Basic Information

Symbol
GLI2
RNA class
mRNA
Alias
GLI Family Zinc Finger 2 THP2 HPE9 THP1 Glioma-Associated Oncogene Family Zinc Finger 2 Tax-Responsive Element-2 Holding Protein GLI Family Zinc Finger Protein 2 GLI-Kruppel Family Member GLI2 Zinc Finger Protein GLI2 Tax Helper Protein 1 Tax Helper Protein 2 Tax-Responsive Element-25-Bp Sequence Binding Protein Tax Helper Protein Oncogene GLI2 PHS2 CJS THP
Location (GRCh38)
2:120735623-120992653
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001374353.1
Sequence length
7136.0 nt
GC content
0.6155

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2941.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3064.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1750.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001371271.1 NCBI
GCUGAUGGAUUGCAGAAGUGCCGGCGCUUGCCAGCCGAGGCAGCACGGC… 7187 nt 0.6158
NM_001374353.1 NCBI
GCUGAUGGAUUGCAGAAGUGCCGGCGCUUGCCAGCCGAGGCAGCACGGC… 7136 nt 0.6155
NM_001374354.1 NCBI
GCUGAUGGAUUGCAGAAGUGCCGGCGCUUGCCAGCCGAGGCAGCACGGC… 7030 nt 0.6161
NM_005270.5 NCBI
AGUGAAGUUCGUGGACUCCUACAAUAAUGCUAUAAAUGCAUAGAAGAAA… 6927 nt 0.6046
Summary

This gene encodes a protein which belongs to the C2H2-type zinc finger protein subclass of the Gli family. Members of this subclass are characterized as transcription factors which bind DNA through zinc finger motifs. These motifs contain conserved H-C links. Gli family zinc finger proteins are mediators of Sonic hedgehog (Shh) signaling and they are implicated as potent oncogenes in the embryonal carcinoma cell. The protein encoded by this gene localizes to the cytoplasm and activates patched Drosophila homolog (PTCH) gene expression. It is also thought to play a role during embryogenesis. The encoded protein is associated with several phenotypes- Greig cephalopolysyndactyly syndrome, Pallister-Hall syndrome, preaxial polydactyly type IV, postaxial polydactyly types A1 and B. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in porcine skin demonstrated that cutaneous exposure to bromine vapor for 10 or 20 minutes significantly decreased the GLI2 transcript by approximately 3.0-fold at 48 hours post-exposure, identifying it as a component within altered signaling pathways [Rogers et al. DOI:10.1002/jbt.20383]. A separate scoping review of human twin studies noted that increased DNA methylation in the GLI2 gene was associated with birth weight in singleton epigenome-wide association study meta-analyses, though this specific biomarker was not directly studied in the included twin research on birth weight discordance [Dany Laure Wadji et al. DOI:10.1371/journal.pone.0315549]. A study in humans demonstrated that Tamm-Horsfall protein (THP) is a highly specific biomarker for the forensic identification of urine [Akutsu et al. DOI:10.1111/J.1556-4029.2010.01325.X].