Basic Information

Symbol
GPC5
RNA class
mRNA
Alias
Glypican 5 Glypican Proteoglycan 5 Glypican-5 BA93M14.1
Location (GRCh38)
13:91398621-92873682
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004466.6
Sequence length
2943.0 nt
GC content
0.4709

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-943.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -998.51 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 900.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.((....)).))))(((..(((.((((((((((((((((((((.(((..((.((.((.((....)).)).)).))(((((....)))))((((((((.((((..((.(((.(((....))))))))..))))))))).)))......))))))))..))))))...(((((((.....)))))))..((((((((.(((.....(((((.((((.(((((((((((((((((..(((....))).((((.....))))...((((((.(((((((((.(.((((((.......(((.(((((((((((...........)))))...((((((...(((((((.((((((((((((((((((((...(((((.(((.(((((.....(((((((..(.(((.(((((.(((((........))).).).)))))))).)..)))..)))))))))))).)))))))))))))))))).(((((.......)))))))))))).)).))))).....((((....)))))))))))))))).))).)))))).).)))).))))).))))))((((((((......(((((((((...((...((((...(((...((.(((((((((((..((((((((((((((.(((((.((((..((.....))..))))((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((.....(((.((((.((....)).)))).))).......))))))............((((((((.(((....)))...))))))))(((((((.((((........)))).))).))))(((((......))))).......))))))))))))(((((.....)))))))))))).....))))))).))))..........)))))..)))))..)))))((((.....))))...))))...)))))))))))))...)))...)))).(((((.(((((...(((((((((((((......))))).))))))))...)))))......))))).((((.(((.(((((....))))))))))))((((((......))).)))......((((((..((((.....))))..)).))))....((((((((.......))))))))....))...)))))))))......)))))))).((....))(((((((((.((...((((((((((((.((.........)).))))))))))))...)))))).)).)))(((......)))......((((((((((((((((..(((.....)))..))))))(((..((((((..((........))..).))))))))...(((((((((.((((((((((.((((((((((((((((...((.....))............((.((((((.......))))))..))).))))))...)))).............((((..(((((((..........)))))))..))))........(((((((..((...((((......))))..))............((.(((((...(((((....(((((((...((((((((.(((((((((.(((..((((.....(((((....))))).))))))).)))))))))....))))))))....).))))))........((((.....)))))))))...))))).))...((((((.(((((..((((...((((..((((.((((.....)))).))))..((((......)))).(((((((........)))))))......((((.....)))).....))))....)))).....))))))))))).))))))).))))).)))).)))))).)))((((..((((((((((((...((((((((((((..(((((((.((((..(((.((((.((((((((.(((((..((((...)))).))...))).)))))))).(.(((((.....(((((.....))...))).....))))).).....(((((.(((((.((.((((....(((((((((.((((((((((.((....)).)))..))))))).......))))))))).)))).))..)))))))))).....))))..)))..)))).))))))).)).)))))))...))).(((........)))(((((((((((((...))))))...)))))))(((.(.((((((((((((((((........))))..((((((..(((((.((.((((.....))))....((((.............))))..((((((.......))))))(((((.((.((((...............)))).)).))))).......)).))))))))))).))))...)))))))).))))...))))))))))....))..))))................(((((....))))))))))).(((((((((.............(((((((((((((....))))))))..............(((......)))...)))))..)))))))))))))))))))(((((((...(((..((((..(((((((...)))))))))))..))))))))))...(((((((((((((((.(((((.((....(((......)))....)).))))).))...........)))).).))))))))............)))).))))))))..........))))).))...)).))))).............))))))))))).....))))))))))))..)))....((((((..((((...(((((.((((((((((((......)))).........)).)))))).)))))....))))..))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,({{(((({((.{{{||,||||(((,,(((.((((((((((((((((((((((((({(({{((({((((((((.{.((((({.(((({.,,.}}})),{{(((((.((((..((,(((.(({....}))})))),,))))))))).}},.....)))})))))}.))))))..,(((((((.....))))))}..,((,(((((,{(({((((((,..((....}}.},}))))).,)})),}}}}).})}}.|{|{...,,)))},|.(((({,,((({(((((,(,((((((.......{((,(((((((((((.{...,...}.)))))..,(({((({..(((((((.((((((((((((((((((((..,{((((,{((,(((((,,,,.(((((((..{.(((.(((((.{,(((........))).,.,.)))))))).),,)),.,))))))))))})})})}}))))))))))))).(((((.......)))))))))))).)).))))).,,..{{{|....}}))})}))))))))).))).)))))).).)))),))))).})))))|{||||||,{{{{{({{,|||||}},((,,,(((,...,{(,..((,{(({({{{{|{,,,|||{{||{(({{,.||{{{,{({{{|||,,..}}},,}))}||||,{{(((({{{{(((((((((({((({{,(({(((,....,{{,(((,.(({{{.||.||||{||,....,}|))}},,............((((((((.(((....)))...)))))))).{{.((....||.},..|{{||||||||||}}}|||||}|,,,,||}|,,|||,,,}))})))))))}{{{((.,,,,}}|||||||,,,.}}}}|||||||{{||....))}))}}))),...}}|||||}})))|(((|....,|||{{.,......,}}))))})}|||,..|||,..}})),|,,||}|{{((,,,((((({(((((((,.,,,,}||||,}}}}}}))...}}}}}......}}}}}.((((.(((.(((((....))))))))))))((((((......))).))),}}},,|||{||,.{{{{,,,,.}}}}..}}.}}))}}..((((((({{{....}))))))))..)}))}.,))}}},)))}}}...)))))}|)||||||,..(((((((((.({...((((((((((((.((.........)).))))))))))))...}))))).)).)))(((......)))....,},(((((((.(((((((..(((.....)))..)))))))..}))))))...{{.,...,,,|},.}|}}}||,}}{{{....}}}.{{((((({{{{{((|..||||||.,|||.,..}|}....|}}}}...})))))}.,})))))}}...||,,}}}},)))}))}}}|.,{.,|,....,,||,.,||...}|||||||,..}},}}}}|||||||||.||||{||||||,,.||.||||..,,..|||||||||{.|{||||,,||,,||,|............,..|||}})))},}}}}..,)))}}}}}|,.(((((((((.(((..((((,....{({{,....,})))})})}))).)))))))))..,,|||||||.{||||...(((((((,....{((((((((..{,(((((((((.(((((((..((((((.(((((,.((((,..((((..{{....({,,{{.((((((((((,.((((.....,)))).{((((((.,....,,))))))))))))))))).,}}..}},..,,.))))...,))))..,},)))))))))))..))))((.(((.((({(((,,..{{,,.((((((((,{{({{({((({.,((((((((((((..(((((((.((((..(((.((((.((((((((.((({(..((((...)))).)}...))).)))))))).{.(((((.....((({{.....}}...))).....))))).}.....(((((.(((((.((.((((....(((((((((.((((((((((.((....)).)))}.))))))}.......))))))))).)))).))..)))))))))).....))))..)))..)))).))))))).))})))))))...}}},(((,.,{{....,)}}|}))|.(((((({..,|{{(({.....,)))))))))))},,,.}||}((((........)))}..,..))))..}))))))},{{{.....))))....((,({{{{....,,,,.,,||{{{{(((({....,{{|....(((((.{{.((((..,,.......,,..)))).)}.)))))...,...})},,..))))}.}}))}}}}}}}))))).,}.,,,,,...,},,))),..))).))))).))))))))}.........((((((((((,,...({{....,)).....))))))))))((((((({(((({{....,|||||}.......|}}}}..,||.,,...,,,...{{{{|.,|,,,,.}}}}}})))))))((((((,..{(((..((((..(((((({...}))))))))))..))))))))))...(((((((({(((((({(({((,((....,{(,,,...,,,....,),)))},.))},,.,,,}}..)))).,.))))))))})))}......,}}.....))))))))))))))))..,,}},.,}|,|||}}}}..........,}})),}))))))),,,)))})))))))))),,))},,,|||||{{.|((((...{{{||,||{{(({{(((,...}}})})}...{,,...,,}))}}}}.)))}),,,,))}}.,))})),....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004466.6 NCBI
AUCCCAGGUUAGCUGCUGCGAGCCGAGCCGGGCGGCGGAGGCGGCGGCG… 2943 nt 0.4709
Summary

Cell surface heparan sulfate proteoglycans are composed of a membrane-associated protein core substituted with a variable number of heparan sulfate chains. Members of the glypican-related integral membrane proteoglycan family (GRIPS) contain a core protein anchored to the cytoplasmic membrane via a glycosyl phosphatidylinositol linkage. These proteins may play a role in the control of cell division and growth regulation. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the GPC5 is a susceptibility gene for inflammatory demyelinating diseases and is specifically expressed in oligodendrocyte precursor cell (OPC) subclusters 1 and 2, which were the subpopulations most responsive to post-mortem interval (PMI)-induced perturbations [Guo et al. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147708].