Basic Information

Symbol
GLIS3
RNA class
mRNA
Alias
GLIS Family Zinc Finger 3 Zinc Finger Protein 515 ZNF515 Zinc Finger Protein GLIS3 Gli-Similar 3 MGC33662 GLI-Similar 3 OK/KNS-Cl.4 NDH
Location (GRCh38)
9:3824127-4348392
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001042413.2
Sequence length
7684.0 nt
GC content
0.4935

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2434.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2575.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1780.30
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001042413.2 NCBI
ACACACAUCCACACUCCUCGCCCGGCUGCCUUCCUCCCUCCCUCUUCCC… 7684 nt 0.4935
NM_152629.4 NCBI
AUCCUUUAUGGUUGAAGGGUGUUGGAGGAAGCAGAGUUUUCAUCAGCUG… 6667 nt 0.4698
Summary

This gene is a member of the GLI-similar zinc finger protein family and encodes a nuclear protein with five C2H2-type zinc finger domains. This protein functions as both a repressor and activator of transcription and is specifically involved in the development of pancreatic beta cells, the thyroid, eye, liver and kidney. Mutations in this gene have been associated with neonatal diabetes and congenital hypothyroidism (NDH). Alternatively spliced variants that encode different protein isoforms have been described but the full-length nature of only two have been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human samples using bulk and single-cell/nucleus RNA sequencing identified GLIS3 as a marker used for manual annotation of astrocyte clusters in an Alzheimer's disease dataset [Weiqi Xue et al. DOI:10.3233/JAD-230559].