Basic Information
Symbol
GKAP1
RNA class
mRNA
Alias
G Kinase Anchoring Protein 1
GKAP42
FKSG21
CGMP-Dependent Protein Kinase-Anchoring Protein Of 42 KDa
CGMP-Dependent Protein Kinase Anchoring Protein 42kDa
G Kinase-Anchoring Protein 1
Protein Kinase Anchoring Protein GKAP42
Location (GRCh38)
9:83739423-83829516
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
Postmortem interval inference
MANE select
Transcript ID
NM_025211.4
Sequence length
1801.0 nt
GC content
0.4281
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-479.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-514.54 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
532.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GCGCUCUCCCCGCCCCUCACCGCAGCCUGCAGCCGCGCUCACCUCCGCG… | 1648 nt | 0.4363 | |
| GCGCUCUCCCCGCCCCUCACCGCAGCCUGCAGCCGCGCUCACCUCCGCG… | 1801 nt | 0.4281 |
Summary
This gene encodes a protein that is highly similar to the mouse cGMP-dependent protein kinase anchoring protein 42kDa. The mouse protein has been found to localize with the Golgi and recruit cGMP-dependent protein kinase I alpha to the Golgi in mouse testes. It is thought to play a role in germ cell development. Transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2008]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that the GKAP1 is a single-gene blood biomarker capable of differentiating healthy controls from methamphetamine-dependent individuals [Breen et al. DOI:10.1038/tp.2016.67]. A separate longitudinal thanatotranscriptomic study in humans found the GKAP1 is upregulated in post-mortem blood, involved in positive regulation of the insulin receptor signaling pathway, and its expression pattern contributes to a generalized linear model for post-mortem interval estimation [Antiga et al. DOI:10.1038/s41598-021-96095-z].