Basic Information

Symbol
GLI1
RNA class
mRNA
Alias
GLI Family Zinc Finger 1 GLI Glioma-Associated Oncogene Homolog 1 (Zinc Finger Protein) Zinc Finger Protein GLI1 Oncogene GLI Glioma-Associated Oncogene Family Zinc Finger 1 GLI-Kruppel Family Member GLI1 Glioma-Associated Oncogene 1 Glioma-Associated Oncogene PAPA8 PPD1
Location (GRCh38)
12:57459785-57472268
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005269.3
Sequence length
3972.0 nt
GC content
0.5929

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1638.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1706.75 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1060.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001160045.2 NCBI
GUAAGCAGUAUAGGGUCCCUCAAGGGAGGGGGAGGAUCCUGGGGGUCCU… 3752 nt 0.5904
NM_001167609.2 NCBI
GUAAGCAGUAUAGGGUCCCUCAAGGGAGGGGGAGGAUCCUGGGGGUCCU… 3849 nt 0.5918
NM_005269.3 NCBI
GUAAGCAGUAUAGGGUCCCUCAAGGGAGGGGGAGGAUCCUGGGGGUCCU… 3972 nt 0.5929
Summary

This gene encodes a member of the Kruppel family of zinc finger proteins. The encoded transcription factor is activated by the sonic hedgehog signal transduction cascade and regulates stem cell proliferation. The activity and nuclear localization of this protein is negatively regulated by p53 in an inhibitory loop. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2009]

Forensic Context

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