Basic Information

Symbol
GPAT3
RNA class
mRNA
Alias
Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase 3 LPAAT-Theta MAG1 HMFN0839 AGPAT10 AGPAT9 1-Acyl-Sn-Glycerol-3-Phosphate O-Acyltransferase 10 1-Acyl-Sn-Glycerol-3-Phosphate O-Acyltransferase 9 Acyl-CoA:Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase 3 1-Acylglycerol-3-Phosphate O-Acyltransferase 9 Lung Cancer Metastasis-Associated Protein 1 Lysophosphatidic Acid Acyltransferase Theta 1-AGP Acyltransferase 9 EC 2.3.1.15 1-AGPAT 9 MGC11324 AGPAT 10 GPAT-3 HGPAT3 MAG-1 1-Acylglycerol-3-Phosphate O-Acyltransferase 9 (Lysophosphatidic Acid Acyltransferase, Theta) 1-Acylglycerol-3-Phosphate O-Acyltransferase 8 Testis Secretory Sperm-Binding Protein Li 213e Lysophosphatidic Acid Acyltransferase, Theta Endoplasmic Reticulum Associated GPAT EC 2.3.1.51 AGPAT8
Location (GRCh38)
4:83535619-83605875
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032717.5
Sequence length
2928.0 nt
GC content
0.4638

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-918.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -976.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 814.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001256421.1 NCBI
CAGCUUCCAGCACAGCCCGCGGCCCGGUGCCAGCUCCGCCGGCGACCGG… 2640 nt 0.4428
NM_001256422.1 NCBI
AGAUGAAAACUCUCCUCCUGAAAGGACCUUUGCUGAGUGCUGGGGGAGG… 2644 nt 0.4387
NM_032717.5 NCBI
AGCUUCCAGCACAGCCCGCGGCCCGGUGCCAGCUCCGCCGGCGACCGGU… 2928 nt 0.4638
Summary

This gene encodes a member of the lysophosphatidic acid acyltransferase protein family. The encoded protein is an enzyme which catalyzes the conversion of glycerol-3-phosphate to lysophosphatidic acid in the synthesis of triacylglycerol. Multiple alternatively spliced variants, encoding the same protein, have been identified. [provided by RefSeq, Jan 2012]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the mRNA marker GPAT3, containing a coding region InDel (rs35602893), was consistently detected in all vaginal secretion samples and identified as a new candidate marker for this body fluid, though it also showed cross-reactivity with some menstrual blood and venous blood samples [Wang et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102979]. The integrated assay successfully utilized such markers for body fluid identification and for associating specific fluids with individual DNA donors in mixed samples. A study in humans demonstrated that the GPAT3 gene, involved in lipid metabolic processes, was downregulated in the subcutaneous adipose tissue of heavier monozygotic co-twins compared to their leaner siblings within BMI-discordant pairs [Muniandy et al. DOI:10.1038/ijo.2017.95].