,..{(({,.....,{.,,{||,,..,,}}}},,,,.,|,.{(((((((.((((((((..{((((.((......)).)))).}..))))))))))))))),.....}}}}.....,,,,.))))))))}}}}}},,{{|{,,,|||,.......}}}...))}|,{{,,{((..(((.(((((.((...})))))).))))}},,}}}),,.,.....((((((((({{......,((((((.((((({,(((.(((.......))).))))))))).......,.,{{{{{{..{{..,,,...))},))))))},..,,,..}},,{{..{{{......}})||||,...,,,,((((((((....(((({....,))))))))))))...........((((((....,.....,,..))))))....}}})))}(((((((((((((,.((({....})}}..............)))))))))))))...(((((((((((...,,{,|{{,,,,,|..,.,,,},....(((((....)))))((.((((((||(({{(.,...........{{{.....)))}))))).....)))))).)){(((((((((((({(((||.........................,((((((((((.....((((((.,.....,,,,((((((((.((((((..{{........(((((.,.,,........,.,)))))}}..)))))).))))}|)))....,,,{((((((({....|((({...,,))}}))))))))}...))))))...)))))))))}.,|,.(((((((((((.....))))).........((({.,{{{{{..,,)))}}}}}}...{((((({{{{((((((.,{|{,((({{{.....{,,,((((((((((((.((.....((((((.(((((.,{.((({.(((((((((((((((((....)))))))...((((((((........)))))))).............})))))))))...)))).,,.)))))....,))))).....)))))))))))))}|||||,,...,}}}||,,.(((({{(((((....(({{(((((((,.{(({{,(((((((((((((((..,.{(,{{.{,,,,..,,,,,,,.,,,}}.,,.|{((({({,((((......)))).,,..})))))).,..)))))))))}|)))}}.{{{..,,,...,,,{(((((((((((..(((((({...........{(((({...}))))}((((((((...........)))))))),,,...,.((({({.......}}))))......}}|((((((((({.((.((((((((({((((.....))))).))))))))).)).,,,.((((((......)))))),,,.)))))))))))))))))))))))})))))){{{{{||,....))))))).})),,),,))).)))))))))),,.),))...)))))))))).}},,.{{{|||{||{({({..(((((((((...,.((((((.......)))))).))).)))))).))))}((((((.,.{{{(((({....})))},,{{..,{||||{((,,{({((({({.....,..(((,..,,},,.,|,...(((((((((({.....,,{((,((((({{.....})))))),)}}...,,,))))))))))).,,||{{{|...})))))}}.}}|||}}}},...}}}}...)))))).|,,,,.,,,||}}}}..,.,,{{{{{{{.,|||,{{{||||,.,,,,,..,,,,{((((((((..((((((((((.{,{||||(,,...}))).},..,((({|....,))))}{((|(((((((((((....((((....)))).{,((((...........)))),.((((((.......))))))..................((((((.,...,.))))))(((((((((.(.((((..(((((....)))))..))))...}.)))))))))....(({.(((((.{((((((((.........))))}..}})).,)))}).))).))).)))))))).{{....}).........((((((((((((.....))).))))))))).||||.,,}.,)))}..})))))..,.))))))))).,..,,{|{|{|(|.....,,,{{{....}}}.......,}},,))}),......,,.,,,|||....}||,|||}}},}}}||||,,|,,,,....))))))))))))))}..(((((((((((((((....))))).....))))))))))))))))..}}})})))).)))))))))))))}}}}})}}}},)}},,......,)))))))){{{{.,....))}}..,}}...,,.)))))))))))..((((((.(((((,.(((({...})))).,)))))..)))))).........,,,.,,}...,,,)}}},))))))).)))))).))).........)))))))})})))))))..)))))))).,,,|,........{{{{{.......}})))...............,,.,,......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000167.6 NCBI
GCGUUCAGCGGACGCGCGCGGCCUCGAUCUCUGGACUCGUCACCUGCCC… 4410 nt 0.3748
NM_001128127.3 NCBI
GCGUUCAGCGGACGCGCGCGGCCUCGAUCUCUGGACUCGUCACCUGCCC… 4497 nt 0.3760
NM_001205019.2 NCBI
GCGUUCAGCGGACGCGCGCGGCCUCGAUCUCUGGACUCGUCACCUGCCC… 4515 nt 0.3761
NM_001399987.1 NCBI
GCGUUCAGCGGACGCGCGCGGCCUCGAUCUCUGGACUCGUCACCUGCCC… 4494 nt 0.3783
NM_203391.4 NCBI
GCGUUCAGCGGACGCGCGCGGCCUCGAUCUCUGGACUCGUCACCUGCCC… 4428 nt 0.3749
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the FGGY kinase family. This protein is a key enzyme in the regulation of glycerol uptake and metabolism. It catalyzes the phosphorylation of glycerol by ATP, yielding ADP and glycerol-3-phosphate. Mutations in this gene are associated with glycerol kinase deficiency (GKD). Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.