Basic Information

Symbol
GNMT
RNA class
mRNA
Alias
Glycine N-Methyltransferase EC 2.1.1.20 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Li 182mP HEL-S-182mP
Location (GRCh38)
6:42960690-42963883
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018960.6
Sequence length
1076.0 nt
GC content
0.5948

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-447.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -463.85 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 250.52
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318865.2 NCBI
AGGCGCGGCGCAGGAUGGUGGACAGCGUGUACCGGACCCGCUCCCUGGG… 1019 nt 0.5927
NM_018960.6 NCBI
AGGCGCGGCGCAGGAUGGUGGACAGCGUGUACCGGACCCGCUCCCUGGG… 1076 nt 0.5948
Summary

The protein encoded by this gene is an enzyme that catalyzes the conversion of S-adenosyl-L-methionine (along with glycine) to S-adenosyl-L-homocysteine and sarcosine. This protein is found in the cytoplasm and acts as a homotetramer. Defects in this gene are a cause of GNMT deficiency (hypermethioninemia). Alternative splicing results in multiple transcript variants. Naturally occurring readthrough transcription occurs between the upstream CNPY3 (canopy FGF signaling regulator 3) gene and this gene and is represented with GeneID:107080644. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that glycine N-methyltransferase (Gnmt) was down-regulated commonly by Kupffer cell specific and endothelial cell specific exposures to α-particles, indicating its role in methylation processes is suppressed following this type of radiation exposure [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078].