Basic Information

Symbol
GPC3
RNA class
mRNA
Alias
Glypican 3 OCI-5 SGBS1 SGBS DGSX SGB Intestinal Protein OCI-5 Glypican Proteoglycan 3 Glypican-3 GTR2-2 MXR7 SDYS Heparan Sulphate Proteoglycan Secreted Glypican-3 OCI5
Location (GRCh38)
X:133535745-133987100
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004484.4
Sequence length
2267.0 nt
GC content
0.4720

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-710.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -753.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 530.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001164617.2 NCBI
AGGUAGCUGCGAGGAAACUUUUGCAGCGGCUGGGUAGCAGCACGUCUCU… 2336 nt 0.4692
NM_001164618.2 NCBI
AGGUAGCUGCGAGGAAACUUUUGCAGCGGCUGGGUAGCAGCACGUCUCU… 2219 nt 0.4736
NM_001164619.2 NCBI
AGGUAGCUGCGAGGAAACUUUUGCAGCGGCUGGGUAGCAGCACGUCUCU… 2105 nt 0.4755
NM_004484.4 NCBI
AGGUAGCUGCGAGGAAACUUUUGCAGCGGCUGGGUAGCAGCACGUCUCU… 2267 nt 0.4720
Summary

Cell surface heparan sulfate proteoglycans are composed of a membrane-associated protein core substituted with a variable number of heparan sulfate chains. Members of the glypican-related integral membrane proteoglycan family (GRIPS) contain a core protein anchored to the cytoplasmic membrane via a glycosyl phosphatidylinositol linkage. These proteins may play a role in the control of cell division and growth regulation. The protein encoded by this gene can bind to and inhibit the dipeptidyl peptidase activity of CD26, and it can induce apoptosis in certain cell types. Deletion mutations in this gene are associated with Simpson-Golabi-Behmel syndrome, also known as Simpson dysmorphia syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the GPC3 as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357]. A review of wound age estimation literature notes that heparan sulphate proteoglycan, an extracellular matrix protein, has been studied via immunohistochemistry for its role in wound healing [Cecchi DOI:10.1007/S00414-010-0505-X].