Basic Information

Symbol
GLRA2
RNA class
mRNA
Alias
Glycine Receptor Alpha 2 Glycine Receptor Subunit Alpha-2 GLR Glycine Receptor, Alpha-2 Polypeptide Glycine Receptor Alpha 2 Subunit MRXSP
Location (GRCh38)
X:14529298-14731812
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002063.4
Sequence length
3208.0 nt
GC content
0.4118

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-833.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -895.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 751.99
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001118885.2 NCBI
ACUUCCCUCACCCUCUCCGUCUCCCGACCUCUCUUCUCCUCUUGCUGUC… 3018 nt 0.4211
NM_001118886.2 NCBI
GUCUCAUUCUAUAGCCCUCAUUCCAGCACAGGAUCUCAGCAAUUUUUCC… 3208 nt 0.4121
NM_001171942.2 NCBI
ACUUCCCUCACCCUCUCCGUCUCCCGACCUCUCUUCUCCUCUUGCUGUC… 3185 nt 0.4160
NM_002063.4 NCBI
GUCUCAUUCUAUAGCCCUCAUUCCAGCACAGGAUCUCAGCAAUUUUUCC… 3208 nt 0.4118
Summary

The glycine receptor consists of two subunits, alpha and beta, and acts as a pentamer. The protein encoded by this gene is an alpha subunit and can bind strychnine. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Jan 2010]

Forensic Context

A study in rhesus macaques demonstrated that chronic ethanol self-administration correlates with broad transcriptomic changes, where the GLRA2 was identified as a positively correlated gene associated with synaptic signaling in the central amygdala [Iancu et al. DOI:10.1111/Adb.12501]. Cross-species research integrating human, mouse, and invertebrate models found that the GLRA2 showed significant connectivity changes in network analyses of mice selected for high ethanol drinking and was also detected in the macaque transcriptome associated with consumption, indicating conserved molecular pathways related to excessive alcohol use [Farris et al. DOI:10.1016/J.Alcohol.2017.11.036].