Basic Information

Symbol
GNAQ
RNA class
mRNA
Alias
G Protein Subunit Alpha Q GAQ G-ALPHA-Q Guanine Nucleotide Binding Protein (G Protein), Q Polypeptide Guanine Nucleotide-Binding Protein G(Q) Subunit Alpha Guanine Nucleotide-Binding Protein Alpha-Q Epididymis Secretory Sperm Binding Protein EC 3.6.5.- CMAL CMC1 SWS
Location (GRCh38)
9:77716097-78031972
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002072.5
Sequence length
6882.0 nt
GC content
0.4083

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1947.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2088.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1652.21
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((..((((((((..(((((.((((.((((.(..(((((((((.((.((...((((((.((((((..((((((.(.(((.((((((((.((((((((((((((..(((((.((.(.(((((((.(.((((((..((((((((.(.(((((((((........)))))(((........)))...)))).)))))))))..)))))).))))))))((((((((((((((((.((((((((.((.(((((....(((.((....)).)))........))))).))))))))))..))))....))))))))))))..).)))))))..))))))))).....)))))))))).)))..)))...).))))))...)))))).))))))..((((.....)))))).)).))))))))))))))))))..)))))..))))))))((((.((..((((((((((((.((((....)))).)))))))).))))((((.(((((((((..(((((.((((.((((((((((..(((((((......(((((((....(.((((((............((((((.((((((((((((.....))).((.((((((((((..((....))))).((((........))))(((((((((((((....)))(..(((((...)))))..).(((....)))))))))))))((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((....))).(((.(((((((((((.(((((((((((((.....((....(((((...)))))..)).....))))))..((((.....))))...)))))))((((((((.(((((((..((.(..((((((((((((........))))))))....)).))..).))..)))).)))......((((((((...((......))...))))))))........))))))))....))))))..)))))))).)))).))))))))).......((((.(((.(((..((((.((((................)))).........((((((..((((.((((((((.(((........))).))).(((((((((((.......)))))..))))))....(((((.....)))))((((((((...)))))).))..)))))))))....)))))))))).))).))).))))...)))))).....))))))))))(((((((((((((......)))).)))))))))...(((((((((........).))))))))......(((((.(((...))).)))))...................))).)))))....))))))).))(((((((((((....)))))((.((..(((((((.(((.........))))).)))))..))))......))))))))))))))).)))))))).)))))..)))))))......((((((((.....(((((......))))).))))..))))..........)))))))..)))))).)))))))).)))))(.(((.(((.(((((((.((((((.(((((.((((.....((((.(((......))).))))(((((((........))))))).)))).)))....((((.(((.......)))))))....(((((......((((((((.(((((..((((((......)))))).)))))..(((((((((......((((((((((.((.....)))))))))))))))))))))..................(((...((((((.....(((((((((((...........)))))....))))))...))))))...)))........((((((....((((((...............))))))))))))(((.((((......))))))))))))))).......))))).....))))))))))))))).)))))).)...........))))).........)))).))))..............((((((((((((.(((...((.((((.(((((((((((.((((((((((.....((..((((((((((.....))))((.((((((........)))))).))........((((...((((((((.......(((........))).........(((((..(....)..)))))......((((........))))..(((((((((((((......)))).)))))))))......((((((((((.............))))))))))....))))))))...)))))))))).))))))))).....((((((.((((...(((((((((.(..((..((((....)))).))..))))....)))))))))).))))))..(((((....((((((..((((((.((.((..((((((((........((((..((.............))..))))........(.(((((......))))).).........(((((..(((((.((((((((........................)))))))).)))))..)))))...((((((((.(((((.((((((((((....)))).((((((...))))))..)))))).)))))...)))))))).))))))))..)).)).))))))))))))....))))).......)))))))))))))))))).))))).)))))............)))))))((((......))))..)))))).......((((.......)))).(((((((...(((.........)))...)))))))....))))))))(((((.((..((((((........))))))...)).))))).....(((.((((((((((.....(((.....(((...............((((((((((((((((...(((((((((((((((((((....((((..(((((....(((.((((((...(((((((((((..((((.((...)).)))).)))))...))))))...))))))..))).......(((((((((.................((((((((((.(((.((.(.(((((....(((...((((((((((.......(((((((.(((((((((.((((((.............))))))...))))))))).(((((......)))))((((((((.......(((((((((((......))))))).)))).....))))))))(((((((((((((.((((((......)))))).))))))))..(((((((.((((((....((..((((((((.((...(((((.((((((((((......((((..((((((...((((.((.(((((...((.((......))))...)))))..((((((...)))))))).))))))))))..)))).......((((.....(((((((((..(((.(((((..(((..((((..........)))))))..))).))((((((((((((((((.((((....((((..((((((.(((((.((((((((((((((...(((...)))..))))))).)))))......)).))).)).)))))).....))))..))))...))))))))))))))))....(((((..(((((.....)))))...)))))........((((((((((.(((((((((((......(((((.......))))).....)))))))))))...)))))))))))))..)))))))))......))))(((.(((((.((((..(((.(((.((((..........(((((.......(.((((......)))).).......(((....))).........)))))...........))))))).)))....((((((..(((...)))..))))))(((((..(((.(((((.....((((.((((((((((...........)))))))))).))))..)))))))).))))).....)))).))))))))((((((.....)))))).)))))))))).....)))))....)).))))..))))..)).)))))).)))))))...((((....)))).........((((......))))...................................((((((..((((((.((((((.(((((......((((...(((((...((((((.((((((((..(((((......))))).((((((.((.(((((.....))))))).))))))((((..((((..((((....)))))))).....))))..)))))))).))))))))))).)))).(((((..(((..(((((...)))))....((((((.((((.((((((((....(((((((..........(((.((((....)))).)))..........)))))))..)))))))).)).)).))))))........)))..))))).....(((((.((((((...))))))..)))))...(((((.(((((((((((((....(.((((((((.....(((((((((((((......))))........(((((((.(((.....((((....))))....)))))))))).(((((.(((((((.((((((........))))))))))))).)))))..((((((((..(((........))).................))))))))..((((....))))............(((.....)))..(((((((((((....((((......)))).(((((((((((((((...(((.((..((((........))))...........)).)))....))))))))))))))).(((....))).......(((((((((...((((((....((((...)))))))))).....(((..........)))..........(((((((.((......))..)))))))..................))))))))))))..))))))))..))))))))).......((((..(((((((((((((((.((((((((((((..(..........)..)))))........(((..((((.(((((((......(((.(((.....))).)))((((.........))))((((((((((((.(((..((((((.((((..((((.((((......((((..(((.((((......(((((.........))))).....))))..)))..))))......)))).))))..))))..))))))..))).)))).))))))))(((((.....((((...(((((.........(((((.((((((.((((((.((((......)))).))...........((((((.((..((((.....))))..)).))))))...))))..)))))).)))))((((.((((...........)))))))).....)))))..)))))))))...))))))))))).)))..........((((((((((((..((..........(((((.((((((((...)))).)))).))))).....((((((..(((......))).)))))))).))))))))))))....(((((.(((((((....)))))))..)))))...............)))))))....((((((............))))))...)))))))))))).)))..)))).)))))))).)....(((((.((((((..(((((((..((((.........))))..))))))).(((((((........))))))).....(((((((..(((((..(((.((((((....................))))))..).))..)))))..))).))))(((((........)))))..)))))).)).))).))))))))))))).)))))...)))))...((((((.......))))))...........)))))).))))))..))))))...................................)))))..............)))))))((((((((......(((((((....))))))).........))))))))....(((((((((.....))))...)))))(((......))))))))))))).))).....))))).).)).)))....)))))))))).)))))))))))))).)))).)))))))))))))).))))).(((...(((((...)))))...))).)))))))))))))))).((((.....(((((((((((((((((..(((..((.((((............)))).)).)))....((....)).....)))))))))))))))))....))))(((((((......((((((..((......))..))))))....))))))).....((((((((((((.......((((.(((((.(((((...(((((....)))))..........((((....))))..............((((((((((((...))))))))))))......((((...((((((((((((((.(((((....((((.((.......))...))))....)))))))))............))))))))))...))))..))))).)))))))))......)))))...))))))).))).........)))....)))))))))).)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((..,(((((,({{(,(((,((((((,({.{{{{,{{||||{||||||}|.((((((.((((((..((((((.(.(((.((((((((.((((((((((((((..((((({((,{.(((((({,(.(((((,{{((((((((.(.(((({{{{{....,,,.}||||{,,.}}}}...)))...)))).))))))))),)))))))}})))))))((((((((((((((((.((((((((.((.(((((,...(((.((....}).)))...,....))))).))))))))))..))))...,))))))))))))..).)))))}},,))))))))).,,.}))))))))))},))..)))...,.))))))...)))))).))))))...,(({{{{{{{||||{,,.|||{{||||.,||||||}.{|{,{{{.,.,,))),))}|})})}}{{|||||||||}|||,}}}.))))}))),,|||{}||((((({(,(((,((({((((((.((((,((((,(((((..(((((({......(((((((....(.(((({(,...........((((((.((((((((((((,...,))){((.((((((({{(..((...{|}||},((((........))))(((((((((((((....}}},..(((((...)))))..),{{|,...)))))))))))))((((((((((((.(((((({{{((,((((((((((((((((,,..})).((({(((,(({((((.{((((((({{{{{.....{(....(((({...})))),,)),,,..)))))|{.((((.....)))).,,)}}}))}|||||||{.{,|{{{,..(({({{(,..((((((((........)))))))).....,.}}.,|,,,..))))})))}.,...((((((((...((......))...))))))))........}}})))}}....,|(((({...)))))).)))).)))))))))...{{..{{((.,,{.{{|,,|||{.(({....{,.{{{{..{{{{||||.,,,,,{,,({({{{..{{{{.{{{{{(((.(({.{,...,}))).))).(((((((((((.......))))}..))))))..,,(((((,,...}}}}}.|,{{{{,...}}}}))}}}..})))))))),,..)))))},))),)),.,,)})}},..,}}}}}}.....))))))))))(((((((((((((,...,,}))).))))))))}...(((((((((........),}))))))).....,(((({.(((...))).)))))...................))}))))))....))))))).))|{(((((((({....})))){{.((..(((((((.(((.,.....,.))))).)))))..))}}......}}))},))))))))).))))))}}.)))))..))))))).{{{,.,,.|}||{.,,.,({{|.{{...{{|....}}},}}},},,,....,.,,)))))))..)))))),)))))))).))))){.(({.(((.(((((((.((((((.(((({.((((.....||||.(((......))).||||(((((((........))))))).)))).}}}.,,,((({.{,{.......))))))}....(((((......((((((((.(((((..(((({(,.....})),))|)}}}}...,,,,(((({.....((((((((((.((.....))))))))))))||||||||||..,......}}}}}..,}}},..{(((((,,...(((((((((((...........)))))....)))))).,.}})))}...,,)}}},....{(((({...,((((((...............))))))))))))(((.((((......))))))))))))))).......))))}...,,))))))))))))))).)))})).,...........,,,,,.........}))))),)))..}}}}}}}},.,|||,,{((((((.{((...((.(((,{(((((((((({,((({((((({....{((..((((((((((..,..}}}}{{.((((((........)))))).},.,...,,,{{{{...((((((((......,(((........}}}},,.,,,..(((((..(....)..)))))..,...{(((........)))}..{((((((({((((......)))).})))))))}......((((((((((..,,......},.))))))))))....))))))))...}))))))))).))))))))}.....((((((.((((...(((((((((.{{.(,..((((....)))).)),.})))....)))))))))).))))))..(((((....(((((,.,((((((.((.((..((((((((....,{..((((..((.............})..))))..,,....|.(((((......))))).,.........{{{{{..(((((.((((((((....,,...............}}.)))))))).)))))..,)))}.,.((((((((.(((((.((((((((({....}))).,{{{||...,,}}},..)))))).)))))...)))))))).))))))))..}}.)).))))))))))))....))))).......)))))))))))))))))).))))).)))))}.,.......,,}}}}}}}{{{{....,.}}}}..,||},|,......,{,.,{,{...,,},.||||{{|...|||,.,.,,.,}),,}}}),,))))}...))))))))(((((.((..((((((........))))))...)).))))).....{{{.((((((((((.,,..(((....,||{.,{,,..,{......((((((((((((((((...(((({((((((((((((((....((((..(((((.,,,(((.((((((...(((((((((((..((((.({...}).)))).))))),..})))))...))))))..}},,,,}}}.(((((((((,.....||.........((((((((((.,((,{{,(,(((((.,..(((...((((((((((.......(((((({.(((((((((.((((((........,....))))))...))))))))).(((((......)))))(((((((({{,...,{{{,(((((((......))))))).}})}.}))}))))))))(((({((((((((.((((((......)))))).)))))))).((((,((({..,(((,..,{{,...|||((({.............,,||}}|.....{{((((({((((((,..,{{{,(({{(({{...,{.{{......))))...,}|||..((((((...)))))),}.))}))))))),{{.............}}}...(((((((((...(((((......(((((.,.(({((({...{{.,...{.{(((((((((((((((((((((.((((....((((..((((((.(((((,({((((((((((((.,.(({...}))..))))))).))))}......)}.))).,).)))))),,,,,))))..))))...)))))))))))))))}.,))))))}..{{{{(.,,..}}}}},,,}},.{{{{.{{{.((((((((((.(((((((((((...,..(((((.......))))).,,..)))))))))))...}))))))))),})}.,},,...........((({...}))){(((((....{.,((..(((((.(((({.{{({{.{.,,,,,,{.{(,{((((((((((({.......(((....))).........,,..............,,|,..,,}}},,,.((((((..(((...)))..)))))),{{{{,,(({{(((((..{.,{({{.((((((((((.,.......,,)))))))))).)))))))))))))}.}}})))))),,))))))}}||,,((((((.....)))))),{|||,},}}}},...|||...|}}...)})))))))))))))))..}},}),)))))},((((....))))},,.}}}}})}.))))))))))...})))))},,........................((((((..((((((.((((((.{{(((.....}||{{{.,{{{{{.,{((((((.{{((((((,.(((({......}}))},{{{{{|,|||{(({(..,,,|||||}|,|||}},((((.,(((,.{((((....)))))))).....))))..}})))))),)))))))}}}},,}}}.{((((..(((..,,{((...}}||{(({.((((((.((((.(((((({,.{{{(((((((.{{.......(((.((((....)))).)))......,.}}))))))),})))))))).)).)).))))))}))}},.,)))..))))).....(((((.((((((...})))))..)))))...(((((.(((((((((((((.{{.{.(((((((({,...{{{{{{(((((((......))}},,......((((((({(((.....((((....))))....)))))))))),(((((.(((((((.{(({{(......,.)}})}}))))))).))))),.((((((((..{{{.,,.....|}}.................))))))))..{(({....}))}..,,,,,,....(((.....)))..{(((((((,,,....((((......)))}.(((((((((((((((...{{{.,...,{((........|}||,,,,.......,}}))),,,.})))))))))))))).{{{....}}}..,....(((((((((...((((((....(({,...))},)))))).....(((..........))).......,,.,{{,,,,.{{....|},,..}}}}}}}.....,,,,,........))))))))),}}..)))))))}.,))))))))}.......,{{{..(((((((((((((((.((((((((((((..(..........)..))))),{{,(,(,(,...,,.))).}||||.,||,,||{||||....,}}}|}}}((((.,,......})}}((((((((((((.(((..((((((.{(((.,((((.((((....,,((,,.,|||,(({{....,,|||{,..,{{{{{{|||||.,...,,,,..,))}}))))}}}}..)))).)))).}})))..))))))..))).)))).)))))))}{(((((,...|}}}}||(((,.....,,,,|{((({.((((((.((((({.((((......)))).}}...........((((((.((..((((.....))))..)).))))))..}))))..)))))).})))|{({{{{(({,......,,..)))})}}}....{||||,,|||}},,.,},,,........,{{{{,,...,|||||,{{{{||||||||},||}..,.||...{{{{{.((((((({...}))).)))).}))}}.,{{{(.,,,....}}))}.,.,,,.}))))))).,)))}}}}}}}},}},{((((.(((((((....)))))))..))))}..,.,,,,,......))))))}....{{({({..,........,)))}}}...)))))))))))).)))..})))))))))))).)..}}(((((.((((((...{,,((({{((((|........}}||,.||||({(({{(((({.....,,,)))))),...}||||||||,}|||,,.{{(({{,,,||}}|...,...,|.,,,,...}}}},,,,)}},,,})))}..}},.}}))|{|||....,,..))))},.)))))).)).))).))))))))))))).)))))...}}}}},,.{(((((.......)))))),,,..,....,)))))}.))))))..)))))).......}})))))))}}.........))))))))))))}.,.....,....,,))))))){(((((((......(((((((....))))))).........)))))))},{{,(((((((((.....))))...))))).}}},.......)))))))))).))).....)))}).}.)),),,,}}.)))))))))).}))))))))))))).)))).)))))))))))))),|||||,,{{..,||||}}..,)))),..,},.)))))))))))))))).,,,,}}.,,||{((((((((((((((..{{(.....||},,,,..........,,,.}..))),...,.....}}.....)))))))))))))))}}....|||.(((((((......((((((..((......))..))))))....)))))))..,,,((((((((((((.......(((({(((((.(((((...(((((....)))))......,|..((({....}}}}..,,,......||.((((((((((((...))))))))))))......{(((.,.{((((({{{{((((.(((((....((((.((.......))...))))....)))))))))....,,,,,,,,))))))))))...)))}..})))),)))))))))......)))))...))))))).............}))..,,)))))))))).}},......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002072.5 NCBI
GUUGCCGGGCGGGACGGGAACCGGGUCUGCGCGCGAGCCGGGCGGUGGG… 6882 nt 0.4083
Summary

This locus encodes a guanine nucleotide-binding protein. The encoded protein, an alpha subunit in the Gq class, couples a seven-transmembrane domain receptor to activation of phospolipase C-beta. Mutations at this locus have been associated with problems in platelet activation and aggregation. A related pseudogene exists on chromosome 2.[provided by RefSeq, Nov 2010] CIViC Summary for GNAQ Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the GNAQ was upregulated in common in white blood cells at day 1 post-injury following both burn injury and trauma-hemorrhage, where it was categorized as a gene expression marker involved in cellular development [Lederer et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00086.2007].